窝阔台汗国灭亡后，其大部分领土并入察合台汗国，邻近也儿的石河的土地则为元朝占有。也先不花同元朝大将脱火赤丞相（Tughaji Jinsank）谈判，希望划定彼此在边境地带的草场，但未能达成协议，遂拘留元朝和伊利汗国的过往使臣，察合台汗国与元朝再度发生冲突。延祐元年（1314），也先不花入寇元朝属地，脱火赤丞相和钦察大将床兀儿突入察合台汗国境，这时驻守哈迷立的诸王南木忽里亦向火州方向出动。先是，察合台汗国驻于哥疾宁的诸王倒的火者（Dawd Khwaja）部下诸将勾结伊利汗国谋叛，伊利汗国军队乘势渡阿姆河深入察合台汗国。也先不花在东方败于元朝戍边军，丧师失地，遂决心向伊利汗国掠地以弥补损失。于是出动屯驻于阿姆河以北地区和忽阐河以东草原的全部精锐迎战，一举击败伊利汗国军，并进入呼罗珊之木儿加布河流域草原。

　　次年（1315），床兀儿击败察合台汗国军，追出其境铁门关。“战于赤麦千之地，转杀同匝”①，而脱火赤的军队则劫掠了察合台汗国在塔剌思的斡耳朵。这里提到的铁门关，不可能是阿姆河以北之地渴石附近的铁门，当① 《完者都史》页53—54，页147—148。

　　① 虞集：《句容郡王世绩碑》，《道园学古录》卷二三。

　　指阿力麻里附近的铁木儿忏察，赤麦千，可能是忽章河中游赛蓝附近的Chimkant（今哈萨克斯坦奇姆肯特州首府奇姆肯特市）。也先不花急招西征军东回。

　　就在察合台汗国陷于两面受敌的时候，伊利汗国发生了牙撒兀儿的叛乱活动。牙撒兀儿出自不里家族，其父不合帖木儿曾被海都择立为汗。叛乱失败后，他出逃伊利汗国，被置于呼罗珊巴忒吉思草原守边。他在那里发展自己的势力，后来他利用伊利汗完者都死去，其子不赛因汗新立之际，又在伊利汗国发动叛乱，最后被伊利汗国和察合台汗国的联军消灭。

　　也先不花死后，怯别于延祐七年（1320）继立，适逢元英宗即位。他立即着手修复与元廷的关系，派被也先不花扣留于其境数年的元廷出使伊利汗的使臣拜住归国转达罢兵的愿望①，双方终于恢复和平。

　　怯别约死于泰定四年（1327），其弟燕只吉台袭位。燕只吉台与朝廷保持着密切的往来，元政府多次赏赐金钱、钞币、海东青等。朝廷还专门派遣木华黎后裔乃蛮台将元太宗时代所铸察合台金印“皇兄之宝”护送至其境赐给燕只吉台。燕只吉台在位仅3 年，先后继立的是其弟笃来帖木儿、答儿麻失里。

　　答儿麻失里的名字取自梵文，意为法吉祥，但他却是察合台汗国第一个公开宣布摒弃佛教，接受并推广伊斯兰教的汗。他长期生活于察合台汗国的西部，改变察合台汗国之汗每年东巡的习惯。驻牧于汗国东部以不赞（Buzun）为首的蒙古贵族，指责答儿麻失里废止了成吉思汗的札撒，掀起了叛乱活动，于1334 年夺取了汗位，答儿麻失里被杀②。但是中亚蒙古人同化于当地民族的过程，并没有因此而停顿下来。

　　汗国的分裂不赞为确保统治，大杀亲族，引起骚乱，回历736 年（1335—1336）被大臣们杀死，继位者是其兄弟敞失。但他不久死于与其兄弟也孙铁木儿之间的争夺权力的斗争。也孙铁木儿时国内政局混乱，他的统治也很短暂。察八儿降元后，其境内的窝阔台系诸王都成了察合台汗国的贵族，他们的势力并未被消灭，取代也孙铁木儿汗的是窝阔台系诸王阿里，他的统治也不长久。最后牙撒兀儿之子合赞算端（Qazan Sultan）即位。在诸王们自相残杀争夺汗位的斗争中，非成吉思汗系统的异密和地方诸侯的势力发展起来。

　　十四世纪四十年代初，察合台汗国内威胁汗权的非成吉思汗系异密的主① 袁桷：《拜住元帅出使事实》，《清容居士集》卷三四。

　　② 宏达迷儿：《生命之旅之友》，德弗雷麦里法文摘译本《阿姆河以北地区和突厥斯坦的蒙古汗史》，巴黎，1853 年，页13—15；《伊本拔图塔游记》，马金鹏汉译本，页304；乌马里：《眼历诸国行记》，克劳斯·来西德译本，页117— 119。

　　要代表是阿姆河上游以北地区的巴鲁剌思合札罕（Qazaghan）。合札罕家族的权势的威胁迫使汗使用极端的手段来维护统治。合赞算端汗于回历746 年（1345—1346）出动大军进攻合札罕，两军相遇于哈儿伯（Karbeh）平原，并展开会战。在激战中，合札罕被射中眼睛，被迫败退，合赞算端汗同年在哈儿昔驻冬，遭合札罕进攻，战败被杀。

　　合札罕以臣弑君得手后，操纵汗位，扶立傀儡，稍不顺意便废旧立新。

　　察合台汗国陷于分裂，各部诸王纷纷独立。合札罕从成吉思汗后裔中所择定的汗名义上是正统汗，但实际上只是控制阿姆河以北地区的西部汗，合札罕控制朝政达13 年之久，回历760 年（1359）在一次出猎中被刺杀。他死后，其子米儿札，乌巴都剌（Mirza’Abd-Allah）继承父位继续控制朝政，依旧任情废旧汗立新汗。另一支巴鲁剌思氏（即后来跛子帖木儿所源出的那一支）贵族首领哈只与速勒都思部贵族拜延联合。发兵向西部汗王都撒麻耳干进攻，杀死了前来迎战的帖木儿沙和乌巴都剌。速勒都思氏贵族乘势在阿姆河以北地区称王。各诸侯纷纷裂土割据，当时著名的诸侯有渴石的哈只·巴鲁剌思，忽毡的巴也只（Baiezid），巴里黑的速勒都思氏贵族不花等，而合札罕的势力并未被消灭，其子忽辛等又重新聚集了一支军队，时而入侵阿姆河以北。