两军在荡阴（今河南汤阴）展开激战。结果司马越兵败，遁回封国东海。惠帝及随军大臣被司马颖劫掠入邺，司马睿也在其中。不久司马睿的叔父东安王司马繇因得罪司马颖而遭杀害。司马睿害怕祸事殃及自己，潜逃出邺。在奔往洛阳的途中，他行至黄河岸边曾被津吏捕获，险遭不幸。司马睿到达① 本节材料主要依据《晋书·元帝纪》，下引此传者，不另作注。

　　洛阳，马上将家眷接出赴往琅邪（今山东胶南县）去了。

　　精心筹划，移镇建邺永兴二年（305）七月，司马越经过一年的休养生息，实力开始复元。由于惠帝已被河间王司马伷劫持至关中，司马越无法操纵朝政，遂以西迎天子为借口，联络山东各方镇讨伐长安。临行前，他以司马睿为平东将军、监徐州诸军事之职镇守下邳（今江苏睢宁西北），为他看守后方。司马睿引王导作司马，凡“军谋密策”皆听由王导规划。

　　永嘉元年（307）七月，司马越改任司马睿为安东将军、假节、都督扬州江南诸军事等职，负责镇守建邺（今江苏南京市）。

　　司马睿的南下出自王导兄弟的精心筹划。晋末政局，纷乱异常。司马越在战胜司马伷夺回惠帝以后更加专权跋扈，陵暴乖戾，特别是后来竟然不计后果地将惠帝鸠杀，另立司马炽为新的傀儡皇帝。这使王导预感到，中原地区将有灾难性的大乱爆发，只有南下或许可以避难。于是，他极力怂恿司马睿出镇建邺，并利用兼参东海王军事的便利条件，游说鼓动取得了东海王妃裴氏的支持，从而促成了此行。

　　当年九月，司马睿到达建邺，立刻遇到了如何争取江南士族支持的问题。西晋灭吴后，江南曾一度是个政治上不稳定的地区。晋末动乱，这里虽未象中原那样备罹战祸，但同样也是个多事之邦。江南士族在这块舞台上扮演着主要角色。半年前，他们刚刚消灭了企图割据江东的广陵相陈敏。江南士族所显示出来的力量，使司马睿感到，如果不能充分保障江南士族的利益，他将无法在建邺站住脚根。不过，这时的江南大族也特别需要一个有号召性的、并能尊重他们利益的西晋皇室镇戍江南，以使南方的政局能够处于相对稳定的状态。然而，司马睿不是他们所理想的人物，因为他属于皇室的疏属，素无名望而又无业绩。

　　基于这些原因，司马睿到达建邺半年之久，没有任何当地大族主动地向他靠拢，表示亲近。王导意识到问题的严重性，十分忧虑。他和时在建邺的族兄青州刺史王敦商议，决定选择一个合适的机会，共同排演一场专供南方士人欣赏的节目，以提高司马睿的威望。

　　永嘉二年（308）三月三日，建邺士庶照例在水边举行一年一度的禊祓活动。这一天，在王导的安排之下，司马睿乘坐华丽的肩舆，由威风凛凛的仪仗簇拥着，出游观禊。王导、王敦以及北来的大族名士都骑马跟在仪仗的后面作为扈从。这个阵势大大出乎南士的预料，他们受到了极大的震动，意识到司马睿是南渡的北方士族将来要拥戴的领袖，不能轻视。正在现场的南士领袖纪瞻、顾荣等人急忙在道左进行参拜，表示他们对司马睿的恭敬。

　　观禊之后，王导为司马睿进一步谋划，企图以通过拉拢纪瞻、顾荣等人的手法，实现使整个江南士族集团归附的目的。王导代表司马睿亲自登门拜访顾荣等人。经过这一番往来，顾荣等人认为司马睿是可以接受的，于是皆应命而至。司马睿把一大批南士委以重任，并让顾荣等人参与有关军府政事的机要活动。由是“吴会风靡，百姓归心焉。自此之后，渐相崇奉，君臣之礼始定”（《晋书·王导传》）。一个以南北士族为核心的江东政权初步形成了。

　　在司马睿建立江东雏型割据政权的过程中，王导起了决定性的作用。因此，司马睿对于王导“尤见委杖，情好日隆”，并把他比作为萧何。王导已成为这一政权的实际领袖，“朝野倾心，号为仲父”。琅邪王氏的兄弟子侄分别把持了重要职位，到永嘉三年（309）三月，王敦从青州调任扬州刺史，建邺更成了王氏的天下。而王导为司马睿所制定的“谦以接士，俭以足用，以清静为政，抚绥新旧”（《资治通鉴》卷86）的方针也就成了江东政权的当然国策。

　　全力经营江南永嘉三年（309），已在山西建立汉政权的匈奴人刘渊前后两次派兵攻打洛阳。总揽朝政的司马越征调建武将军钱 和扬州刺史王敦率军援救京师。钱 出身于吴兴大族。当陈敏企图割据江东时，他曾起兵讨伐，陈敏败后，以功封建武将军。钱 到达广陵（今江苏清江西），闻汉兵强盛不肯前行。司马睿奉司马越之命，派人催行，并威胁钱 说要以军法实行惩办。钱 不愿送死，被迫举兵反抗，转而攻打王敦。王敦不敌，南奔建邺。钱 将俘获的度支校尉陈丰杀死，并焚烧粮仓，自号为平西大将军、八州都督，立孙皓子为吴王，建立政权。司马睿派兵进讨，但因众寡悬殊，未敢交锋。次年三月，钱 屡战皆胜，兵逼阳羡（今江苏宜兴），威胁建邺。这时义兴大族周玘纠合部曲起兵，与政府军合力，终于将钱 击灭。周玘属于江东的武力豪族。平钱 已是他参与灭石冰、陈敏之后的三定江南了。由于平定钱 有功，司马睿任命周玘为吴兴太守，又特地将吴兴的阳羡及长城的西乡，丹阳的永世划为义兴郡，以示对他的旌奖。分割郡县的大事，只有中央政府才有权决定，而司马睿新立义兴郡，事先并未同洛阳打招呼，这说明他的政权已有很大的独立性了。