自《汉书·艺文志》、《隋书·经籍志》之修，搜罗历代图书，考其存亡，为目录学整理之大功业。《明史·艺文志》不采用此种修纂方法，专取有明一代之书，似简而实详，确是颇有用心者。然智者百虑，不免一失，如其著录邓名世《古今姓氏书辨证》四十卷，乃宋人之作，以其体例而论，必为误录之书。

　　《艺文志》四卷，依经、史、子、集排述。一曰经，共十类：《易》、《书》、《诗》、《礼》、《乐》、《春秋》、《孝经》、《诸经》、《四书》、《小学》。二曰史，共十类：正史、杂史、史钞、故事、职官、仪注、刑法、传记、地理、谱牒。三曰子，共十二类：儒家、杂家、农家、小说家、兵书、天文、历数、五行、艺术、类书、道家、释家。四曰集，共三类：别集、总集、文史。其经部收书目九百零五部，史部一千三百十六部，子部九百七十部，集部一千三百九十八部，共计收书四千五百八十九部。虽然并未能将有明一代图书尽收其中，仍不失为一大功绩，而为了解明代目录书籍之不可少者。

　　3.表。

　　《明史》表共十三卷，其中《诸王世表》五卷，《功臣世表》三卷，《外戚恩泽侯表》一卷，《宰辅年表》二卷，《七卿年表》二卷。其中《七卿年表》为首创，钱大昕《十驾斋养新录》评《七卿年表》称：“盖取《汉书·公卿表》之意。明时阁部并重，虽有九卿之名，而通政、大理非政本所关，则略之。南京九卿亦闲局，无庸表也。”所谓七卿，即吏、户、礼、兵、刑、工六部尚书加上都察院都御史，此为有明一代政体之本。另《宰辅年表》初列左、右丞相，平章政事，左、右丞，参知政事，至洪武十三年（1380）革中书省并左、右丞相，左、右丞及参知政事，遂止。自建文四年（1402）成祖夺位后，始改记内阁诸臣，则实为内阁诸臣表。

　　《明史》诸表的最初修纂似与纪、志、列传同时进行，王鸿绪康熙间增损史馆旧稿，先成于列传二百零五卷，始有先成列传之说。其雍正元年（1723）进呈《明史稿》时，于诸表所改不大，诸王表仍旧，去功臣、戚臣、宦幸，改大臣上为宰辅，大臣中、下为七卿，因此可知，原稿中诸表俱备。诸表之修，则并非依据《明史列传》，表中所载，可与列传记述互为补证。4.列传。

　　《列传》二百二十卷，构成了《明史》之主体。共二十二类。《后妃传》二卷；《兴宗孝康皇帝（附皇后、吕太后）传》、《睿宗兴献皇帝（附皇后）传》共一卷；《诸王传》五卷；《公主传》一卷；诸臣传，前并有明开国前群雄三卷，共一百五十八卷；《循吏传》一卷；《儒林传》三卷；《文苑传》四卷；《忠义传》七卷；《孝义传》二卷；《隐逸传》一卷；《方伎传》一卷；《外戚传》一卷；《列女传》一卷；《宦官传》二卷；《阉党传》一卷；《佞幸传》一卷；《奸臣传》一卷；《流贼传》一卷；《土司传》中，《湖广土司》一卷、《四川土司》二卷、《云南土司》三卷、《贵州土司》一卷、《广西土司》三卷，计十卷；《外国传》九卷；《西域传》四卷。

　　《明史》列传基本沿旧史之体例，但亦有其创新之处。《四库全书总目》卷四六《明史》条提要中称：“列传从旧例者十三，创新例者三，曰《阉党》、曰《流贼》、曰《土司》。盖貂珰之祸，虽汉、唐以下皆有，而士大夫趋势附膻，则惟明人为最夥。其流毒天下，亦至酷。别为一传，所以著乱亡之源，不但示斧钺之诛也。闯、献二寇，至于亡明，剿抚之失，足为炯鉴，非他小丑之比，亦非割据群雄之比，故别立之。至于土司，古谓羁縻州也。不内不外，衅隙易萌。大抵多建置于元，而滋蔓于明。控驭之道，与牧民殊，与御敌国又殊，故自为一类焉。”应该说，创设《阉党》、《流贼》、《土司》三类传，确实符合于明史之实际情况，这与诸表中创设《七卿表》有异曲同工之处。明代宦官之干政，虽不及汉、唐诸朝有废立之举，但外廷士大夫屈膝卑颜于阉宦，而成一时之气焰，则为亘古未有。《阉党传》所列四十六人，属刘瑾党者七人，余皆魏忠贤之党。读《阉党传序》可知史馆诸人于明亡之鉴深痛而慨然。然而与《流贼传》相比，其感情又有所不同，所撰《流贼传序》自唐赛儿起义论起，直至李自成、张献忠之亡明，文称：“自唐赛儿以下，本末易竟，事具剿贼诸臣传中。独志其亡天下者，立《李自成、张献忠传》。”其中《李自成传》长达万余言，为《明史》诸传中之最长者。从修史者角度虽主要为后人之鉴，却因此而保留较为丰富的有关记载，而未采取分散于“剿贼”诸臣传中。

　　《明史》列传之体例采用类传形式，除以类分传外，于诸臣传中亦因类分卷，而未尽以父子及孙等为传。其方法即因事而分。如卷一二二有《郭子兴传》、《韩林儿传》、《刘福通传》，虽亦为明建国前群雄之列，而与群雄同明太祖朱元璋之关系不同，归为一卷。陈友谅、张士诚、方国珍、明玉珍合为一卷，扩廓、陈友定、把匝剌瓦尔密合为一卷。诸臣中，如徐达、常遇春单为一卷，是功臣亦有别而分立。史臣为建文帝遗臣列传颇详，甚至有传闻之人，能列立传者尽量立传，也是史臣寄托遗民之情的一种方式。

　　《明史》诸列传中，亦多见以事附传之体例。如卷一八九《夏良胜传》，附同下诏狱者万潮、陈九川、张衍瑞、姜龙、徐鏊、姚继岩传，均连署进言谏止武宗南巡之人。卷二○六《马录传》附颜颐寿、聂贤、汤沐、刘琦、卢琼、沈汉、王科，均嘉靖中“李福达之狱”受牵之人。如隆庆中御史庞尚鹏疏中称：“据李同之狱，福达罪益彰，而当时流毒缙绅至四十余人，衣冠之祸，可谓惨烈。”此附传后史官评论中所引述，以为同事附传之由也。此类附传，于《明史》中不胜枚举。