五月二日，陈子龙得知京师已陷，“国破君亡”，“号恸欲绝”，血泪沾衣。福王朱由崧监国南京以后，起陈子龙原官。六月入朝就任，上言防江之策，莫过水师。又具三疏：“一劝主上勤学定志，以立中兴之基；一上经略荆襄布置两淮之策，以为奠安南服之本；一历陈先朝致乱之由在于上下相猜，朋党互角，以为鉴戒。”①在近两个月内，陈子龙前后上三十余疏，举荐人材；批评马士英重用阮大铖；反对中贵四出选民女并乘机大肆扰民，横行勒索。因为福王腐朽无能，朝政不修，小人当道，大权控制在首辅马士英手里，陈子龙的一切建议不但没有被采纳，反而引起马士英的“深疑”，群小更是“见嫉如仇”。陈子龙“念时事必不可为”，愤然离开朝班，于九月请假回家。

　　弘光元年（清顺治二年，1645）五月，南京失守，福王政权至此结束，陈子龙避地泖滨。有旧友陈洪范时已降清，派人招抚他和夏允彝，夏允彝抗辞答之，陈子龙则避而不见。又有故明参将洪恩炳，与陈子龙“素执弟子礼”，亦降清，自称“安抚使”路过松江求见，陈子龙亦拒之门外，矢志坚持抗清立场。闰六月，江南各郡“竞起兵为恢复计”，组织义军，掀起轰轰烈烈的抗清运动。松江府籍的故明官员也同样在城内募兵抗清。这时，陈子龙与徐孚远及陈湖义士集众千余人驻扎陈湖，伺机起兵。夏允彝致书联络吴淞副总兵吴志葵、参将鲁之玙率水师三千自吴淞入泖湖，总兵官黄蜚率船千艘、水师二万人由无锡到此会合。是月初十日，陈子龙设明太祖像誓师起义，原明① 陈子龙：自撰《年谱》卷中，崇祯十七年条。

　　两广总督沈犹龙称总督兵部尚书，陈子龙称监军左给事中，军号“振武”。陈子龙所集义兵，虽有千余之众，但“饷无所办”，且多泖滨渔人，不知纪律，未尝作战，甚不堪用，与吴志葵水师进攻苏州失败。黄蜚不听陈子龙的劝阻，将二万水师移营黄浦江，因沿途水道狭隘，不利旋转，单行数十里，首尾不相应，仅支撑两月，亦被清军击败。八月三日，松江城陷，沈犹龙等皆阵亡。陈子龙在城西遇清兵，得逃脱，携家走昆山。夏允彝投水死。

　　继而，陈子龙避难青浦县金泽，最后隐姓埋名入嘉善县陶庄水月庵，托为禅僧，取名信衷，字瓢粟，号颍川明逸。在此，他与庵僧衍门同研佛学，并完成自撰《年谱》①。

　　弘光元年六月，鲁王朱以海监国于绍兴。闰六月，唐王朱聿键称号于福州。鲁王命陈子龙为兵部尚书，节制七省军漕；唐王授其兵部左侍郎、左都御史。

　　自清军破扬州以后，吴江进士吴易与同邑举人孙兆奎等共组“白腰党”，起兵抗清，聚众千余，结营太湖，出入无常，连攻嘉善。顺治三年（1646）春，又与苏州清兵战于吴江汾湖（分湖），大败清军，“斩获过当”。陈子龙向鲁王报捷。鲁王封吴易为“长兴伯”，命陈子龙视师浙、直。五月，陈子龙监临吴易义师。后，陈子龙见其“轻敌，幕客皆轻薄之士，诸将惟事剽掠而已，师众不整”，“军纪日弛”，遂与之断绝关系。至秋天，吴易被执，义师失败。此时陈子龙因为“复明”大业不成，经常沈忧咤叹，至废寝兴。及闻浙东、福州失守，“志不欲生，孤筇单襆，混迹缁流”。泣然曰：“茫茫天地将安之乎，惟有营葬大母归死先垄耳。”即于七月遣家归里，十一月，殡葬祖母于广富林。并作长书焚夏允彝墓前，“述己所以未死之故，期不负夏公”。顺治四年（1647）初，在广富林家居时，念生平知友如夏允彝辈一时零落殆尽，周立勋之死亦已数年，而丧未举，慨然曰：“我死，谁为了此事者。”遂捐地葬之。三月，会葬夏允彝，陈子龙赋诗二章，又作《寒食》、《清明》二词，此系其生前最后留下的文字。

　　清松江提督吴胜兆，辽东人，以降将从征到江南。他的幕僚皆吴越之人。顺治四年四月，吴胜兆因为与江宁巡抚土国宝有矛盾，总督军务招抚江南经略使洪承畴又劾其滥收吴易“白腰党”降卒，遂密谋策划起兵反清。他的部下、长洲县诸生戴之儁是陈子龙的旧识，积极支持吴胜兆起兵，并微服私访陈子龙，一再请求陈子龙写信联络黄道周（黄系陈座师）族子、鲁监国舟山守将黄斌卿率舟师为外应。陈子龙认为：黄等“虚声寡信，事必不济”，没有答应戴的要求，并说：海舶往来，不乏信使，你等好自为之，我决不阻拦。戴即离去，“自是不复相闻矣”①。是月十六日，吴胜兆未举兵而事泄被捕，入狱穷治。清军诬陈子龙与吴“共谋”①，遣兵捕之。陈子龙易姓李，改字大樽，先潜匿嘉定侯岐曾仆刘驯家。后又逃至其婿昆山顾天逵兄弟处。时，清江宁将军巴山、操江都御史陈锦和江宁巡抚土国宝阴谋乘吴胜兆事，“尽除三吴知名之士”，而以陈子龙为首。五月初，他们派出兵丁五百，手挟弓矢，如临大敌，在苏松一带大肆搜捕达五六日之久。最后由于陈子龙仆人不慎泄露住处，陈子龙在吴县潭山顾天逵祖墓被捕。巴山等人对他进行审讯，他“植① 王沄续编：陈子龙《年谱》卷下，清顺治二年条。

　　① 王沄：陈子龙《年谱》卷下，顺治四年条。

　　① 抱阳生：《甲申朝事小纪》四编卷七《陈子龙纪略》。

　　立不屈，神色不变”。陈锦问他为何官？曰：“我崇祯朝兵科给事中也。”又问：何不剃发？曰：“吾惟留此发，以见先帝于地下也。”又问，陈子龙凛然挺立，拒不回答。乃执之舟中，令卒守之。