清政府得知甘肃撒拉族、回族起义的消息后，急忙调发京师健锐、火器营官兵两千名赴甘肃，并命阿桂和户部尚书和珅前往督师。这时，阿桂正在河南督办河工，乾隆帝就命和珅兼程先行。同年六月，和珅到甘肃后，义军已从兰州主动撤离，转移到距兰州三十里的华林山一带。和珅督军进攻，义军人数虽少，但顽强抵抗，“众虽千余，皆新教死党，素业射猎，精火枪，④ 《清史稿》卷127《河渠志》二。

　　① 《清史稿》卷129《河渠志》四。

　　又负地险”①，清军屡攻不下，固原总兵图钦保和近千名官兵都被击毙。不久，阿桂抵甘肃军营，和珅将失利责任归之于诸将不听调遣。阿桂认为如有这种情况，就应以军法处置。于是他就同和珅一起，召集诸将部署作战方略。阿桂发出的每一道指令，诸将都应声答应。阿桂对和珅说：“诸将殊不见其慢，当谁诛？”②和珅又羞又恨，说不出一句话。乾隆帝对和珅的无能也有所察觉，颁诏斥责他不把战争的实际情况上报，说：“自阿桂至军，措置始有条理，一人足办贼，和珅在军，事不归一”③，下令和珅速回京。这件事使和珅益加嫉恨阿桂，二人自此不睦。

　　和珅回京后，由阿桂一人指挥战事。他见义军防守坚固，特地从四川调来一千名善于在山地作战的藏兵和七百名阿拉善蒙古兵，依仗兵力与武器精良的优势，切断义军水源，将其团团围困。在这种情况下，义军既没有后方的支援，又没有友军的策应，孤军奋战，处于被动地位。同年六月，义军防线终被清军突破，苏四十三在战斗中牺牲。义军余部退入华林寺，仍然英勇抗击。清军竟惨无人道地放火焚烧，义军全部壮烈牺牲，无一人投降。

　　阿桂镇压起义后，对新教徒进行疯狂的迫害。他将新教徒的田产分给旧教军官，并奏请“将新教礼拜寺概行拆毁，如查有私行传习，阳奉阴违者，照邪教律从重办理”①。陕甘总督李侍尧在查办所谓新教余党时，亦大肆株连罗织，迫害无辜。这就激起了更大的反抗。乾隆四十九年四月，回族民众在新教阿訇田五等人的领导下，在甘肃通渭石峰堡再次举行起义。甘肃提督刚塔率军镇压。田五在战斗中不幸牺牲，马四圭和张文庆继续率众斗争。他们攻占通渭城后，巧设埋伏，将清西安副都统明善和其部下一千二百名士兵全部歼灭。清廷闻讯极为震动，下令逮捕陕甘总督李侍尧、提督刚塔入狱，改命福康安和海兰察统兵进攻义军，同时还命阿桂领健锐、火器营士兵赴甘肃督师。同年六月，阿桂至甘肃后，义军已放弃周围小据点，全力固守石峰堡，“堡踞万山中，四面削险，沟堑纵横”②，十分险要。义军凭借天险，英勇抗击，清军屡攻不下，伤亡惨重。阿桂仍采用断绝水源和围困的手段，欲图迫使义军就范。义军孤立无援，奋勇突围，但未成功。七月，石峰堡被清军攻陷，起义宣告失败。阿桂因镇压有功，被授与轻车都尉世职。

