了皇城，完全自由而安全，没有人反对他的到来。①他之所以会有这样的梦境，实在是因为他太想在北京获得成功了。

　　万历二十八年（1600）年末到二十九年（1601）初，利玛窦通过太监马堂终于再次来到了北京，而且将礼品和奏章送到了神宗那里。那是一份无可挑剔的奏章，利玛窦在其中声称自己来华的原因是“逖闻天朝之声教文物，窃愿沾被余溉，终身为氓，始为不虚所生”。他称自己“颇知中国古先圣人之学，于经籍略能记诵，而通其旨”。“伏念堂堂天朝，且招徕四夷，遂奋志努力，径趋阙庭”。他带给神宗的礼物包括：天主像一幅、天主母像一幅、天主经一本、珍珠镶嵌十字架一座，报时钟二架、《万国图志》一册、西琴一张。①尽管当时礼部尚书朱国祚两次上疏请求“乞量给所进行李（贡物）价值，照各贡译例，给与利玛窦冠带，速令回还，勿得潜住两京，与内监交往，以致别生枝节，且使眩惑愚民”。②但是神宗都没有给予理睬，利玛窦被获准在北京传教，从此北京的传教士们成了宫中尤其是太监们的常客。万历三十三年（1605），利玛窦在北京宣武门建立了教堂，这就是后来著名的“南堂”。这一年北京受洗的教徒超过了二百人，从人数上看虽然不算很多，但是因为是在京城，影响之大是可想而知的。万历三十七年（1609），在利玛窦等人的支持下一个取教名为路加的吏员出面成立起了中国第一个圣母会。几个月后的万历三十八年（1610）三月十八日，利玛窦病逝于北京。神宗特赐墓葬，墓地在北京阜城门外。利玛窦是继罗明坚以后传教最为成功的一个，是他通过晋见神宗皇帝从而打开了在中国传教的官方通道，所以他比起罗明坚等人有着更大的影响。按照明朝人的记述，当时来华的传教士除利玛窦外，还有意大利人龙华民、王丰肃、熊三拔、毕方济、艾如（儒）略，西班牙人庞迪我，葡萄牙人阳玛诺，瑞士人邓玉函，德意志人汤若望、罗雅谷（各），均见于《明史·意大利亚传》，韩霖、张赓《圣教信证》中还载：尚有意大利人罗明坚、杜奥定、卫匡国，葡萄牙人孟三德、罗如望、苏如汉、费奇规、傅汛济、费乐德、伏善望、瞿西满、郭纳爵、何大化、孟儒望、安文思，瑞士人郭居敬，拂览第亚人金尼各（阁），西济利亚人贾宜睦、潘国光等，并有著述，阐述教义，而纳袜辣人方济各·沙勿略，在嘉靖世，至我国边关即卒，实早于利玛窦来华三十年也。①明代西方传教士能够取得一定的成功，在于他们在传教思想上的两方面努力，一是他们将天主教中国化的努力，一是他们与中国儒学结合的努力。他们因此而取得了一批明朝社会上层士大夫的支持，其中最著名的是徐光启、李之藻和杨廷筠。而在南京的时候焦竑和李贽也都十分敬重利玛窦，并① 《利玛窦中国札记》卷三第十章《利玛窦神父被逐出南京》。

　　① 徐光启：《徐文定公集》卷首。

　　② 沈德符：《万历野获编》卷三○《大西洋》。

　　① 黄云眉：《明史考证》卷三二六《意大利亚传》。

　　对其教义表示了赞赏。这与当对明朝士大夫自身的情况有直接关系。徐光启等人都是晚明实学的倡导者，他们不仅接受了天主教的教义，而且接受了传教士们带来的西方科技，焦、李更是泰州学派的传人，他们代表了晚明士大夫中思想解放的一类。当然，在当时的士大夫中间，更多的人对这种外来文化的东西是表示怀疑的，也有相当一批反对派，以沈 所发起的“南京教案”，则是一次典型的东、西方文化冲突。

　　天主教的教义，对于晚明禅化的儒学者来说，是很难接受的，他们认为天主教的传播是“欲扫灭中国圣贤传统”，因此是“邪教”。一些士大夫为此而撰写了声讨天主教的文章，如王朝式的《罪言》、李生光的《辟教辩证》、黄贞的《破邪集》等等。

　　万历三十八年（1610），传教士王丰肃在南京建起了西式教堂，引起一批官员士大夫的不满。四十三年（1615），沈 出任南京礼部侍郎后，便先后两次上疏明神宗，请求禁教，但是没有得到神宗的批准。四十四年（1616），他第三次上疏，得到内阁大学士方从哲的支持，遂将王丰肃逮捕，同时被捕的还有一些传教士和教徒。当时礼科给事中余懋孳的上疏中更将天主教与当时被严禁的白莲教等列为一处：自利玛窦东来，而中国复有天主之教。乃留都王丰肃、阳玛诺等，煽惑群众不下万人，朔望朝拜动以千计。夫通番、左道并有禁。今公然夜聚晓散，一如白莲、无为诸教。且往来壕镜，与澳中诸番通谋，而所司不为遣斥，国家禁令安在。①其后虽然有禁教之令，而“命下久之，迁延不行，所司亦不为督发”。

　　“丰肃寻变姓名，复入南京，行教如故，朝士莫能察也”②。到天启元年，沈 被罢后，教禁也就停止了。现代学者普遍认为“南京教案”是一次“具有文化排外的性质”的典型东、西方文化之争。当时一些传教士传说沈 收受了南京佛教徒一万两银子的贿赂，因此发起这场教案。这虽然只是传说，但是佛教僧人参与排斥天主教的活动，在当时确实是相当明显的。③与南京相比，当时新兴起的城市上海的情形就截然不同。万历三十六年（1608）郭居静应徐光启之邀到上海传教时，两个月间受洗人数便达五十人，三十八年又有一百五十人受洗，到崇祯间，上海教徒已达一千多人。这也反应了晚明南北两京在文化政治上的保守，与江南城市的思想活跃。其实从明中后期王阳明等人讲学开始，江南地区思想活跃的情况就已经比较明显了，这也是晚明文化发展的一个特点。