平定外患内乱在割据势力林立的社会环境里，一个割据政权独立发展是不可能的。建元元年（365），前秦和平宁静的局面被破坏了。

　　前燕太宰慕容恪从东晋手中夺取洛阳后，兴兵西进，占领崤山、渑池，威逼前秦东境。消息传来，关中大震，苻坚率领大军驻守陕城。

　　不久，原来归附前秦的匈奴右贤王曹毂、左贤王刘卫辰举兵叛变，率领二万人马进攻杏城以南的郡县，而鲜卑部落首领乌延也起兵与匈奴相呼应。苻坚乃亲率大军出征，前锋都督杨安、毛盛在同官川大败曹毂部，杀死四千余人。曹毂请降，苻坚迁徙其酋豪六千余户到长安。苻坚击斩乌延，另派将领邓羌讨刘卫辰部，在木根山活捉了刘卫辰。接着，苻坚进兵到朔方，安抚匈奴降众，封刘卫辰为夏阳公、曹毂为雁门公，统率旧部。

　　建元二年（366），略阳羌族首领敛歧叛变投靠李俨，而李俨则是前凉的叛将。次年二月前秦派王猛、姜衡、姚襄、邓羌讨敛歧，前凉张天锡也同时出兵讨李俨。敛歧不战而降，王猛遂克略阳；李俨兵败于张天锡，向王猛求救。苻坚增派杨安等部将带领二万骑兵驰援。秦、凉二军大战于枹罕以东，王猛大胜，俘斩一万七千余人。但王猛审时度势，不想和张天锡继续纠缠，写信对他说：“我受诏命救李俨，没有与凉州交战的使命。现在准备坚壁高垒，等待命令。这样旷日持久下去，恐怕双方都要受到损失，不是好办法。如果将军退兵，迁徙民众西归；我押送李俨东还，不是很好吗！”张天锡果然撤回凉州。这时李俨存心反悔，关紧枹罕城门不出来投降。王猛心生一计，便服乘车，只带随从几十人，请与李俨会面。李俨开了城门，没想到埋伏在附近的秦军将士蜂拥而入，捉住了李俨。李俨被送到长安以后，苻坚任之为光禄勋，赐爵归安侯。

　　外患方平，内乱骤起。建元三年（367）十月，晋公苻柳、赵公苻双、魏公苻庾、燕公苻武合谋作乱。早在甘露六年（364）和建元元年（365），前秦宗室前后发动两次未遂军事政变。第一次政变后，王猛建议将苻生的五个兄弟（所谓“五公”）一网打尽，铲除后患，但苻坚不从。第二次政变中，不仅苻生弟苻柳陷进去了，苻坚胞弟苻双也陷进去了，苻坚仍然不闻不问。“当断不断，反受其乱”，他一再宽容、姑息，终于招致了一场大规模的内乱。并州牧苻柳占据蒲阪、秦州刺史苻双占据上邽、洛州刺史苻庾占据陕地、雍州刺史苻武占据安定，同时起兵，苻坚派遣使者宣喻，都遭到拒绝。

　　平定内乱的战争打了整整一年。苻坚以杨成世、毛嵩分别攻打上邽、安定，以王猛、邓羌进兵蒲阪，杨安、张蚝进兵陕城。杨成世和毛嵩吃了败仗，苻坚再派王鉴、吕光诸将率领三万人迎战，斩苻双、苻武于上邽。蒲、陕二军奉命坚壁不出，苻柳多次挑战，王猛都不予理睬，苻柳以为王猛怯阵，留长子苻良守蒲阪，而亲自领兵二万直趋长安。当苻柳刚走出一百多里地，王猛派邓羌以精骑七千乘夜袭击；苻柳引军返回，王猛又在半路上截击，大获全胜，苻柳只剩下数百骑兵逃回蒲阪城中，终于城破被杀。苻庾尚未交手，就献陕城给前燕，请求前燕发兵，他写信给前燕吴王慕容垂等说：“苻坚、王猛都是人杰，早就阴谋灭燕，今日不乘机进取，他日燕国君臣后悔也就晚了。”但前燕内部矛盾重重，自顾不暇。王猛派邓羌、王鉴攻陷陕城，俘获了苻庾。苻庾被送到长安，为苻坚所杀。

　　统一北方从建元五年（369）起，前秦历史进入了一个新的阶段。一方面是，前秦政局日趋稳定，实力日益雄厚；另一方面是，前秦周围少数民族政权相继走向没落，其国内阶级矛盾和统治阶级内部矛盾不断激化。这就是说，由前秦重新统一中国北方的客观条件已经成熟了。这时候，苻坚不失时机地发动统一战争，“取乱侮亡”，终于完成了统一北方的大业。

　　由于东晋大司马桓温北伐军抵达枋头，前燕朝野一片混乱。燕主慕容 和太傅慕容评准备逃往和龙（今辽宁朝阳市），因慕容垂的反对才勉强出兵应战。慕容 又派遣使者向前秦求救，答应割让虎牢城以西的土地给前秦。苻坚召集群臣商议，大家都说：“过去桓温进攻我们，兵临灞上，而燕国在一旁袖手旁观；如今桓温讨伐燕国，我们为什么要救它？”王猛不同意这种看法，私下里对苻坚说：“燕国虽然强大，但慕容评不是桓温的对手。如果桓温拿下关东，进屯洛阳，网罗幽、冀兵众，倚仗并、冀粮草，然后攻击崤山、渑池，那时，陛下统一大业就付之东流了。现在不如暂时与燕联合打退桓温，等到桓温退兵，燕国也精疲力尽了，那时再乘势取燕，不是很好嘛！”苻坚采纳王猛的意见，派将领苟池率领步骑二万援救前燕。

　　这年八月，王猛升任尚书令。

　　桓温在枋头滞留了两个多月，连战失利，粮食又供应不上，只得撤兵，一路上遭到前燕慕容垂、前秦苟池的沉重打击，狼狈逃回淮南。

　　但是，战争的胜利反而加深了前燕的危机。太傅慕容评妒贤忌能，暗中与太后谋杀功臣慕容垂。慕容垂走投无路，带着子侄投降前秦。苻坚大喜过望，亲自迎到郊外，亲切地拉着他的手说：“天生贤人俊杰，必然让他们共建大功。朕要与卿一起平定天下，上泰山封禅，然后送卿回到本国，世代封为幽州。”慕容垂及其子侄受到优厚的礼遇，使王猛感到忧虑。他对苻坚说：“慕容垂父子象龙虎一样，不是可以驯服的，要是遇到风云际会，就无法驾驭，不如及早除掉他们。”苻坚不以为然，说：“我正要收揽英雄，统一天下，怎么能杀他们？而且他们刚到的时候，我已经表示了我的诚意，匹夫还不能言而无信，何况是万乘之主呢！”于是，任慕容垂为冠军将军，封宾徒侯；任慕容垂侄慕容楷为积弩将军。