朱棣修书为了标榜文治，同时也为了进行思想控制。明清之际的人将其比拟于宋朝修《册府元龟》、《太平御览》、《文苑英华》，其用心实有深意。

　　另一部引人注目的书是《太祖实录》。记载洪武一朝史实的《太祖实录》在建文年间已经修成。但朱棣以为这部实录不利于自己的统治，于是又命人重修。重修之后，朱棣仍然不满意，又命三修。三修实录历时七年之久才完成，这时朱棣才说：“庶几稍副朕心。”重修实录无非是想掩盖历史事实，说明自己做皇帝的合理性。与此同时，朱棣将有关建文的史籍一概禁毁，于自己不利者则片纸不留。

　　在掩盖历史事实的同时，朱棣更懂得从思想意识上进行统治的重要，为此，他进一步强调程朱理学为学术正统。朱棣派人编辑的《五经四书大全》，其目的就是为了宣扬程朱理学，用以控制士人的思想。朱元璋与朱棣的文化专制政策，对后世的影响至为恶劣，至为深远。而朱棣在这方面的活动较其父实有过之而无不及。

　　开边朱棣继承了朱元璋的政策，对北方故元势力怀柔与武力兼施。朱棣曾说：“朕为天下主，覆载之内，但有贤才，用之不弃。近世胡元，分别彼此，柄用蒙古、鞑靼人而外汉人、南人，以至灭亡，岂非明鉴！”因此，在朱棣的军队中有不少“鞑官”和“鞑军”，这些人在靖难之役中为他效了力。他即位后，更以优厚的待遇给予归服的蒙古军民，除根据原有官爵授予官衔外，还赐予衣、钞、牛羊、孽畜。有愿居京师者，还给以居第及日用什器。在蒙古族聚居地，凡归顺的，也如内地设置卫所。这些卫所以当地酋长为首领，给予都督、副都督、都指挥等官衔，管理当地政务，朝廷则不加干涉，因而这些卫所被称为羁縻卫所。羁縻卫所的首领定期入塞朝贡。他们带来马驼牛羊，而朝廷赐予锦缎丝绢，多余部分可以在市场上出售。因此，这种朝贡不仅表现出一种政治上的隶属关系，而且实际上是一种贸易形式。在交往中，朱棣主张“厚往薄来”，即赏赐给予要厚，不吝金钱财物；所取要薄，不要失远人之心。这些政策取得了相当的成功。

　　永乐初，故元势力相互混战，已分为瓦剌、鞑靼和兀良哈三部。名义上的可汗本雅失里和鞑靼太师阿鲁台野心甚大，想统一全蒙古并与明朝抗衡。永乐七年（1409）二月，朱棣派使节赴鞑靼，要求“相与和好，朕主中国，可汗主朔漠，彼此永远相安无事。岂不美哉！”不料，使节被杀，朱棣大怒，声称“逆命者歼除之”。当年七月，朱棣派淇国公丘福为征虏大将军，率师十万征讨鞑靼。但由于明朝对鞑靼的力量估计不足，再加上指挥失当，十万人马竟在胪朐河全军覆没。高傲的大明皇帝为保住尊严，只好亲征了。

　　永乐八年（1410）二月，朱棣率五十万大军深入漠北，亲征鞑靼，在斡难河畔大破本雅失里军，本雅失里仅以七骑逃遁。明军又击破阿鲁台军于兴安岭。阿鲁台部众溃散，阿携家属远遁，明军大获全胜。后来，阿鲁台降顺，朱棣封其为和宁王。在此之前，朱棣已封瓦剌首领马哈木为顺宁王、太平为贤义王、把秃勃罗为安乐王。但瓦剌势力不断强大，不仅阻遏明朝到西北的通道，而且企图控制鞑靼。朱棣不允许北方出现强大势力，于永乐十二年（1414）再度出塞，亲征瓦剌。这一仗，明军以五十万之众对付约三万人的瓦剌军，却打得异常艰苦，明军虽胜，而双方杀伤相当。第二年，瓦剌马哈木等遣使向明朝谢罪，恢复了对明朝的朝贡关系。

　　永乐二十年（1422）到二十二年，朱棣又三次率师出征漠北，但所获甚微。其后，又两次征鞑靼，均未见效。就在最后一次北征回京途中病死。五次北征虽然使故元势力受到打击，但是除了阿鲁台、马哈木这些人接受了明朝的封号外，故元宗室始终未对明朝表示臣服。

　　在西北，永乐年间也建立了众多羁縻卫所，其中以哈密卫的建立意义最为重大。哈密地处西北要冲。朱棣先后封其首领为忠顺王、忠义王，颁给金印，建筑王城，置官一如朱姓亲王。哈密卫的政务由朝廷直接控制。哈密则以“诸番领袖”的地位，为朝廷“译诸番贡表，侦察向背”。明朝对哈密的控制，对钳制蒙古也起了一定作用。

　　在东北地区，居住着以女真族为主的众多民族。元朝曾在这里设立辽阳行省。朱棣特别关心这一地区的情况，在北征中，他曾详细询问当地风土山川。永乐元年（1403），朱棣派人到地处黑龙江下游的奴儿干地方招抚诸部落。奴儿干地方在元朝先后归辽阳行省的开元路和水达达路管辖。永乐二年（1404），朱棣下令在这里建立奴儿干卫，永乐七年（1409）闰四月，又设立了奴儿干都指挥使司，任命内地官员康旺为都指挥使同知，王肇舟为都指挥佥事，并派钦差内官亦失哈同往就任。永乐年间，朱棣多次派亦失哈等到奴儿干地方视察。永乐十一年（1413）亦失哈在特林地方的江边上修建了永宁寺，供奉观音、佛像，并立碑为记。《永宁寺碑记》载奴儿干都司建立的经过，和明朝对当地管理的情况。亦失哈宣示朝廷旨意，并“赐男妇以衣服、器用，给以谷米，宴以酒食”，所至受到当地百姓的欢迎。奴儿干都司的统辖范围极广，西起黑龙江上游的斡难河卫（今鄂嫩河流域），东到黑龙江下游的囊哈儿卫（今库页岛西岸北部郎格里地方），北起古里河卫（今精奇里江上源支流吉柳伊河），南至建州卫（先在今绥前河流域，后迁至辽宁苏子河上游）。明初所建卫共二百个。这些卫所的官员大都由本地酋长担任，而且是世袭的，但他们的任命、袭职、升迁、罢黜都要由明廷决定，由朝廷颁给诰敕、印信，作为凭证。各级官员要按规定定期到京师朝贡，朝廷根据官员等级给予不同待遇和赏赐。各卫所必须听从朝廷的调遣，执行明朝的法律政令；各卫所之间如果发生纠纷，必须听从朝廷的处理；各卫所若要迁居，也要经朝廷批准。在东北地区，为了保证使节朝贡往返和文书传递，在各交通要道上都设有交通驿站。这些驿站的建置，保证了明朝对奴儿干地区管理的有效实施。永乐三年（1405），明朝在广宁、开原等地开设了马市，各种土特产品均可在市上贸易。马市的开设促进了各民族人民间的经济交流，有利于东北地区的开发建设。