日本日本的蒙元史研究始于十九世纪末。以前日本的中国史研究基本遵循中国传统史学方法，这时开始学习西方，许多学者赴欧美考察、留学，并邀请欧洲学者来日讲学，积极引进欧洲的东方学，在著名高等学府创办史学科和研究机构。于是，出现了一批早期的新派“东洋史”学者，他们利用西方先进的科学方法，加上传统的汉学优势，使日本的东方史研究获得划时代的进步。同时，日俄战争后，日本取代了帝俄在我国东北地区的特权，加紧推行侵华政策，成立了南满铁道株式会社学术调查部，招罗许多学者为之服务，对东北和蒙古的历史和现状进行调查研究。特别是三十年代大规模侵华战争爆发后，适应占领和统治中国的需要，进一步加强了满蒙史和辽金元史研究（吸取所谓“异民族统治中国”的经验）。日本对东北、华北（包括内蒙古）广大地区的占领又使其学者有条件深入各地进行调查，获得了更多资料。在上述历史背景下，日本的蒙元史研究后来居上，迅速跃居世界前列。

　　著名汉学家那珂通世（1851—1908）是日本蒙元史研究的开山祖师。其友人三宅米吉也是中国史专家，通晓多种西方语文，1886 年赴美、英考察，带回很多西方书籍，对他们共同创建日本的新“东洋史学”起了重要作用。1896 年那珂出任东京大学文科大学讲师，主要研究兴趣转向蒙古史。文廷式访日，与那珂及另一位著名汉学家内藤虎次郎（1866—1934）结识，应内藤之求于归国后将一部《元朗秘史》（顾广圻抄本之转抄本）寄赠之。1901 年那珂得到此书，用数年之功据汉字音写之蒙文原文译为日文，并利用大量汉文和外文史料（主要从洪钧《元史译文证补》及多桑《蒙古史》转引）加以详细注释，1907 年以《成吉思汗实录》书名出版。其译文较准确，注释中对名物制度、事件多有精辟考证，成为日本蒙元史的奠基性名著。《那珂通世遗书》还收入了他的其他蒙元史著述。

　　内藤虎次郎的研究领域很广，成就卓著。元史方面的著述有《蒙文元朝秘史》（目睹书谭，1902）、《蒙古开国之传说》（1913）、《宪台通纪考证》（1917）、《地理学家朱思本》（1920）、《元末四大画家》（1920）等篇（参见山根幸夫、大岛立子编《元代史研究文献目录1900—1970》。以下所列日本学者著述皆见此书及野泽佳美的续编：1971—1988，不一一注出发表期刊名和出版社名）。

　　白鸟库吉（1865—1942）毕业于东京大学史学科，后一直在该校任教授。1899 年出席在罗马召开的国际东方学家大会，提出著名论文《匈奴、东胡民族考》。后两度赴欧研究并搜集图书资料。1905 年创立“亚细亚学会”（后改名东洋协会学术调查部），1909 年出版刊物（寻定名《东洋学报》）。1908年组织了满铁历史研究部，重点研究朝鲜、满洲历史地理。他本人的研究领域是东北亚、蒙古和西域诸族历史、语言和文化，著述上百种。丰富的研究成果和积极的组织工作使他成为日本“东洋史”学界的领导人物。其与蒙元史有关的著述主要有：《蒙古民族的起源》（1907。此文中改变原来主张的匈奴为突厥说而提出匈奴为蒙古说）、《室韦考》（1916）、《释<高丽史>中所见之蒙古语》（1929）等。他以多年之功完成的《音译蒙文元朝秘史》在1943 年出版。后人编辑了他的《全集》。

　　继那珂之后，专事蒙元史研究、成就最著者是箭内亘（1875—1926）。

　　他毕业于东京大学史学科，继入大学院深造，1908 年加入白鸟领导的满铁历史研究部，到中国东北进行实地考察和搜集资料。1914 年起在东京大学任讲师、教授。重点研究蒙元制度及历史地理，主要论文有《满洲之元代疆域》（1913）、《元朝怯薛考》、《元代社会之三阶级》（1916）、《蒙古国会“忽里台”考》、《元世祖与唐太宗》（1917）、《鞑靼考》（1918）、《元朝斡耳朵考》、《元代之东蒙古》（1920）、《元朝之官制与兵制》（1921）、《元朝牌符考》（1922）等，考证精审，多有创见。其蒙元史著述均收入论文集《蒙古史研究》（1930），至今仍为元史研究者的重要参考书。

　　继白鸟之后，研究北亚、中亚诸族历史与语言的巨擘是羽田亨（1882—1955）。他也毕业于东京大学史学科，受白鸟影响着意攻习阿尔泰系及伊朗系诸语言；继入京都大学大学院深造，后在该校任教，做过京大总长、东方文化研究所所长。羽田语言学造诣甚深，利用了当时在西域和蒙古发现的各种文字新资料，在西域文明史、东西文化交流史、突厥、回鹘史诸方面都有开拓性研究，著述甚丰，几可与同时的伯希和相比。其蒙元史论文有《蒙古驿传考》（1909）、《<元朝秘史>中所见之蒙古文化》（1917）、《元朝对汉文明的态度》（1928）、《关于元朝的海青牌》（1929）、《元朝驿传杂考》（1930）、《关于蒙古的斡脱钱》（1936）等多篇。后人编刊有《羽田博士史学论文集》（1957）。

　　早期日本著名“东洋史”学者在蒙元史方面有重要著述的还有：藤田丰八（1869—1929），著有《岛夷志略校注》（1911）、《宋元时代之海港杭州（附上海、泉州）》（1916）等；桑原骘藏（1870—1931），著有《蒲寿庚事迹考》1—3（1915—1917，1935 年出单行本，有陈裕菁汉译本《蒲寿庚考》）；田中萃一郎（1869—1923），撰有《关于元代官吏的任用法》（1915），并译多桑《蒙古史》为日文（1919，上卷；全译本出版于1933 年）；市村瓒次郎（1864— 1947），撰有《金元之际的道教》（1929）、《元朝之实录与<经世大典>》（1930）、《元清两代统治中国之政策》（1939）等文；中山久四郎（1874—1961），撰有《蒙古时代之回回人考》（1915）、《<算学启蒙>与元代之关税与货物》（1916）、《元版18 史略与其正统观》（1938）等文；稻叶岩吉（1876—1940），撰有《元秘史汉译年代辨疑》（1911）、《元寇之新解释》（1938）等文；池内宏（1879—1952），发表过多篇研究元与高丽关系的高水平论文（1917—1930 年间），其巨著《元寇之新研究》（1931）利用大量日本史料与中国、高丽史料对勘，考说详明，是研究蒙古侵高丽、侵日战争最完备的著作；他还有《元代地名开元之沿革》（1922）、《元代之怯怜口》（1929）等文。此外，考古学家鸟居龙藏（1870—1953）对东蒙古辽金元遗址的调查，津田左右吉（1873—1961）等满铁调查部人员关于辽金元时代东北与蒙古历史、地理的研究，对元史研究者都有参考价值。