桓玄攻入建康后，矫诏自命为总百揆，加侍中、都督中外诸军事、丞相、录尚书事、扬州牧，领徐州刺史；又加假黄钺、羽葆鼓吹、班剑二十人等，署置丞相府的大小僚属。奏请杀司马元显、谯王司马尚之、尚之之弟恢之、允之及庾楷父子等人；流放司马道子到安成郡，未发而毒杀之；解除刘牢之的兵权，用为会稽内史。继而布置亲信占据要津，任命桓伟为安西将军、荆州刺史，领南蛮校尉；堂兄桓谦为左仆射、加中军将军，典掌选举；桓脩为右将军、徐兖二州刺史；桓石生为前将军、江州刺史；心腹卞范之为丹阳尹，王谧为中书令、领军将军。改年号为大亨。不久又辞去丞相，自署太尉，领平西将军、豫州刺史，并给自己加以剑履上殿，入朝不趋，赞奏不名的殊礼。同年四月，桓玄出镇姑孰，姑孰当长江重要渡口，既是豫州治所，又是建康的西南门户，战略地位十分重要。镇姑孰既可以控制朝廷，又可以掌握军事上的主动权，可谓一举两得。桓玄虽出居外镇，但朝中大事都要向他请示报告，小事则由桓谦、卞范之处理。

　　桓玄当权之初，还能有所作为，政治颇有起色。他大力整肃朝纲，黜凡庸之辈，远奸佞之臣，选用贤才，时局有所好转，京城内一时欢欣鼓舞。为了革除岭南贪污奢糜的弊政，他选派良吏吴隐之出任广州刺史。吴隐之以身作则，廉洁奉公，短期内使岭南风气为之一变。为此，他大加赞赏，称道吴隐之“处可欲之地，而能不改其操”，“革奢务啬，南域改观”，①提拔吴隐之为前将军，赐钱五十万，谷千斛。他曾试图革除豪强兼并，强弱相凌，百姓流离的劣政，但因阻力重重，加之政令繁密而无法实行。针对晋末佛教开始盛行、伤政害民的弊端，桓玄还提出沙汰僧尼，打击寺院经济的主张，并① 《晋书》卷90《良吏吴隐之传》。

　　亲自下达了淘汰僧尼的命令，命令中说：佛所责无为，殷勤在于绝欲。而比者陵迟，遂失斯道。京师竞其奢淫，荣观纷于朝市。天府以之倾匮，名器为之秽黩。避役踵于百里，逋逃盈于寺庙，乃至一县数千，猥成屯落。邑聚游食之群，境积不羁之众，其所以伤治害政，尘宰佛教，固已彼此俱敝，实污风轨矣！②他规定，除了那些精通佛理、恪守戒律的佛教徒外，其他僧尼一律淘汰，还俗为民，“严为之制，速申下之”③。

　　然而这一切不过是昙花一现，奢豪之态不久复萌，政令无常，朋党互起。这时三吴发生大饥馑，饿殍遍地，户口减半，会稽郡人口只剩三、四成，临海、永嘉郡死亡殆尽，殷实人家也竟身穿罗纨，怀抱金玉，闭门相守而饿死。在这种情况下，他加紧篡权的步伐，首先大杀北府旧将以绝后患。吴兴太守高素、将军竺谦之、竺朗之、刘袭、刘季式、冠军将军孙无终等人皆无幸免。刘轨、刘敬宣、高雅之、袁虔之、刘寿、高长庆、郭恭等被迫北逃，分别投奔南燕和后秦。接着，他让朝廷以平元显之功，封自己为豫章公，又以平殷仲堪、杨佺期之功，封桂阳郡公，然后改赐子侄。又让发诏避其父桓温讳，有姓名同者一律更改，赠其父马氏豫章公太夫人。

　　元兴二年（403）二月，桓玄为提高威望，上表请率领诸军扫平河、洛，然后指使朝廷下诏制止，便称“奉诏故止”。九月，使朝廷拜自己为楚王，封十郡，加相国，总百揆，备九锡，楚国置丞相以下官属。为制造舆论，他上表请求返回藩镇，然后自作诏挽留，再上表固请，逼天子出手诏坚留。他还暗中指使人献祯祥，呈符瑞，诡称钱塘江边的临平湖多年淤塞，现已湖开水清。又称江州百姓王成基家的竹子上降有甘露，命百官大加庆贺。历代都有隐士，偏偏此时没有，桓玄觉得不光彩，赶紧派人找来了西晋著名隐士皇甫谧的六世孙皇甫希之，先让希之隐居山林，提供各种费用，再征为著作郎，然后又指使希之故意推辞不接受，称之为高士。时人觉得很可笑，戏称这种隐士为“充隐”。

　　桓玄性贪鄙，喜爱奇珍异宝，终日珠玉不离手。别人有好字画及佳园美宅，都千方百计地据为己有。不好意思当面抢夺，就以赌博为手段，变着法儿夺取。甚至不惜派遣臣僚四出，到处掘果移竹，连数千里外的佳果美竹都被挖得干干净净。又喜欢阿谀奉承，厌恶臣下进直言。法令无常，随心所欲，一会儿想废钱币而用谷帛，一会儿又想恢复肉刑，结果事事无成，至使朝野失望，人不安业。

　　正当桓玄得意之际，一连串的打击接踵而至。其兄荆州刺史桓伟突然病死，桓伟最受桓玄信赖，被视为左膀右臂，桓伟一死，桓玄顿感孤危。不久，殷仲堪的余党、新野人庾仄合众七千，起兵襄阳，赶走了守将冯该；南蛮校尉庾彬等人谋为内应，江陵震动。桓玄之侄桓亮也以讨伐庾仄为名，乘乱起兵罗县，自称平南将军、湘州刺史。这两次事件虽很快被平定下去，但却给桓玄以巨大的精神压力。与此同时，北府兵的中级将领刘裕、何无忌等人又正在酝酿起兵，无疑给桓氏政权造成了最严重的威胁。形势在逆转，如不赶快禅代，皇帝梦难免成为泡影，桓玄急不可待。但北府兵的将士们是否答应？桓玄不放心。堂兄桓谦秉承桓玄旨意赶赴彭城，试探地问刘裕：“楚王功高② 《弘明集》卷12《桓玄辅政欲沙汰众僧与僚属教》。

　　③ 《弘明集》卷12《桓玄辅政欲沙汰众僧与僚属教》。

　　德重，朝廷的意思是想禅让，你们以为如何？”刘裕诡谲地回答，“楚王，宣武之子，勋德盖世，晋王室衰微，早失民望，趁机禅代，有什么不可以！”桓谦乐滋滋地说：“你说可以就可以了。”桓玄得到报告，便放心地称起皇帝来。