卫绍王大安三年（1211），高琪官至泰州刺史、镇州防御使，权元帅右都监，统领乣军，率三千人入卫中都（今北京）。

　　宣宗贞祐元年（1213），高琪迁元帅右监军。时蒙古军南下，他奉诏自镇州（今河北怀来附近）移军守御中都以南地区，行至良乡（今北京南）遇蒙古军不得前进，返回中都，加入京城保卫战。与蒙古军交战，高琪每次出击都被击败。把持朝政的太师、尚书令兼都元帅纥石烈执中（胡沙虎）警告他说：“汝连败矣，若再不胜，当以军法从事。”高琪出战又败，自度不能免罪。十月十五日，高琪率所将乣军入中都城内，围纥石烈执中宅第，杀执中，持其首级诣阙待罪。宣宗虽由纥石烈执中援立即帝位，但不满他专权跋扈，也有意除掉他。于是赦高琪罪，升任左副元帅。不久，拜平章政事，始掌军政大权。

　　蒙古军的强大攻势令金宣宗恐惧，他不思抗御之策，一心想投降、逃跑。一面派人与蒙古议和，同时商议迁都。元帅左都监完颜弼奏请弃中都迁往南京开封，阻长淮，拒大河，扼潼关以自固。左丞相徒单镒反对，认为聚兵积粟，固守京师才是上策。术虎高琪也主张守中都，由他转交给宣宗的元帅府官员李英的上书，主张中都有居庸关，犹如秦之崤、函，蜀之剑门，若撤居庸兵，国势遂去。建议去居庸关组织军民抗击蒙古。宣宗虽接受守居庸关的建议，命李英招募抗蒙古军民守关，却不许出兵邀击成吉思汗北返军队。虽然百官士庶皆力言不可迁都，但宣宗南迁意已决。贞祐二年（1214）五月离开中都，迁往南京开封。

　　南迁后，术虎高琪逐渐取得宣宗信任。这时的金朝经济日趋衰败，战争浩劫和自然灾害的侵袭，更使田畴荒芜，饿殍遍野，民不聊生。高琪为相后，改变世宗以来务行宽厚的政策，专尚吏事，上下苛察，专横逐利，除通常所纳赋税之外，又计口、计税、计物，计生殖之业而加征赋税，从而加剧了社会矛盾。

　　随宣宗由河北入河南的金朝主力军不下数十万，高琪以重兵屯驻河南，守南京开封以自固，不顾华北、东北州县残破，各族人民惨遭蒙古军队的蹂躏，无意出兵华北，抗击蒙古，收复失地。贞祐四年（1216）十月，蒙古大军取潼关，至嵩州、汝州一带，台院令史高嶷上书请命平章政事高琪为帅，统兵抗击，以稳军民之心。被高琪压下不报。御史台也上奏，称蒙古军知京师（南京）屯宿重兵，故去攻击州县。若朝廷仅以守京城为重，中都之危又将再现。请以陕西兵扼拒潼关，选京师勇将精兵，互为犄角之势，且战且守。高琪则以“台官素不习兵，备御方略，非所知也”。奏请宣宗拒纳，宣宗对高琪言听计从，一再失去抗御蒙古的战机。

　　贞祐四年十二月，术虎高琪进官尚书右丞相。高琪奏请整修加固南京里城。此时，河南人民为养活大批官僚和军队及其家口，已不堪负担。连宣宗也认识到，“民力已困，此役一兴，病滋甚矣，城虽完固，能独安乎？”遂罢是役。

　　术虎高琪掌握的乣军，在宣宗南迁之后，不愿再为金朝作战，叛金降蒙古。高琪想重新掌握兵权，遂积极劝说宣宗攻宋，以扩疆土。兴定元年（1217）四月，宣宗遣元帅左都监乌古论庆寿、签枢密院事完颜赛不经略南边，金宋绝交。十月，右司谏许古上疏谏宣宗与宋议和，主张采取积极抗蒙古的政策，与宋议和，以建中兴之功。宣宗命许古起草议和牒文，以示宰臣，高琪说：“辞有哀祈之意，自示微弱不足取。”遂搁置不问。集贤院谘议官吕谘言当议和，高琪斥之为狂妄无稽。十二月，平章政事胥鼎上书言出兵攻宋六不可，以为只当遴选将士，分布近边州郡，敌至则追击，去则力田，以广储蓄。国用丰饶，自可恢复先业，成中兴之功。高琪无视所言利弊，说“大军已进，无复可议”。

　　兴定元年（1217），宣宗下诏攻宋，兵分两路。东面，初以乌古论庆寿、完颜赛不为统帅，开始连败宋军于陇山、七里山等地，攻占光山、罗山、定城等县，但在枣阳，为宋军内外夹攻所败。兴定二年再围攻枣阳，被宋击败。兴定三年至五年，金再次发动空前猛烈的攻势，以完颜讹可为统帅，金宋双方互有胜负。西面，兴定元年，由秦、巩、凤翔三路并进，元帅完颜承裔等取宋大散关，侵四川，破天水军。兴定二年焚大散关，屯边隘。四月又破大散关，攻入西和、成、阶等州，得粮九万斛，钱数十万，军需无数。兴定三年被宋张威击退。宣宗多次出兵攻宋，遭到宋军及抗金民兵顽强抵抗，虽有小胜但终不能南下。金朝兵力梢耗很大，北面无力抗击蒙古，南面侵宋拓疆又不成，金朝统治已处在摇摇欲坠之中。

　　术虎高琪任宰相以来，专固权宠，擅作威福，附己者用，不附己者斥，凡言事忤意，皆欲置于死地。贞祐初年，中都书生樊知一诣高琪，言乣军不可信，恐生乱。高琪以刀杖决杀之，自此无人敢言军国利害。若大臣中有才能但不附己，或才能与己抗衡者，高琪便对宣宗阳称其才，使于河北抗蒙古，阴置之死地。兴定二年（1218），宣宗召集百官议河北、陕西守御抗敌之策，高琪心忌之，不用一言。高琪擅权严重威胁了宣宗的权威，因而宣宗对高琪也感到不满。贞祐三年（1215），应奉翰林文字完颜素兰见宣宗，密奏：“高琪本无勋望，向以畏死擅杀胡沙虎（纥石烈执中），计出于无聊耳。妒贤能，树党与，窃弄威权，自作威福。..此贼灭乱纪纲，戕害忠良，实有不欲国家平治之意。”请宣宗除之。宣宗听后，说：“以乃大事，汝敢言之，甚善。”并嘱素兰，“慎无泄也”。兴定二年，高琪主张筑开封里城，言“正使（蒙）兵来，臣等愈得效力。”宣宗言：“与其临城，曷若不令至此为善。”表示了对高琪不用群臣守御河北、陕西之策，而欲修筑南京里城的不满。