　　在治水、督师的同时，阿桂还不时被乾隆帝派往各地，查办案件。乾隆四十六年，甘肃“冒赈案”就是由阿桂揭露和查办的。这一年，和珅和阿桂先后抵达甘肃督师，镇压撒拉族回族起义。当他们将甘肃境内时常下雨的情况上报朝廷后，乾隆帝就对近年甘肃省官吏屡次上报该省发生旱灾，请求赈济一事产生了怀疑。于是他下令阿桂和陕甘总督李侍尧调查此事。阿桂和李侍尧经过一番了解后，事情真相才开始暴露出来。此案始于乾隆三十九年。这一年原浙江布政使王亶望调任甘肃布政使。他到任后，和陕甘总督勒尔谨串通一气，先将收捐监生的米粮改为折色银两，然后年年虚报旱灾，打着用监粮赈济的名义，将银子全部私分。乾隆帝对甘肃冒赈案十分重视，特遣侍郎杨魁到浙江，会同巡抚陈辉祖，将又调回浙江的王亶望拘留审讯，抄了他① 《圣武记》卷7《国朝甘肃再征叛回记》。

　　② 《清史稿》卷319《和珅传》。

　　③ 《清史稿》卷319《和珅传》。

　　① 《兰州纪略》卷16。

　　② 《圣武记》卷7《国朝甘肃再征叛回记》。

　　的家，得脏银百余万两。在铁证面前，王亶望只得将如何私自改监粮，如何指使兰州知府蒋全迪“示意诸州县伪报旱灾，迫所辖道府具结申转”①，以及如何私分银两的罪状一一招认。乾隆帝下令斩王亶望，赐勒尔谨自尽，现任甘肃布政使王廷赞论绞，并即于兰州将蒋全迪斩首。同时，还命阿桂按治甘肃州县，查勘州县官在此案中的不法行为，规定凡冒赈私分银两在两万两以上者都要处死。阿桂经过一段了解和审讯后，把参与“冒赈案”的官员人数和冒赈银两数基本弄清。牵连此案的道府州县官达六十多人，被斩首的有二十二名，其余的也按情节的轻重给予不同的处罚。

　　但此案并未最后了结。乾隆四十七年有人控告闽浙总督陈辉祖在查抄王亶望家产时有舞弊行为。于是乾隆帝又命阿桂赴浙江按治。阿桂抵浙后，严鞫陈辉祖，将其在抄家时，以银换金，隐藏玉器，抽换朝珠，将王亶望的赃物窃为己有的罪行查清，陈辉祖遂被革职逮问。第二年二月，因又揭露出陈辉祖任内，浙江全省存在严重的钱粮亏空，乾隆帝一气之下就赐他自尽。① 《清史稿》卷339《王亶望传》。

　　第六节鄙视和珅力保晚节乾隆五十四年（1789）阿桂视察荆州堤工返京后，直到嘉庆二年（1797）病逝的九年时间内，他一直在京城处理政务，度过了人生道路上的最后一段里程。此时，朝廷的政局已为和珅及其同党所把持。和珅善于揣摸和迎合乾隆帝的心意，处处讨其欢心，深得皇帝宠信。阿桂虽以勋臣为首席军机大臣，地位在和珅之上，但因他十余年间经常外出，很少在京城处理政务，使得和珅乘机窃取大权，“和珅柄政久，善伺高宗意，因以弄窃作威福。不附己者，伺隙激上怒，陷之。纳贿者则为周旋，或故缓其事，以俟上怒之霁。大僚恃为奥援，剥削其下以供所欲。盐政、河工素利薮，以征求无厌，日益敝”①。阿桂对和珅专权乱政很是痛恨，但碍于乾隆帝对和珅的宠信，加之自己年已古稀，力不从心，因而也无可奈何。然而他不愿和和珅同流合污，尽管和珅一再拉拢他，也不能动摇他洁身自好之志，“乃除召见议政外，毫不与通交接。凡立御阶之侧，公必去和相十数武，愕然独立，和就与言政事，公亦漫应之，终不移故处也”②。乾隆六十年（1795），乾隆帝禅位于其子颙琰，自己则称太上皇。次年，颙琰正式即位，是为嘉庆元年（1796）。这年阿桂已八十岁，他因身体不适被准休假养病。谁知从此不起，于次年八月病死，终年八十一岁。阿桂死后，被赠太保，入祀贤良祠，谥号文成。