3.铨选武官。军官的选任、升迁、袭职、俸禄、赏罚等，都由枢密院负责制定有关规定和具体实施。

　　4.军队的后勤保障。主要是措置军队屯田和制造、管理、调运武器装备，为边防戍军提供粮饷、衣装。军队的通讯、马政等，由中书省兵部负责，不归枢密院掌管。

　　枢密院初设时只置枢密使、副使、佥书枢密院事等职。枢密使由太子兼领，副使二员，一为蒙古人，一为汉人。太子兼枢密使为名义最高长官，并不参决军务，实际处理军务的是枢密副使。至元七年（1270），在副使上增置同知枢密院事一员，作为枢密院的实际最高长官。至元二十六年（1289），又在同知枢密院事上设知枢密院事（知院）。此后，皇太子兼枢密使，太子位缺时枢密使为虚衔，知院为枢密院实际最高长官，下设同知、副使、佥院、同佥等职，成为一朝定制。知院原设一员，后来不断增加，多时达十余员，少时也有六员。知院大多由蒙古人充任，少数色目人可以跻身其列。同知也基本由蒙古人、色目人包揽，副使以下才参用汉人。枢密院主要官员由皇帝亲自择用，属官由枢密院自身选择奏举，依旨任用。

　　枢密院向皇帝奏报军情要务，一般情况下不经过中书省。重大的军事决策，皇帝要召集中书省和御史台等中枢机构官员与枢密院官一同商议。枢密院内的公文传递，大多由枢密副使以下的官员负责，受御史台官员监督检劾。皇帝夏季赴上都避暑，枢密院官员大多从行，只留副使或佥院一二员于大都，暂司本院事。重要的公文和军情奏报都要转送上都，由跟随皇帝的院官处理。

　　为了保证蒙古各部分驻的漠北草原的军政统一，元廷常年以一员知院出镇漠北，就地处理军务。有时在西北地区也派知院出镇。

　　忽必烈设立枢密院后，在蒙古军的指挥系统中，取消了左、右翼万户长，蒙古军诸千户直接由枢密院节制调遣。蒙古国时期分封的蒙古宗王，都拥有直属蒙古千户和封地。忽必烈改变了这种做法，将自己的几个儿子分派到漠北、陕西、云南、吐蕃等地作为出镇宗王，不再封给他们蒙古千户和封地，只授以宗王节制当地军队的权力，战时作为军队的最高指挥官。出镇漠北的宗王，地位在出镇他处的宗王之上。后来宗王出镇成为制度，其主要权限是镇戍征伐、监督军政，而赋税军站等事务则皆由当地行省官员执掌，也就是所谓的“镇之以亲王，使重臣治其事”。出镇宗王由皇帝指派，部分世袭罔替，部分临时指派。

　　为控制汉军和统一指挥军队对宋作战，忽必烈先将统管探马赤军和汉军的都元帅改为统军司，不久又将统军司改为行枢密院或行中书省。统军司乃至行院、行省的官员，都由皇帝任命，具有指挥作战、调配军需物品、措置屯田戍守等权力。

　　全国统一之后，行枢密院相继撤罢，在全国分设河南江北、江浙、湖广、江西、四川、云南、陕西、甘肃、辽阳、岭北十个行省。各行省所设平章二员，兼管军事，总督本省军马。行省平章一般以蒙古人充任，间或择用色目人，汉人不得任职。行省内的镇守军万户府、元帅府等，都是行省的下属军府。在远离行省中心的地区或少数民族聚居区，设立宣慰司，“掌军民之务，分道以总郡县。行省有政令则布于下，郡县有请则为达于行省。有边陲军旅之事，则兼都元帅府”（《元史·兵志七》）。宣慰司都元帅府下一般设有固定军府，掌管部分军队。各行省的军队调发，需经枢密院批准传旨。行省内的镇戍和屯田，也要由行省官员和枢密院协商确定。

　　当某一地区发生战乱，先由枢密院传旨所在行省平章，调派军队镇压，如不奏效，则传命附近行省发军会剿。有时，也在战事颇繁的地区设立行枢密院，临时提调从各省调来的军队，战事平复后则撤销。

　　元朝末年，为镇压农民起义，在地方设立枢密分院、兵马司等机构，在中央设大抚军司，都是一时的应急措施，元廷中央枢密院主管全国军务、各行省平章掌管地方军政、行枢密院作为临时性军事指挥机构的机制，基本没有改变。

　　第三节兵役制度元朝实行征兵制的兵役制度，但其方式则因民族不同而略有区别，对蒙古各部采用成年男子皆兵的办法征集士兵，其他民族实行军户制度。

　　蒙古各部十五岁至七十岁的成年男子，不分贵贱和家庭人口数量，都有服兵役的义务。成年男子平时从事牧业生产或其他工作，一旦战争需要，或者“空营帐而出”，全体出征；或者“十人抽一”、“十人抽二”，抽调部分人出征。忽必烈在至元四年（1267）正月对抽调蒙古军作了更明确的规定：“签蒙古军，每户二丁、三丁者一人，四丁、五丁者二人，六丁、七丁者三人。”（《元史·兵志一》）元廷依然保留了签发渐丁军出征的做法，并在至元十九年（1282）十月有了更明确的规定：“签发渐丁军士，遵旧制，家止一丁者不作数，凡二丁至五丁，六丁之家，止存一人，余皆充军。”（《元史·兵志一》）

　　探马赤军是从蒙古各部中签发出来的，并定立了专门的军籍。中统三年（1262）三月，有人向忽必烈奏报：“在昔太祖皇帝所集按察儿、孛罗、窟里台、孛罗海拔都、阔阔不花五部探马赤军，金亡之后，散居牧地，多有入民籍者。国家土宇未一，宜加招集，以备驱策。”忽必烈特派人与诸路官员协同招集探马赤军人，并规定“若壬寅（1242）、甲寅（1254）两次签定军，已入籍册者，令随各万户依旧出征；其或未尝为军及蒙古、汉人民户内作数者，悉签为军”①。入军籍的人户，就成为军户。至元八年（1271），又核定了一次探马赤军的军籍，探马赤军户（或称蒙古军户）乃成为元代军户之一种。