1251 年宪宗蒙哥即位，命和里■统吐蕃等处蒙古、汉军“仍前征进”，深入到今拉萨北的达木地方。1253 年，忽必烈征大理，取道四川西部的吐蕃之地，渡大渡河，直抵金沙江，收服了这一带的许多部落。

　　与此同时，蒙哥还下令在乌思藏括户，并将本地区各地方指定分授给宗王。藏传佛教其他派别的上层人物根据这一分封分别依附蒙古王室：必里公受到蒙哥的保护，搽里八受到忽必烈的保护，伯木古鲁、雅里不藏思八托庇于旭烈兀，思答笼剌则依附阿里不哥，且分别接受封赐土地与人户，建立臣属关系①。在吐蕃东部极具影响的噶举派喇嘛噶哩麻巴哈失，为同萨斯迦的八思巴争夺在朝廷中的宠信，展开激烈斗争。他也在忽必烈南征大理的行军途中受到召见，但不肯留随，而北依蒙哥可汗。1260 年忽必烈即大汗位，尊八思巴为国师，赐玉印。命恰那管理吐蕃地方事务。1267 年恰那死于萨斯迦地方，元廷趁机对吐蕃统治方式作了调整，加强了朝廷的统治权。

　　对吐蕃的管理吐蕃地方归属中央政府管辖之后，元朝采取了一系列措施与制度实施管理：一、在朝廷设立宣政院：宣政院初名总制院，即释教总制院，设立于至元元年（1264），“掌释教僧徒及吐蕃之境而隶治之”，以国师八思巴领院事，其长官院使（初置二人，后增至十人）或以朝廷大臣兼领之，位居第二者由帝师辟举担任。至元二十五年，尚书右丞相兼总制院使桑哥“以总制院所统西番诸宣慰司军民财谷，事体甚重，宜有以崇异之，奏改为宣政院”（《元史·桑哥传》）。宣政院为从一品衙门，与中书省，枢密院和御史台同为朝廷机构，铨授官吏和处理所掌大小机务均可径奏皇帝，不必通过中书省。其用人“军民通摄、僧俗并用”。吐蕃有军政大事，则设行宣政院前往办理，且与枢密院同议而行。宣政院是管理吐蕃地方的最高行政机构。

　　二、宗王分镇与帝师的统领：忽必烈即位后，继续实行蒙古的分封制度，至元六年（1269）封第七子奥鲁赤为西平王，出镇吐蕃之地。奥鲁赤死后，其子镇西武靖王铁木儿不花、孙搠思班相继承袭。至洪武三年（1370）明军取河州，元镇西武靖王卜纳剌以所领吐蕃诸部归降明朝。元代吐蕃地区有① 《萨班致蕃人书》，分见《萨斯迦全集》和阿旺公哥索南《萨斯迦世系史》。① 巴卧祖拉陈瓦：《贤者喜宴》，民族出版社1986 年版。

　　事，常由奥鲁赤及其继承者受命处理。

　　在元朝廷加强集权、藩王权力相对削弱之后，吐蕃地方的军民财赋转由朝廷设置的直辖行政机构宣政院管理。镇西武靖王不能直接处理地方军政事务，而必须将意见陈告宣政院，由宣政院议拟处理办法，上奏皇帝，请旨决定。由于吐蕃地区佛教占有十分重要的地位，元世祖竭力扶持首先归附且有巨大势力的萨斯迦派首领。至元六年八思巴制蒙古新字成，升号帝师大宝法王，领宣政院——管理吐蕃地区的最高机构。故有“帝师之命与诏敕并行于西土”之说①。在西藏和其他藏族地区，至今还保存有许多元朝皇帝圣旨和帝师法旨，足以证明。帝师法旨都是以“皇帝圣旨里”抬头，表明系奉旨行令。自世祖以后，元朝历代皇帝都置有帝师。有元一代的十三四任帝师除两三人出身不明外，其余皆出自八思巴的款氏家族（七人）或门徒（四人），至于款氏家族成员被封为国师、国公，司徒、司空，乃至尚公主封王者，为数也甚多。

　　三、地方机构：在吐蕃地区，直接管理地方事务的是宣政院属下的三道宣慰司都元帅府；宣慰司下，设有宣抚司、按抚司、招讨司、万户府、千户所等，在邻近内地的蕃汉杂居区则置路府州县。

　　（一）吐蕃等处宣慰司都元帅府，所辖主要是朵思麻地方，约在至元初设置。至元六年割巩昌都总帅府所领河州路（治河州，今甘肃临复）、朵思麻路（设有总管府和军民万户府等）隶之。至元五年至八年，又先后割巩昌都总帅府所领安西州、洮州、岷州来属。积石州置元帅府（在今青海循化），贵德州（治今青海贵德）置达鲁花赤、知州等。礼店文州元帅府（治礼店，今甘肃礼县东北），中统初，按竺迩子赵国宝所招文州吐蕃首领勘陁孟迦入朝，赐金符，立文州吐蕃万户府，赵国宝以元帅兼万户府达鲁花赤。松潘叠宕威茂州宣抚司，阔端曾以吐蕃首领赵阿哥昌为叠州安抚使，及松、潘、岩、威、茂等州各部相继来降，遂合置一安抚司辖治之；至大二年（1309）宣政院依镇西武靖王和朵思麻宣慰司的建议，改安抚司为宣抚司，迁治茂州汶川县。

　　（二）吐蕃等路宣慰使司都元帅府，管辖吐蕃朵甘思之地，并辖有四川黎州（今汉源）、雅州（今雅安）等州县，以及奔不招讨司、奔不儿亦思刚和赤思马儿甘万户府等。元初，曾置碉门（今四川天全）等处安抚使、鱼通（今四川康定东）等处达鲁花赤等官，以招谕、镇抚这一带的吐蕃部落。至元二年（1265）建吐蕃哈答城（一作匣答，在今四川乾宁北）遣军戌守，十三年以之为宁远府。十五年以吐蕃李唐城为李唐州。至元二十年，又割成都路所领黎、雅两州属吐蕃招讨司。大德二年（1298）并吐蕃、碉门安抚司、运司为一，改称“碉门鱼通黎雅长河西宁远军民宣抚司”并置“朵甘思哈答李唐鱼通等处钱粮总管府”为掌管钱谷的机构。

　　① 《元史》卷二○二《释老传》。