朱元璋出于统治的需要而延纳人才，扩大新皇朝的社会基础，但却仍有一部分地主文人不愿和朱元璋的新皇朝合作。他们认为朱元璋出身卑微，发迹于红巾军，不甘做他的忠臣。有的甚至采取自杀、自残肢体、逃往漠北、隐居深山等办法，躲避朱元璋的征调。典型的如贵溪儒士夏伯启叔侄俩，斩断手指，誓不出仕。朱元璋把他们逮到南京审问，他们还口口声声称红巾军为“红寇”，引起朱元璋大怒，下令把叔侄俩押回原籍，处以死刑。当时许多不愿和朱元璋合作的地主文人都落了个杀头没产的下场。

　　朱元璋对付这些不肯合作的地主文人，多采用严刑峻法，而这些人更不满意朱元璋的统治，这样双方的对立越来越显著。朱元璋痛恨这些人胆敢抗拒，用尽一切方法镇压，而且随着时间的推移，朱元璋的疑忌心越来越大。因为他曾经当过和尚，所以忌讳“光”、“秃”这些字眼，就连“僧”字也很刺眼，推而广之，连和“僧”同音的“生”字，也不喜欢了。他早年投身红巾军起义，最恨人说“贼”、“寇”，连和“贼”字形音相近的“则”字，看到也生气。明初地方官逢年过节、皇帝生日及皇家喜庆日子所上的表笺，都是歌功颂德的言辞，照例由学校教官代作，然而这小小的表笺，却使朱元璋屡次发怒，下令处死作者。如浙江府学教授林元亮替海门卫官作《谢增俸表》，中有“作则垂宪”一语，杭州府学教授徐一夔表文中有“光天之下”、“天生圣人，为世作则”等语，朱元璋牵强附会，硬说文中的“则”是骂他做过贼，“光”是光头，“生”是“僧”意，是骂他当过和尚。怀庆府学训导吕睿为本府作《谢赐马表》，有“遥瞻帝扉”，“帝扉”被读成“帝非”。尉氏县教谕许元为本府作万寿贺表，有“体乾法坤，藻饰太平”八字，就更严重了，“法坤”是“发髡”，“藻饰太平”是“早失太平”。翰林院编修高启曾经作了一首名叫《题宫女图》的诗，其中有“小犬隔花空吠影，夜深宫禁有谁来”二句，被朱元璋认为是讥讽他的，从此怀恨在心。后来苏州知府魏观把知府衙门修在张士诚的宫殿遗址上，犯了忌讳，被人告发。正巧新房子的上梁文是高启写的“龙蟠虎踞”，朱元璋大怒，把高启和魏观均腰斩。文字狱从洪武十七年（1384）闹到二十九年（1396），前后达十三年。

　　其间，造成了朝野文人提笔怕文字狱，人人自危的恐怖局面。据说，有一年元旦之夜，朱元璋微服出巡。他忽然发现一个灯谜上画了一个女人，手里抱着一个大西瓜，安然地坐在马背上，马蹄故意画得特别大。朱元璋见了大怒。回宫后即命察缉，结果将做灯谜的杖死了。刑官执刑后，还莫名其妙，后来才明白，原来马皇后是淮西人，是个大脚，朱元璋怀疑灯谜是在暗讽马皇后，就这样一条小小灯谜，竟送了一条人命。

　　这些未必可信，据陈学霖先生考证，朱元璋极可能因个人好恶，或以政治关系需要铲除异己，故意断章取义，而罗织成狱，罪名虽谓干忤圣旨，事实或非如此。①尽管这样，恐怕多多少少也能反映出朱元璋的专横和残暴。① 陈学霖：《明太祖文字狱案考疑》，《明史研究论丛》第五辑。

　　第三节经济政策朱元璋即位伊始，几近二十年战乱的中华大地，却是遍地荆棘、满目疮痍。特别是山东、河南地区，受战争破坏最重，“多是无人之地”，②而河北州县，有的地方“道路皆榛塞，人烟断绝”，有的地方“积骸成丘，居民鲜少”③。面对严峻的现实，朱元璋采取了发展生产，与民休息的政策。洪武元年正月，各地州县官来朝，朱元璋对他们说：天下才定，百姓财力都很困乏，像刚学飞的鸟不可拔它的羽毛，新栽的树不可摇它的根一样，现在必须休养生息、搞好生产。同年十二月，朱元璋任命宋免为开封府知府，上任前要求他到开封后，务在安辑人民，劝课农桑，以求实效。他还要求各级官吏把“田野辟，户口增”①作为头等大事来抓，并规定官吏的考核都要上报农桑的治绩，违者降罚。

　　为了安定社会，恢复生产，朱元璋鼓励开垦荒地。洪武三年（1370）下令：北方郡县荒芜田地，不限亩数，全部免三年租税。同时还规定战争中抛荒的田地，被他人耕垦成熟的，就成为耕垦者的产业，如果旧业主复业，只能依丁拨田，这就承认了自耕农开发熟地的产权，也鼓励了农民垦荒的积极性。直到洪武二十八年（1395）还在大力推行。并规定洪武二十七年（1394）以后新垦荒田，不论多少，俱不征税，若地方官有去征税危害百姓的，要以法治罪。

　　为了加速荒地的开发，朱元璋还采取了移民屯种的办法，把农民从人多田少的地方迁到人少地广的地方。凡移民垦田的，都由朝廷给予耕牛、种子和路费，还免去赋税三年。在定额之外多开垦的荒地，永不起科。洪武三年（1370）六月，迁苏州、松江、嘉兴、湖州、杭州无业农民四千多户到濠州种田，又移江南民十四万户于凤阳。以后朝廷多次组织太湖流域和山西无地的农民，迁到淮河下游和淮河流域垦荒。

　　这些措施大大刺激了农民垦荒的积极性，也使大量土地得到开发和利用。据户部统计，从洪武元年到十三年，垦田数目逐年增加，十三年中增加的垦田数字为一百八十三万三千一百七十一顷。这个数目是巨大的。

　　明初除了民屯外，还有军屯和商屯。军屯由卫所来管理，以屯为单位，以每军受田五十亩作一分，官府提供耕牛和农具，开头几年免纳租税，到成为熟地后，每亩收税一斗。军士屯守比例是，边地军队三分守城，七分屯种，内地军队二分守城，八分屯种。明初六七十年间，由于军屯的发展，全国各地共有军屯田六七十万顷，相当于全国垦田总数的十分之一左右，可以说军屯规模是很大的，军粮基本上做到了自给。商屯是为了解决边地军粮，朝廷用开中法，鼓励商人运粮到边防粮仓，向官府换取盐引（贩盐凭证），然后贩卖，从中获取厚利，后来有的商人就索性雇人在边境开立屯田，就地交粮，以省去运费。商屯的推行，解决了边储，也开发了边疆。