天有不测风云，杨士奇的仕途一度出现坎坷。朱棣即位之初，长子朱高炽、次子朱高煦、三子朱高燧皆有意争夺皇太子之位，后来几经周折，才确定长子为皇太子。朱棣却偏偏对其颇有微词，宠爱悍勇好斗的朱高煦，这样朱高煦和朱高燧公开表示不满。在这场争斗中，杨士奇自然无法置身事外，但他采取了灵活的策略。永乐九年朱棣北征回师，由于次子的谗言，有意找寻皇太子的过失，向杨士奇询问朱高炽的情况。杨士奇并不执意为皇太子辩解，只是说太子仁孝，凡有事宗庙，祭物、祭器皆亲阅，并举例说：“去年将时享，头风作，医言当汗。殿下曰：‘汗即不敢莅祭。’左右请代。斥之曰：‘上以命我，我又遣人代乎？’遂亲祭。祭毕，汗遍体，勿药病自愈。”①同时还总结说：“殿下天资高，即有过必知，知必改，存心爱人，决不负陛下托。”②无意中表彰了朱高炽宽厚仁爱的个性。结果在卷入争夺太子位的大臣中，处境较好，虽被牵连下狱，但很快被释放，不像解缙因之送了自己的性命，从而顺利地度过了自己从政生涯的多事之秋。

　　永乐二十二年（1424），朱棣去世，朱高炽即位，是为明仁宗，杨士奇被提拔为礼部左侍郎兼华盖殿大学士。按照封建礼仪，新皇帝应为过世的皇① 《纪录汇编》卷一二○《明诗评》。

　　① 张萱：《西园闻见录》卷四。

　　② 《明史》卷一四八《杨士奇传》。

　　帝服丧二十七天。期满的第二天，只有皇帝和张辅、杨士奇三人仍着丧服上朝，满朝文武皆更换服装，由此朱高炽对杨士奇更加敬爱，逐步提拔他为少保、少傅，后又命他兼任兵部尚书，开启了内阁直接插手六部具体行政事务的先例。不久，杨士奇成为内阁首辅，位次列于内阁其他同僚之上，逐渐填补了朱元璋废除丞相后留下的巨大的权力真空。

　　杨士奇与仁宗皇帝关系极为融洽。朱高炽特地赐给杨士奇及杨荣、金幼孜和夏原吉每人一颗银印，上刻“绳愆纠缪”的格言。杨士奇可以用此印密奏关于贵族甚至皇族胡作非为的案件，拥有了皇帝赐予的特权，对于及时有效地揭露贪污腐化、改善政治风气起到至关重要的作用。当时李庆建议朝廷将军队所属多余军马给予地方官吏，杨士奇上疏反对，朱高炽为了不使他过多树敌，故意没有批准杨士奇的奏折，而借陕西按察使陈智上奏的机会驳回李庆的建议，君臣的相得由此可见一斑。

　　杨士奇利用得天独厚的条件极力促使朱高炽变成一个开明有为的君主。

　　朱高炽监国时，御史舒仲成曾得罪过他，他即位后便想将其治罪。杨士奇认为这样做，将使言官不敢说话，朱高炽于是打消了自己的念头。大理卿虞谦、大理少卿弋谦也因上疏言事得罪朱高炽，由于杨士奇的调解才没有获罪。言路因此得以畅通，下情得以上达。朱高炽即位后，许多文武大臣歌舞升平，杨士奇却反其道而行之，让他居安思危，看到“流徙尚未归、疮痍尚未复、民尚艰食”①的社会现实。朱高炽甚为感激，特地创制了“杨贞一印”赏赐给他。朱高炽去世，杨士奇成为当然的首席顾命大臣。

　　洪熙元年（1425），朱瞻基继承皇位，是为宣宗，他既具备父亲的文才，又具备祖父的武略。“三杨”继续留任内阁，他们定期上朝觐见皇帝，讨论较为迫切的具体事务。他们可以直接向皇帝呈递密封的奏议，并对官员呈递的奏议提出适当的答复，供皇帝御批，内阁由此成为皇帝与六部的桥梁，控制了决策权。

　　“三杨”中，杨荣以才识见长，做事果断，精通边防事务，曾随朱棣远征蒙古，但生活作风比较奢侈，边疆的将官经常向他行贿。朱瞻基知道后，私下召见杨士奇，问他对此有何看法。杨士奇认为对于边防事务，杨荣比自己精通，所以不要因小过怪罪他。朱瞻基微笑着反驳说，你还为他辩解，他可是经常在我面前指责你的短处。杨士奇马上说：“愿陛下以曲容臣者容荣。”②明确恳求皇帝以对待自己的宽厚态度对待杨荣。不久杨荣得知了这一消息，非常惭愧，自此两人便建立起亲密无间的友谊，关系甚为融洽。

　　朱瞻基登基不久，他的叔父汉王朱高煦发动了武装叛乱。朱瞻基在杨荣等人的强烈要求下御驾亲征，叛乱很快被平定，朱高煦被处以酷刑。种种迹象表明，朱瞻基的又一叔父赵王朱高燧也与汉王的阴谋有所牵连，杨荣等人主张同加严惩。针对这种纷纭复杂的形势，朱瞻基举棋不定。杨士奇一方面摸透了皇帝的心理，另一方面考虑到政局的稳定，与杨荣针锋相对，指出：“太宗皇帝三子，今上惟两叔父。有罪者不可赦，其无罪者宜厚待之，疑则防之，使无虞而已，何遽加兵，伤皇祖在天之意乎？”朱瞻基最终采纳了杨士奇的建议，没有追究赵王的责任。赵王主动献出护卫人马，保全了性命，朝廷政局趋向了稳定。

　　① 《明史》卷一四八《杨士奇传》。

　　② 《明史》卷一四八《杨士奇传》。

　　朱瞻基即位后，还受到来自外部世界的挑战，交阯继续抵制明皇朝的统治。是继续施加军事压力还是撤军，明皇朝左右徘徊。吏部尚书蹇义和户部尚书夏原吉与将领们主张采取进一步的军事行动。杨士奇看到连年的征战造成了国家财政的紧张、百姓的怨恨，于是和杨荣一道力主讲和，认为可以让交阯拥有更大的自治权。他们的主张正中朱瞻基下怀，于是决定通过外交途径解决交阯的叛乱问题。后来几经周折，朱瞻基勉强授予交阯的实际统治者黎利委任诏书和印玺，让他“权署安南国事”，这样既赢得了南部边疆的安定，又为国家节约了大笔军事开支，再次显示了杨士奇的战略眼光。