这位学者治经，研究古人思想，有两点认识比较精到。一是认为情欲的合理性。理学家讲“灭人欲”，“存天理”，将情欲与天理对立起来。佛学要捐弃七情六欲，清净出世，认为情欲是私，是恶。情欲在理学、佛学那里都是要不得的。阮元论证了性、情、欲三者的关系，他从文字学解释“性”，谓“性字从心，即血气心知也”。就是认为性是从人的肉体和精神产生的，并非是外在的。味色声臭喜怒哀乐表现出来的“情”，“皆本于性”。他分析孟子“食色性也”的话，认为性中含有情，故概述为“情括于性，非别有一事与性相分而为对”。即情和性不可分裂，不是对立的。阮元认为，“欲生于情，在性之内”。因为“天既生人以血气心知，则不能无欲”。总起来说，阮元断定人人都有情欲——用他话说，“七情乃尽人所有”②——是性的表现，批驳了理学、佛学视欲为恶及情欲与性对立的观点。阮元承认情欲出自人的本性，并以恢复儒家这种观点自命，表明他肯定情欲是合理的。这种观点与他所尊敬的思想家戴震的看法相一致。戴震提出“人之同欲”的命题，他说：“饥寒愁怨，饮食男女，常情隐曲之感，则名之曰人欲。”认为人欲是人们对外界事物的接触而产生的感觉和认识，进而认为人欲是合理的。他说：“凡事为皆有欲，无欲则无为矣，有欲而后有为。”①反对理学的去人欲说，发出“以理杀人”比“以法杀人”还残暴的警世宏论。②阮元讲情欲的合理性，理论上的深刻性和战斗性都不如戴震，这除了认识上的问题以外，还在于他高官厚禄，不敢与作为官方哲学的理学公开对抗。尽管阮元的理论有缺陷，但他主张情欲合理性的观点是进步的，在本质上是对理学的封建禁欲主义的一个冲击。

　　阮元对思想史研究的另一个贡献是把儒家的“仁”解释为处理人际关系的思想。后世儒家把孔子的“仁”理解为爱人、爱民，行仁政，阮元把《论语》五十八章论到的仁，一百零五处提到仁字的地方，采用音韵训诂的方法，作了通盘的考察，认为东汉以前的人都把仁理解为人，是常识，故而人们不必对仁多加说明，而晋以后此解失传，人们反生出歧说，不解原意。他举出② 《揅经室集·自序》。

　　① 《揅经室一集》卷2，《拟国史儒林传序》。

　　② 《揅经室一集》卷10，《性命古训》。

　　① 《孟子字义疏证·权》。

　　② 《戴东原集·与某书》。

　　东汉以前几位学者和著作对仁的训诂，如曾子的“人之相与”，《中庸》的“仁者人也”，郑玄的仁，“读如相人偶之人。”他认为他们所理解的仁，就是说人与人的关系，因此他说：“春秋时孔门所谓仁也者，以此一人与彼一人相偶，而尽其敬礼忠恕等事之谓也。”又说：“凡仁，必于身所行者验之而始见，亦必有二人而仁乃见。若一人闭户斋居，瞑目静坐，虽有德理在心，终不得指为圣门所谓之仁矣。”归纳阮元的观点是：仁是讲人与人的关系，是要求人们以敬礼忠恕为原则处理相互之间的关系。阮元仁的思想还包含如何达到仁，仁对国君、臣民的各自内涵等内容。他说：“为仁须择人，与我相助。”自身要实现仁，一定要考虑对方能否同自身配合，因而要选择对象，不顾对方条件，行仁可能只是一种愿望，而不能达到目的。阮元说：“士庶人之仁，见于宗族乡党；天子诸侯卿大夫之仁，见于国家臣民。”①百姓之间、治人与治于人之间，仁的关系不同，仁的内容也就有了差异。阮元认为对于帝王来说，仁就是制约自己，按照百姓乐于或能够接受的条件去做，即要尊重百姓，不滥使民力，并给百姓以好处。对于百姓来说，仁之本在孝悌，在家行孝，对君主就能尽忠，即能把各种关系处理好。阮元对于仁的理解，符合于孔学的本意，对于后人正确分析儒家思想是有益的。仁是孔学的基本思想，它规定人际关系的原则是礼义，讲究温良恭俭让，抑制自己的欲望，满足对方的要求。中国人历来奉行这个原则，形成国风，成为“礼义之邦”。阮元对仁的本意的恢复，有利于理解儒家学说及其形成的传统，从而也有利于对它的清理。②阮元的著述成就，以学科分类，主要有以下几个方面。关于经学，他主编了《经籍纂诂》、《十三经注疏校刊记》。《经籍纂诂》一百零六卷，是阮元在浙江学政任上主纂的。是他将唐以前经史子集各种古籍的正文和注释中的训诂汇辑在一起，以字为单位，按韵分类，成为史料丰富的古汉字大字典。其收字之多，超过《康熙字典》、《中华大字典》。《十三经注疏校刊记》成书过程较长，《十三经注疏》南宋始有合刻本，乾隆初又椠刻。阮元青少年时读经就注意诸本异同，加以订正，任詹事时奉命参加太学石经的校订，把唐代石经与宋板经书加以比勘，后到各地做官，继续校对石经与读本，作出记录，成《校勘记》二百十七卷，嘉庆十三年出版。

　　在金石学领域，阮元著的《积古斋钟鼎彝器款识》，研究了五百五十余件古器物，是前此同类著述中识器最多的。阮元在山东学政任上获知该省金石甚丰，遂利用任职条件，亲自收集，还通过友人广泛搜求，得拓片，汇编成二十四卷的《山左金石志》。阮元另辑有《两浙金石志》。他的研究金石有个特点，即利用它解释经义和历史，以他的话说，就是“颇于经史多所创获”①。

　　对于史学方面，阮元在嘉庆十五年国史馆总纂任上写作了《国史儒林传》。清朝史馆原没有儒林传及其体例，原因是国史馆传记，凡功臣、大臣，例由其家属提供材料，配合档案资料撰写，而儒林人物不能由家属提供资料，所以无法撰稿。阮元并不能破除资料来源规制，但觉得可以利用学者本身的著作来与其传记，于是择录纂辑，成百十人的儒林传，创立了清代史馆编撰① 以上引文并见《揅经室一集》卷8，《论语论仁论》。