安帝隆安元年（397），兖州刺史王恭联合荆州刺史殷仲堪等，以讨王国宝为名起兵。道子无奈，诛王国宝。王恭退兵还京口。

　　道子诛了王国宝，更任用宗室司马尚之、休之兄弟，企图削弱地方势力。道子为防王恭、殷仲堪再次起兵，就任儿子元显为征虏将军，并帅领卫将军府兵和徐州兵。

　　司马尚之“以藩伯强盛，宰相权弱”，劝道子“宜多树置以自卫”（《晋书·王恭传》）。道子便以王愉为江州刺史，并割豫州四郡使王愉为督。王愉为王国宝之兄，道子的同党。豫州刺史庚楷大怒，派人对王恭说：“尚之兄弟，复秉机权，欲假朝威削弱方镇，为祸不测。今及其谋议未成，宜早除之。”王恭以为然，又联合殷仲堪、桓玄共同起兵。桓玄为桓温之子，在荆州有很大潜在势力，复已任命为广州刺史，但未赴任，仍住荆州，欲待机夺取荆州。殷仲堪、桓玄共推王恭为盟主。王恭所依靠的是北府兵，而北府兵将领刘牢之并不同意王恭二次起兵。

　　道子得悉王恭、殷仲堪、桓玄起兵的消息，忧俱不知所措，儿子元显却颇沉得住气。道子便以元显为征讨都督、假节，领兵讨伐王恭。元显使人劝说刘牢之归顺朝廷，许事成后即以王恭的位号授他。王恭出身于东晋第一号门阀，他虽依靠刘牢之，却又以牢之门第低微而轻视之，因使刘牢之深怀怨恨。刘牢之遂背叛王恭，投附元显。王恭兵败被俘，送建康斩首。

　　杨佺期、桓玄的兵到建康城外，殷仲堪至芜湖。刘牢之帅北府兵入京师，军于新亭。道子接受桓冲之子桓脩的建议，用计拆散桓、杨、殷的联合。未经战斗，桓、杨、殷便撤军回荆州。三人之间名义上还维持同盟关系，内心已是互相猜疑。

　　荆州兵退后，元显便谋篡道子之权。道子有病，又每日酣饮，无日不醉。元显使朗廷免除道子司徒、扬州刺史的职务，自为扬州刺史。道子酒醒后才知道，但已无可奈何。

　　元显性苛刻，生杀任意，刚愎自用，不听别人意见。他想建立一支自己的军队，但兵源不足，于是就“发东土诸郡免奴为客者曰乐属，移置京师，以充兵役”（《晋书·简文三王，会稽王道子传》）。按晋朝制度，“客皆注家籍”，是主人的依附民。奴免为客，身份地位有提高，但仍属于主人，不能离开主人。发奴免为客者号曰乐属，乃是把私家的依附民收归朝廷，却还美其名是“乐属”，说他们乐于从属官府。客的主人失掉了客，不满意。客都已成家立业，令要移置京师，当然也不满意。元显此举，损害了以客为主要劳动力的地主们的利益，也失掉了客这一阶层的支持。上游荆、江等州已非元显所有，今又失掉扬州东土的人心。元显的这一措施，加剧了当时的社会矛盾，成为孙恩起义的导火线。

　　孙恩起义孙恩，琅邪人，世奉五斗米道。其叔父孙泰，师事钱塘杜子恭。子恭死，孙泰传其术，借传教组织群众。“泰见天下兵起，以为晋祚将终，乃煽集百姓，私集徒众，三吴士庶多从之”（《晋书·孙恩传》）。道子诱斩了孙泰及其六个儿子。泰兄子孙恩逃亡海外。

　　安帝隆安三年（399）十月，元显征发免奴为客者兵役，引起了三吴的骚乱。孙恩乘机自海上回来，攻上虞，杀县令，因袭会稽，害内史王凝之，有众数万。于是会稽谢鍼、吴郡陆环、吴兴丘■、义兴许允之、临海周胄、永嘉张永及东阳、新安等八郡，一时俱起，杀长吏以应之。“旬日之中，众数十万”。吴兴太守谢邈、永嘉太守谢逸，嘉兴公顾胤，南康公谢明慧，黄门郎谢冲、张琨，中书郎孔道、太子洗马孔福，乌程令夏侯愔等，皆被杀。吴国内史桓谦、义兴太守魏隐、临海太守新蔡王司马崇等，纷纷弃城出奔。三吴地区，是门阀地主集中的地区。此次那些被杀和逃亡的地方官，大多是谢、顾、张、孔等族的人。

　　孙恩占有会稽后，自称征东将军。东晋朝廷以元显领中车将军，以徐州刺史谢琰兼督吴兴、义兴军事，领兵镇压孙恩起义。刘牢之也领兵协助谢琰作战。

　　隆安三年十二月（400 年初），谢琰攻杀义兴许允之，破吴兴丘尪。谢琰屯兵乌程（今浙江吴兴南），派司马高素领兵协助刘牢之向浙江（今钱塘江）推进。孙恩战败，率男女二十多万人退入海岛。刘牢之的军队到处掳掠，弄得“郡县城中无复人迹”（《资治通鉴》卷——一，晋安帝隆安三年）。隆安四年（400）五月，孙恩再次从浃口（今浙江镇海东南）登陆，入余姚，破上虞。战争互有胜败。后孙恩攻克邢浦，乘胜径进，至会稽。会稽太守谢琰骄傲轻敌，孙恩兵到，他还未吃饭，便夸口说“当灭此贼而后食”。双方一交战，谢琰及二子均被斩杀。

　　冬十一月，东晋派刘牢之都督会稽等五郡，帅兵击孙恩。孙恩败，撤回海岛。

　　隆安五年（401）二月，孙恩出浃口，攻句章，为刘牢之所败，复走入海。三月，孙恩北趣海盐，为刘裕所败，转趣沪渎（今上海）。五月，取沪渎，杀吴国内史袁山松。六月，孙恩浮海溯江至丹徒（今江苏镇江东南）。这时，孙恩有战士十余万，战船千余艘。京师建康大震。东晋朝廷赶忙调集各地军队入卫京师。孙恩知建康有备，遂北走郁州（今江苏连云港），遣别将攻入广陵。孙恩军为刘裕所败，死伤甚多，军力大减。至沪渎，又为刘裕所败，遂又退入海岛。

　　元兴元年（402）三月，孙恩进攻临海。几年战争，起义军损失惨重，这次进攻，已是强弩之末了。孙恩进攻临海失败，知大势已去，便与部下一起投水而死。