清真寺教职人员受到保护，永乐五年（1407）敕谕中说：“大明皇帝敕① 照片载白寿彝主编《回族人物志》明代册，宁夏人民出版社1988 年版。谕米里哈只：朕惟能诚心好善者，必能敬天事上，劝率善类，阴翊皇度，故无锡以福，享有无穷之庆。尔米里哈只，早从马哈麻之教，笃志好善，导引善类，又能敬天事上，益效忠诚，眷兹善行，良可嘉尚。今特授尔以敕谕：护持所在，官员军民，一应人等，毋得慢侮欺凌。敢有故违朕命，慢侮欺凌者，以罪罪之。故谕。永乐五年五月十一日。”刻石存泉州清净寺。同一敕谕福州、扬州亦有发现，只个别文字不同。

　　关于清真教职人员的情况，白寿彝在《中国伊斯兰经师传》中有所叙述，说：净觉寺和清修寺约建于明洪武二十五年，相当于公元1392 年。鲁密人可马鲁丁和他的子孙，从洪武年间一直到弘治五年（1492）都主持净觉寺的寺务。又有哈马鲁丁，在永乐三年（1405）以后主持清修寺寺务。哈马鲁丁后，有一位阿林名摆都而的，也在清修寺，是嘉靖二十四年（1545）死的。泉州清净寺寺务元代主持人夏不鲁罕丁，享有一百二十四岁的高龄。他的儿子夏敕继承他的职务，也活了一百一十岁。他的后裔夏彦高在正德年间（1506—1521），夏东升在隆庆元年（1567），夏日禹在万历三十五六年（1607—1608），都相继主持清净寺。从夏家在清净寺的历史看，中国伊斯兰教在十四世纪后期开始了掌教世袭制度①。

　　十四世纪后期以后，伊斯兰教传入中国作为一个历史阶段已经结束，而清真寺在各地普遍建立，宋、元建清真寺得到重修，于是出现“经文匮乏，学人寥落”的情况②。在这种背景下出现了胡登洲创办的经堂教育。经堂教育又称寺院教育，是在清真寺进行的培养中国伊斯兰教人才的教育。胡登洲，陕西咸阳人，一说渭南人，生于嘉靖元年（1522），逝世于万历二十五年（1597）。他早年读儒书，后来改业习经，并到麦加朝觐。回来后，感到教内人才缺乏，便立志兴学。招了一些学生到寺里，亲自授课，设法供给伙食。学习的主要课程是教法和宗教哲学，课本用阿拉伯文或波斯文的。他的弟子、再传弟子及数传弟子中，很有些著名的经师，清代康熙年间赵灿著《经学系传谱》，系统叙述自胡登洲开始、迄康熙年间的著名经师传承关系及主要活动。胡登洲开创了经堂教育，因此被尊称为“太师”。到清代，经堂教育大大发展起来。经堂教育的出现，说明伊斯兰教在明代的新发展——发展到教育领域内。

　　伊斯兰教在明代最深刻的发展，是在思想哲学领域内伊斯兰教义和中国儒家思想相结合，出现伊斯兰教汉文译著，最早的代表人物是张忻和詹应鹏。

　　张忻字静之，山东掖县人，熹宗天启五年（1625）进士，任河南夏邑知县，授吏部主事，崇祯时官至刑部尚书。张忻擅长书画，究心伊斯兰教义、教史，撰有《清真教考》一书。书已佚，仅存序。序云：① 详见《白寿彝民族宗教论集》第399—401 页，北京师范大学出版社1992 年版。② 《修建胡大师祖佳城记》，白寿彝主编《回族人物志》明代册附卷。

　　清真教考者，考其教之源流本末，以教天下万世者也。而其教始于天房，天房之教始于人祖阿丹？阿丹生而神圣，与天地相参，故能合天人之道，以事造化天地万物之主。嗣后，代有圣人，相与继述。隋开皇时，至圣穆罕默德出，而道愈昭明矣。

　　穆罕默德，命立于未有天地万物之先，挺生于千万圣人之后。其德化灵异，视前圣尤为迥绝，而为古今特出之一人。至其降生天房，其以地当天地之中央也。志云：西域诸国当昆仑之阳，于诸方为得风气之正，故异人多自西域出。斯人其殆有所确见而云然乎？然犹未知天房之何以名也。开辟时，其房名“恺而白”者，自天而降，故国以天房号焉。房自天降，亦以地当天地之中也。惟其中，故万国之建立寺字，以拜造化天地万物之主者，惟天房是向焉。而礼拜之义蕴，何在乎？拜主则尘缘尽却，而生人之本性见矣。本性见，而天运不息之机，与一切幽明兼备之理，莫不于拜跪起止之间而俱见之。拜主则物我皆忘，而身心之私妄泯矣。私妄泯，而忠孝廉节之事与一切尽己尽物之功，莫不于入寺事主之时而思尽之。夫一礼拜而其义蕴包举之广大如此，则其事顾不重哉？而其事则详于阿丹诸圣、至穆罕默德之经。然经之所载，实在不止此者。言理则举无极以前、太极既判，以及人之所以像天地与像一十八千世界之故，深切而著明之。言事则举真主所以造化天地、造化人神万物，以及古今圣贤作则于天下之事，历历而详述之。言物则举天以上之所有，地以下之所有，以及宇宙间风火水土、胎卵化湿之物，莫不备悉而记载之。后人稽其经传，即白首不能尽也。若志云：历法精详，不过传中片言只字而已，岂足尽吾教经学之万物哉？

　　夫以如是精微宏博之学，自天房始，则天房诚大道从出之方，至圣丛生之地。而志云：国产麟凤狮宝，又岂足在齿颊间哉！虽然，麟凤狮宝，天下不经见之物也，而天房诸国所在多有，又足见圣人有道之祥不绝于亿万斯年。较之凤仪兽舞，白鱼跃舟，瑞仅一时者，为独亘终古而常存也。且其祥实不止此。志云：“风俗醇美，民不犯法”，则圣道入人之深，而祥见于政清民服也。“轻财好义，恤孤赈寡”，则圣人之流风善政，而祥见于民日迁善而不知也。回鹘诸国悉遵其教，则圣道之足为祖述，而祥见于万邦为宪也。然要非天房神圣，考其道之源流本末以教天下万世，又乌能有此祯祥盛事也哉！而当日西游之名公巨卿不能取其至理经学以表彰之，第多为颂说，以形其西方极乐世界焉。予故采辑数语，使大人达者知清真一教独高出诸家之上。至其理之精深，道之正大，又当据其经传，与有志者相求于无尽焉。