《神农本草经》问世后，对药用动、植物的研究，更加深入和发展，新发现的药用动、植物种类不断增加。陶弘景（452—536）编著《神农本草经集注》时，他所著录的药物已增至730 种。陶弘景打破了《神农本草经》的三品分类方法。就所著录的药用动、植物而论，他基本上将动、植物纳入草木、虫兽、果菜、米食等五大类。在每一大类中，再分上、中、下三品。很明显地已将三品分类放在很次要的地位。这一改进，对后来本草动、植物分类有很大影响。这部著作在动、植物形态鉴别描述方面也更为细致。例如说：术有两种，白术叶大有毛作桠，根甜少膏；赤术叶细无桠，根少苦多膏，区分得很清楚。

　　这个时期在分类学方面需要特别提到的是，随着我国南方经济和生产的发展，对南方动、植物的研究，越来越受到人们的注意，先后产生了二十多种“志”、“状”、“记”等形式的著作，著录并描述我国南方的动物和植物。早在东汉时就有杨孚《异物志》（又称《南裔异物志》）问世。原书已佚，从后人征引中还可以看到有关翠鸟、鸬鹚、孔雀、荔枝、龙眼、..等有关南方动、植物的描述。晋初沈莹所撰《临海异物志》是一部专门记述我国江南沿海地区草木禽兽、矿物和风土人情的著作。其中记述了约六十种鱼，四十多种爬行动物和贝壳动物，二十多种鸟类和二十多种植物。《南方草木状》，旧题永兴元年（304）嵇含撰（关于该书作者和成书年代，学术界有不同看法，至今尚无定论）。这是专述南方植物的专著，颇类当今之地方植物志。全书著录华南植物八十种，分草、木、果、竹四大类，系统完整，描述典雅。《南方草物状》是东晋徐衷所撰，原著已佚，从后人所征引的内容来看，至少记有植物五十种，鸟、兽、鱼、蚌、贝等动物十七仲。此外还有《广州记》等。据不完全统计，这些“志”、“状”、“记”一类著作，所载之南方动、植物不少于235 种，极大地丰富了关于中国动、植物种类的知识。第二节生态知识的发展三国两晋南北朝时期的生态学知识，也获得了进一步发展，人们就环境对动、植物生长和发展的影响及生物之间各种复杂关系，进行了深入的观察和研究。

　　中国古代很早就注意到环境对动、植物生长和分布的影响。秦汉前有不少关于生物地理分布的论述。秦汉以后，进一步发展为对生物分布界线的探索。在《南方草木状》和《南方草物状》等著作中记述了各种动、植物的分布状况和生活习性，勾画出把南岭作为我国南北植物分布的分界线思想。如指出芜青不能生长于南岭以南，即使种植到南岭以南，也要发生变异。戴凯之《竹谱》记述竹类数十种，指出由于气候寒冷，所以黄河以北竹类很少，而南方竹类却非常茂盛。他所记述的各种竹类分布状况，大致上将淮河、秦岭作为竹类植物分布的北界。在秦岭、淮河以北，只有个别耐寒竹种才能良好生长。

　　温度对昆虫发育的影响，亦被人们在生产实践中所发现。养蚕取丝，是中国古代在开发利用动物资源取得辉煌成就的最显著例子之一。在长期养蚕生产中，不断积累了关于蚕与环境关系的知识。众所周知，蚕有一化性、二化性和多化性的区别。一化性蚕一年只能孵化一次，二化性蚕，一年能孵化两次。即使当时温度很高，二蚕卵也要等到第二年才能孵化，这在昆虫学上称为“滞育”。在晋代人们已经知道人为的用低温催青蚕卵，就可以中断滞育，使二蚕卵在当年就能继续孵化。据郑辑之《永嘉郡记》（公元4 世纪）记载，当时浙江温州地方蚕农的具体做法是，将二化性蚕的第一化蚕所产的卵，放在低温环境中（如山间冷泉），“使冷气折其出势”。这样经低温而孵化出来的蚕，其所产的卵，在当年就会继续孵化。当时蚕农利用低温影响家蚕发育的方法，实现利用二化性蚕，在一年内孵化多次，以便饲养多批蚕。关于昆虫寄生现象的发现，在中国传统生物学史上，也颇具重要意义。

　　《诗经》中有“螟岭有子，蜾蠃负之”的诗句。螟岭是鳞翅目昆虫，蜾蠃即细腰蜂。螟岭的幼虫被一种细腰蜂掳走，这本是一种自然界常见的现象。但在汉代以前，人们还不了解这种现象的自然本质。汉代扬雄在《法言》中认为，蜾蠃掳走已经死亡的幼虫，是为将它咒成为蜾蠃。古代许多著名学者如许慎、陆玑等都相信这种说法。陶弘景最早揭开了“螟蛉有子，蜾蠃负之”的秘密。他通过实际观察发现，细腰蜂有许多种类。其中有一种色黑、腰很细、含泥作窠，并产下如粟米大小的卵。它捕取青蜘蛛放在窠内，作为子代成长时的食物。他说，另外还有一种，是在芦竹内作窠，它捕取青虫作为子代食物。根据这些发现，他正确地指出，所谓“取青虫教祝，使变成己子”的说法是错误的。陶弘景的发现，对后人进一步研究昆虫的生活是很有启发的。

　　在古代养蚕中，人们也发现了蚕蛆蝇的寄生现象。蚕蛆蝇在古代称为“蚃”，这个名称最早见于《尔雅·释虫》。郭璞在《尔雅》注中指出，“蚃”，就是当时人们所说的“蛹虫”。蚃为什么叫“蛹虫”，我们从宋代陆佃《埤雅》记载中得到了解答。《埤雅》：“蚃，旧说蝇于蚕身上乳子，既茧化而成蛆，俗呼蚃子，入土为蝇。”原来蚕蛆蝇是家蚕害虫，它在家蚕幼虫体上产卵，待蚕化蛹成茧时，蚕蛆蝇卵便孵化为蝇蛆，蝇蛆咬穿蚕茧，钻入土中，不久便化为蚕蛆蝇。因为人们主要是在蚕蛹身上发现蚕蛆蝇幼虫，所以就称它为蛹虫。蚕蛆蝇寄生现象的发现，为防治这种家蚕害虫提供了依据。