太和二十一年（497）正月，立皇子元恪为太子。二月，孝文帝北巡，准备到平城亲自看看那里的情况。途中经过上党铜鞮山，看到路旁有十几棵大松树，一时诗兴大发，边走边作起诗来。眨眼功夫，诗就作成，命人拿给彭城王元勰看，很自信地说：“我开始作此诗，虽然不是七步，但也说不上远。你也作一首，等走到我这里，诗要作成。”当时元勰离他仅十几步远，遂且行且作，还没走到其地就作成了。诗写道：“问松林，松林几经冬？山川何如昔，风云与古同。”①孝文帝大笑道：“你这首诗也是笑话我罢了。”不数日，来到平城，劳问任城王元澄等人，引见穆泰、陆睿及其党羽，经讯问，没有一个含冤叫屈的，人们都很佩服元澄明断。穆泰及亲党全部被杀；陆睿赐死狱中，妻子流徙到辽西为民；元丕免死，留下后妻、二子，一同发往太原为百姓，杀元隆、元超与同母兄弟乙升，余子徙敦煌。这次叛乱，留在平城的鲜卑旧贵族多数都参与了，只有于烈一族没有卷入。因此，于烈更加① 《魏书·彭城王勰传》。

　　受到孝文帝的器重，后来被提升为领军将军。

　　叛乱平息后，孝文帝以鲜卑旧贵和北方各少数族酋长不堪暑热，允许他们秋居洛阳，春还部落，当时人称他们为“雁臣”。

　　御驾南伐六月，孝文帝一行渡渭水入黄河，东还洛阳。返京后的第三天，即下令征发冀、定、瀛、相、济五州兵卒二十万，准备再次大举南伐。就在这时，中书监魏郡公穆罴与穆泰通谋一事败露，虽在大赦之后，仍被削官爵为民；罴弟司空穆亮也被迫辞职。

　　经过一番准备，八月，孝文帝率六军从洛阳出发，使任城王澄与仆射李冲、御史中尉李彪等人留守京城，命皇弟彭城王勰暂领中军大将军。勰辞谢说：“亲疏并用，古人之道。臣是何等样人，屡蒙陛下宠授！过去陈思王曹植上表魏文帝，求自试率兵攻吴蜀，而得不到允许，今日我不请而授以征伐重任，怎么差别这样远啊！”孝文帝听后大笑，拉着元勰的手，亲热地说：“二曹以才名相忌，我和你以道德相亲。你只要克己复礼，何必再管其他事情。”

　　孝文帝引兵直趋襄阳，彭城王勰等三十六军前后相继，众号百万，吹唇拂地。兵至赭阳，留诸将攻取，自率兵南下奔袭宛城，当晚攻克外城。齐南阳太守房伯玉据内城拒守，孝文帝派中书舍人孙延景对房伯玉说：“我这次要荡平南方，统一全国，不像以前那样冬来春去，没有克获，决不还北。你这座城池首当其冲，不得不先攻取，远期一年，近止一月。封侯、斩首示众，事在顷刻之间，宜加三思。”房伯玉率众坚守，魏军不能取胜。孝文帝留咸阳王禧等人攻南阳，自引兵至新野，又遭到齐新野太守刘思忌的顽强抵抗，直到十月，仍然不能攻下。齐明帝急派大将崔慧景率步骑二万余人增援襄阳。十一月，南齐韩秀芳等十五将投降北魏，魏兵才在沔水以北取得一次胜利。战争相持到第二年三月，北魏终于攻占了雍州的南阳、新野、南乡等郡，刘思忌被杀，房伯玉被迫出降。继而大败崔慧景、萧衍于邓城，斩首、俘获二万余人。孝文帝乘胜率众十万围攻樊城，齐雍州刺史曹虎闭门自守。但涡阳一战，魏军失败，一万多人被杀，三千多人被俘，军资器械财物损失上千万。北魏急调步骑十余万往援涡阳，才迫使齐军撤退。九月，孝文帝得知齐明帝死讯，乃下诏称说“礼不伐丧”，引兵而还。归途中，身患重病，十多天不能引见侍臣，经过急救，方才转危为安。

　　太和二十三年（499）一月，孝文帝风尘仆仆地回到洛阳，尽管病魔缠身，但还是坚持上朝理事。回京后的第二天，便在宫中引见大臣，他面带怒容地责问任城王澄说：“营国之本，礼教为先。朕离京以来，旧俗多少有些改变不？”元澄见问，心中惶恐，小心翼翼地低声答道：“圣上教化日新。”孝文帝斥责说：“朕昨日入城，看见车上的妇人还头戴帽子、身着小袄，怎能说得上日新！若是如此，你等为何不加查看？”戴帽、穿小袄，是鲜卑妇女旧服，故被责问。元澄解释说：“穿旧服的少，不穿的多。”孝文帝一听，心中十分不快，继而说道：“太奇怪了！任城的意思是想使洛阳全城尽着旧服么？这不就叫做一言可以丧邦吗？可令史官记下。”元澄与留守百官面面相觑，一齐脱帽请罪。

　　南齐为了夺回雍州所失各郡，派太尉陈显达督率平北将军崔慧景军四万击魏，屡破魏将元英，围攻襄阳以北三百里的马圈城达四十余日，城中粮食断绝，将士以死人肉和树皮充饥，魏兵被迫突围，死伤千余人。陈显达又派军夺回南乡郡，给北魏造成严重的军事压力。孝文帝十分忧虑地与任城王澄计议道：“显达侵扰，朕不亲自出马就无法制伏他。”

　　三月初，孝文帝抱病又一次离洛阳御驾亲征，命于烈居守，以右卫将军宋弁相辅助。孝文帝自染病以来，彭城王元勰常在身边侍奉医药，昼夜不离左右，饮食必先尝而后进，蓬首垢面，衣不解带，睡不安席。孝文帝久病心烦，易于动怒，侍臣稍有过失，动不动就要诛斩；元勰乘间劝谏，多所匡救。于是以元勰为使持节、都督中外诸军事，统领全军。元勰辞谢说：“臣侍候疾病，苦无空闲，怎能治军？愿更选一王，总管军权，臣得以专心侍奉医药。”孝文帝感慨地说：“侍疾、治军都要依靠你。我病成这样，恐怕不行了。安六军、保社稷，除了你还能有谁！怎能更选他人以违推心相托之意呢？”魏军进至马圈城，与齐军相遇，孝文帝坚持亲自部署指挥战斗。均口一战，齐军大败，主帅陈显达化装南逃，丢失军资以亿计，尽为北魏所得，魏军乘胜追奔至汉水而还，齐军十之七八被杀或投水自溺而死，死者三万余人。