8 月 27 日，鉴于奥卡尼亚议会的挑战，颁布独裁组织法。玻利瓦尔废除副总统，桑坦德被排斥在政府之外。“解放者”委派桑坦德任哥伦比亚驻美国大使，桑坦德接受了这一职务，但推迟行期不赴任。撤销桑坦德的职务有可能引起了谋害玻利瓦尔事件的发生。

9月 21 日，派斯承认玻利瓦尔最高领袖，他在大主教拉蒙，伊格纳西奥?门德斯和聚梁在加拉加斯大广场上的人群面前宣誓：“……我宣誓服从，维护和执行玻利瓦尔发布的一切法令，因为我把它们视为共和国的法律。苍天是我宣誓的见证人，他将嘉奖我实现诺言的忠诚。”

9 月 25 日，有人企图在波哥大暗杀玻利瓦尔。曼努埃里塔?萨恩斯救了他。桑坦德涉嫌。乌达内塔作为审讯法官判处他死刑，玻利瓦尔改死刑为流放。 1829 年 1月 1 日，玻利瓦尔到达布里菲加森。他之所以去厄瓜多尔是因为秘餐军事占领了瓜亚基尔，两国发生冲突。

2 月 27 日，苏克笛在德塔尔基的波特特战役中打败拉马尔指挥的秘餐入侵者。

7 月 21 日，哥伦比亚复克瓜亚基尔。人民欢迎“解放者”凯旋归来。

9 月 13 日，玻利瓦尔写信给奥利里，说：“众所周知．新格拉纳达和委内瑞拉的联合只是由我的权威来维系，而当上帝和人民愿意的时候，这种权威现在和今后都会丧失……”。

9月 13 日，致函派斯，他写道：“我已命令向所有公民和社会团体发出通告，要求他们郑重其事地发表意见。现在您可以正式地敦促他们，让民众说出心里话。如今已到了委内瑞拉提出自己主张的时候了，它除了全局的利益外，什么也不要考虑。如果采取根本措施让你们说出真实打算的话，改革将会圆满完成，公众的愿望也会得到满足……”

10 月 20 日，回到基多。

10 月 29 日，赴波哥大。

12 月 5 日，玻利瓦尔从波帕扬给胡安?何塞?弗洛雷斯写信，他说：“苏克雷将军可能是我的继承人，大概我们所有人都会支持他，从我这方面说，我将全心全意这样做。”

12 月 15 日，他向派斯表示不再接受共和国总统职务，如果议会推选派斯当哥伦比亚总统的话，他以自己的名誉发曹将十分乐意为他效劳。 12 月 18 日，他断然拒绝在哥伦比亚实行君主政体的草案。 1830 年 1月 15 日，重新去波哥大。

1 月 20 日，哥伦比亚议会成立，玻利瓦尔致函提出辞去总统职务 1 月 27 日，要求议会准许他去委内瑞拉。哥伦比亚议会拒绝了他的请求。

3月 1日，玻利瓦尔将权力移交国务委员会主席多明戈?凯塞多，而后退居富查。

4 月 27 日，在致特别议会的信中重申他不再继续担任总统的决心。

5 月 4 日，华金?莫斯克拉当选为哥伦比亚总统。

5 月 8 日，玻利瓦尔离开波哥大去他的最后归宿之地卡塔赫纳。

6 月 4 日，苏克雷在伯鲁埃科斯遇刺身亡。玻利瓦尔在卡塔赫纳附近波帕山下获悉这一消息，深感震惊。

9 月 5 日，乌达内塔在显然缺乏公众威信的情况下主持哥伦比亚政府工作。在新格拉纳达的波哥大、卡塔赫纳和其他城市发生游行示威和暴动要求“解放者”重新执政．与此同时，乌达内塔等待他归来。

9月 18 日，当获悉安排乌达内塔领导政府工作后，玻利瓦尔表示甘愿做一个公民和战士来保卫共和国的完整，并宣布将率 2000人去波哥大支持现存政府。他部分地拒绝了人们要他重新执政的要求，理由是，如他重新上台会有篡权之嫌，但同时他也明确表示，在以后的选举中，“合法的阴影将会笼罩着他，或者产生一位新的总统。”最后，他要求同胞们团结在乌达内塔政府周围。

10 月 2 日，在图尔瓦科。

10 月 15 目，在索莱达。

11 月 8 日，在巴兰基利亚。

12 月 1 日，拖着病体疲惫不堪地抵达圣玛尔塔。

12 月 6 日，在圣佩德罗?亚历杭德里诺乡间别墅，这是一个名叫华金?德米耶尔的西班牙人的产业。

12 月 l0 日，口授遗嘱和最后一次公告，在医生的一再坚持下，他作了忏悔和接受了圣礼。玻利瓦尔说：“这是怎么回事？……难道我的身体已经糟到让你们给我谈遗嘱和作忏悔的地步了吗？……我怎样才能从这个迷宫中走出去啊！”

12 月 17 日，在圣佩德罗?亚历杭德里诺乡间别墅阖然长逝，守在他身边的只有寥寥几位朋友。