王与马共天下次年二月，弘农太守宋哲逃至建康。宋哲带来了愍帝临降前所写的诏书。诏书同意司马睿代他“统摄万机”，但对司马睿的称帝提出了一个附加条件，即是要他带兵北伐收复旧都，报仇雪耻。诏书含蓄地表露了愍帝对司马睿坐视危亡不救的怨恚和谴责。对此，司马睿的心情十分矛盾与不安。他哭着拒绝了下属要他上尊号的建议，并承认自己是罪人。不过，在经过一番忸怩之后，他还是接受了晋王的名号。司马睿按照魏晋丞相称王的惯例，“备百官，立宗庙社稷于建康”（《晋书·元帝纪》）。从这时起，偏居江南一隅的司马睿政权已成为晋王朝的唯一代表。

　　六月，刘琨等一百八十名北方将领怀着各样的目的联名上书给司马睿，进行劝进。司马睿拒而不受，一则由于愍帝未死，二是愍帝的附加条件对他有很大的压力。恰巧这时，祖逖在收复大片北方领土之后，又在谯县（今安徽毫县）打败石勒大军。司马睿借势传檄天下，声称要派遣其子司马裒统率三万大军、水路四道，增援祖逖。然而队伍尚未出发，司马裒旋即被召回建康。再一次表明司马睿的所谓北伐仍是在故作姿态。

　　这年年底，刘聪将备受羞辱的晋愍帝杀死。愍帝之死，使司马睿的称帝不再存有任何障碍。司马睿一面斩缞居庐，表示对愍帝的哀悼，一面积极筹划即位前的事宜。这时，南渡的北方大族周嵩上疏，劝说司马睿不要忙于称帝。他认为，司马睿当务之急是出师北伐，“雪社稷大耻”。实际上，他是在要求司马睿履行愍帝诏书的附加条件。上疏后，周嵩很快遭到报复，先是被贬出朝廷改任新安太守，后又以“大不敬”之罪几乎被杀。

　　太兴元年（318）三月丙辰日，司马睿名正言顺地坐上了皇帝的宝座，东晋王朝正式建立。在登基的典礼中，司马睿突然给王导出了一道难题，要他与自己一起共坐御床。这一提议实在出人意外，它使王导一时非常尴尬。皇帝要求臣下同坐御床共治天下，在中国封建社会的历史上实属罕见。

　　一方面它反映了东晋一朝主弱臣强的实际情况。江南小朝廷自出现之始就形成了司马睿必须在政治上服从王导，在军事上依赖王敦的格局。司马睿称晋王，王导以扬州刺史兼为骠骑将军、领中书监、录尚书事诸职居中执领朝政；王敦以江州刺史兼为大将军、都督江扬荆湘广交六州诸军事等职在外独擅军权。作为皇朝帝室的司马氏不但不能驾驭臣姓，反而要受琅邪王氏一家的操纵。时谚“王与马共天下”即是对这一政局的恰当概括。另一方面，它也是司马睿对这种非正常君臣关系不满的流露。在司马睿与王氏兄弟合作的前期，两个家族的矛盾并不突出。如果没有琅邪王氏的扶植，孑身处于南北士族之间的司马睿毫无存在价值。所以在这一时期，王导、王敦同司马睿是一致多于分歧。司马睿既肯于对他们言听计从，王导、王敦也对司马睿是“同心翼戴”的。但随着司马睿地位的巩固和建康政权统治范围的扩大，司马睿越来越不甘于受王氏兄弟的摆布。史称他推崇“申韩”之说，并把一部《韩非子》送给太子司马绍，希望儿子能懂得自己的用心。他还身体力行，“以法御下，明于黜涉”（《世说新语·考异》），显然是在和王导制定的“以清静为政”的国策唱反调。同时，他重用刁协、刘隗等人，力图排抑、削弱王氏的势力。在司马睿称帝之时，他同王氏兄弟虽未爆发直接的冲突，但之间的关系已经十分紧张了。司马睿要王导同坐御床，表面上示以尊崇，实际上则在暗示他应该有所收敛。

　　王敦之祸称帝之后，司马睿继续对王导、王敦加封了官职，但是态度上十分冷淡。凡是重要的军国大计，他只与尚书令刁协及调外任丹阳尹却仍兼侍中的刘隗密议。在刁、刘二人的策划之下，司马睿制定了一系列限制大族势力、加强皇权的所谓“刻碎之政”（《晋书·刘隗传》）。在太兴元年（318）一年之内，司马睿两次下诏整饬吏治。第一次的时间在三月，诏书一面对清静为政加以肯定，一面却又表示要惩办不法官吏。第二次下诏在七月。司马睿的语气转变为十分严厉，除命令各级官吏“祗奉旧宪，正身明法，抑齐豪强，存恤孤独，隐实户口，劝课农桑”外，还要求“州牧刺史当互相检察，不得顾私亏公。长吏有志在奉公而不见进用者，有贪惏秽浊而以财势自安者，若有不举，当受故纵蔽善之罪；有而不知，当受 塞之责”（《晋书·元帝纪》）。他还亲自下令处决了桂阳太守程甫、徐州刺史蔡豹等几个违制的官吏，其中程甫是王敦的亲信。显然，司马睿在杀鸡给猴看。

　　对于司马睿的行动，王导很快作出反应。他派遣八部从事巡行扬州诸郡。在听取他们归来的汇报时，王导对顾和的议论大加褒扬。顾和出身于吴郡望族。他反对朝廷对各级官吏所进行的调查，主张“宁使纲漏吞舟”，不“以察察为政”（《晋书·顾和传》）。这种纵容官吏贪污、豪强兼并的主张正是王导施政的主导思想。王敦的反应远比王导激烈。他写了一封言辞激烈的上疏给司马睿。在上疏中，王敦夸耀他们弟兄在草创东晋政权中的功劳，为王导在朝内所受的冷遇鸣不平，并发泄了对司马睿的强烈不满。他还威胁说：“圣恩不终，则遐迩失望；天下荒弊，人心易动”（《晋书·王敦传》），表示要采取适当的行动。

　　王敦自恃专任阃外，手握强兵，有大功于江左，一向看不起司马睿。司马睿称帝之时，王敦曾有心废他。矛盾激化后，王敦逐渐滋生了取而代之的政治野心。他一直不敢贸然起兵，主要是畏惧两位同样掌握军权的外藩：梁州刺史周访和豫州刺史祖逖。