到明朝后期，随着政治的腐败，社会矛盾激化，白莲教等民间宗教的传播也更加活跃，并且由白莲教众为主体的农民起义不断发生。主要有：嘉靖二十五年（1546）汶上连氏与白莲僧惠金、杨惠通起义；嘉靖三十六年（1557）乌镇道人李松起义；嘉靖中重庆大足蔡伯贯起义；万历二十七年（1599）徐州赵一平、孟化鲸起义；万历三十二年（1604）福建瓯宁吴建、吴昌起义；万历三十四年（1606）临淮刘天绪起义；万历四十二年（1614）王森起义；天启二年（1622）王森弟子徐鸿儒起义。

　　明代的白莲教在发展过程中产生出许多分支，明末著名的白莲教经卷《古佛天真考证华宝经》中确认为白莲教支派的就有：红阳、净空、无为、西大乘、黄天、龙天、南无、悟明、金山、顿悟、金禅、还源、圆顿、收圆等等。而当时的涅槃教、三一教、长生教、老子教、龙华会、忠勇会等，也都是白莲教的分支，应州的罗廷玺、湖州的马师祖、单县的唐云峰、重庆的蔡伯贯等则都是当时较为著名的白莲教首领。可以说终明之世，白莲教始终活跃于全国各地的民间，贯穿于整个的下层社会，甚至宫中宦官也多有信奉白莲教者，因此民间宗教的传播成为明朝统治者深感不安之事。①明代的民间宗教虽然大多属于白莲教的支派，但是其中也有较为特殊的情况，如罗清创立的无为教，高阳、韩太湖创立的弘阳教，即曾有不同于白莲教的特点，只是在其发展过程中逐渐与白莲教融合了。

　　无为教即罗教，创始人为明朝成化年间的山东人罗清，他初奉佛教禅宗，在其基础上吸收道教及各种民间宗教的教义，创立无为教。后为得到正德时当权太监张永等人支持，写成《罗祖五部经》（《苦功悟道卷》、《叹世无为卷》、《破邪显正钥匙卷》、《正信除疑无修证自在卷》、《巍巍不动泰山深根结果宝卷》），因其崇奉无为，诋毁白莲教，所以得到了正德皇帝的支持，罗清被封为“无为经师”，其《罗祖五部经》由官方刊行，成为明代官方支持的唯一的一个民间宗教。但是因为无为教提出了“真空家乡，无生父母”的劫变及改造现实的观点，其后逐渐与白莲教相接近，到万历四十四年（1616）遂为朝廷所查禁。

　　弘阳教的创始人为万历间山西洪洞高阳，他主要活动于当时的京城北京，并且在宫中宦官们的支持下刊印弘阳教的经卷，宣传“红阳劫尽，白阳① 王友三：《中国宗教史》第五章《中国民间宗教》，第1188 页。

　　当生”的劫变口号，认为世界分青阳、红阳、白阳三个阶段，每一劫变时便生大乱，到白阳的阶段，即成为最光明的世界。

　　高阳死后，道士韩太湖继续传播弘阳教，但是他奉罗教创始人罗清为祖师，吸收罗教的教义，而且仿罗清撰写了《混元弘阳飘高祖临凡经》、《弘阳苦功悟道经》、《弘阳叹世经》、《混元弘阳显性结果经》、《弘阳显性结果深根宝卷》，也称五部经，后又将经咒等编成五部经，称小五部经。韩太湖也长期在北京传教，多与宫中宦官交结，但是他与高阳不同之处在于高阳时的弘阳教入教者多为中上层人士，韩太湖时的教众则多为下层社会的劳苦大众。①明代的民间宗教名目虽多，但多数是由白莲教、罗教发展而成的，其后各支派互相融合，教义也互相渗透，其创立之初在教义等方面的区别到后来也就愈加不明显了。

　　① 王友三：《中国宗教史》第五章《中国民间宗教》，第1188 页。

　　第四节伊斯兰教伊斯兰教唐时传入我国，称“大食法”，宋代称“大食教度”，元末明初称“回回教”、“回回教门”，明代又称“天方教”（我国明时称阿拉伯为天方）、“清真教”；以后“清真教”的称呼普遍起来，伊斯兰教寺院因而称为“清真寺”。明代清真寺的建筑比元代多了起来，朱元璋于洪武二十五年（1392）敕建南京三山街净觉寺和西安大学习巷礼拜寺（清修寺）。敕谕称：“洪武二十五年三月十四日，咸阳王赛典赤七代孙赛哈智赴内府宣谕，当日于奉天门奉圣旨：..盖造礼拜寺二座，南京应天府三山街铜作坊一座，陕西承宣布政司西安府长安县子午巷一座。如有寺院倒塌，许重修，不许阻滞。”永乐三年（1405）二月初四日立石。碑存西安大学习巷礼拜寺①。明代建筑的清真寺遍及各地。在北京，有东四清真寺、西花市清真寺、锦什坊街清真寺、长营清真寺。在天津，有天穆清真寺、金家窑清真寺。在宁夏，除了著名的同心大寺外，尚有纳家户清真寺、银川南关清真寺、单家集清真北寺。在甘肃，有兰州绣河沿清真寺、临夏华寺清真寺、临潭旧城清真上寺、徽县清真寺、武都清真寺。在青海，最有名的是洪武年间始建的西宁东关清真大寺，此外有西宁北关清真寺、康家清真寺（永乐年间）、阿河滩清真寺（万历年间）。陕西，除敕建的清修寺外，尚有洪武十七年（1384）铁铉修建的西安羊寺清真寺，永乐十一年（1413）郑和重修小皮院清真寺（原名真教寺，亦称清真北大寺，始建于万历年间）、观上清真寺（初建于明末）。在山西，有长治南寺、北寺。在河北，有保定清真西寺、宣化清真南寺、沧州清真北寺、大厂清真寺、山海关清真寺等。在山东，有济南南关清真寺、德州北营清真寺、禹城韩寨清真寺、青州清真寺、菏泽西关清真寺等。在河南，有郑州北大寺、开封文殊寺街清真寺、朱仙镇清真北大寺、博爱县西关清真寺、陈州（淮阳）清真寺等。在江苏，除南京净觉寺外，有常州清真寺、六合南门清真寺、菱塘清真寺（扬州市属）等。在安徽，有合肥清真寺、太和清真寺、寿县城关清真寺、安庆清真寺等。湖北明建清真寺有代表性的是沔阳清真东寺，湖南是常德清真古寺，浙江是嘉兴清真寺，江西是赣州清真寺。四川、云南的明建清真寺尤多，四川有成都鼓楼街清真寺、重庆清真西寺、都江堰市清真南寺、平武清真寺等，云南有昆明顺城街清真寺、沙甸清真寺、寻甸清真寺、小围埂清真寺、回回营清真寺等。辽宁的锦州和沈阳明代也建成了东北地区最早的清真寺。回族散居各地，回族村落在明代大量形成，有一定数量回民聚居的地方就有清真寺，这样的清真寺难以计数。明代清真寺修建之多远远超过元代，说明伊斯兰教在中国的发展，更深地植根于中华大地。