颜元归宗后，日常仍从事农田耕作。有一次客人来访，见他正在扬场，感到十分奇怪。颜元却说：“君子之处世也，甘恶衣粗食，甘艰苦劳动，斯可以无失已矣！”这时，颜元及门弟子日众，李塨便是于康熙十八年开始来问学的。对于新从游者，颜元必先向其申明自定教条其要点是：孝父母、敬尊长、主忠信、申别义、禁邪僻、慎威仪、重诗书、敬字纸、习书、作文、习六艺、序出入、尚和睦、贵责善、戒旷学等。特别是对六艺，尤为强调。每逢一、六日课数，三、八日习礼，四、九日歌诗、习乐，五、十日习射。他兢兢业业，以阐扬儒家学说中实用实行思想为己任。尝云：“天废吾道也，又何虑焉。天而不废吾道也，人材未集，经术未具，是吾忧也。”因吟诗道：“肩担宝剑倚崆峒，翘首昂昂问太空。天挺英豪中用否，将来何计谢苍生。”①对于自己，颜元仍是持身极严，而且与从学者互相规过。有一年，颜元曾买石氏女为侧室，女痴且癫，知是为媒人所欺。于是，令媒人将女领回并讨回原金。不料，媒人又将该女再度转卖给他人。李塨就此事向先生直谏及规劝，颜元听后，悲泣道：“吾过矣！”于是出原金赎女归其父。李塨极感先生改过之勇，从此立日谱以自考。颜元和李塨还有一个很有意思的约定：“对众不便面规者，可互相秘觉也。云：警惰须拍坐，箴骄示以睛，重视禁暴戾，多言作嗽声，吐痰规言失，肃容戒笑轻。”②康熙二十三年，颜元五十岁时，只身往关外，寻找父亲下落。原来，颜元的父亲颜昶随清军出关后，到了沈阳，有位镶白旗董千总给了他些本钱，开了个糖店，先后娶过妻王氏及妾刘氏，刘氏生两女，名银孩、金孩。颜昶也曾想返里探亲，因入关被阻未能实现，于康熙十一年病故，葬于沈阳附近的韩英屯。颜元到关外沿途寻父，艰苦备尝。当他在沈阳张贴寻人报贴后，被银孩所知。兄妹相见，面对痛哭。颜元祭奠父茔后，亲自御车，奉先父牌位归博野。

　　从关外归来后，颜元自叹：“苍生休戚，圣道明晦，敢以天生之身，偷安自私乎！”于是在康熙三十年，告别亲友，南游中州。行程二千余里，拜访河南诸儒。在各地，他结交士人，出示所著《存性》、《存学》、《唤迷途》等，宣传自己的政治主张，率直地抨击理学家空谈心性、以著述讲读为务、不问实学实习的倾向。寓居开封时，曾与名士张天章研讨学术。天章叹道：“礼乐亡矣，《存学》诚不容不作！”又研讨水政，天章曰：“先生何不著《礼仪水政书》？”颜元答道：“元之著《存学》也，病后儒之著书也，② 《颜习斋先生年谱》卷上。

　　① 《颜习斋先生年谱》卷上。

　　② 《颜习斋先生年谱》卷上。

　　尤而效之乎？且纸墨功多，恐习行之精力少也。”因此，来问学者日众。在商水，访李木天，与言经济。李见颜元佩一短刀，便离座为他演诸家拳法。颜元笑曰：“如此可与君一试。”两人遂折竹为刀，对舞不数合，颜元击中木天手腕。木天大惊曰：“技至此乎！”又与深言经济，木天倾倒下拜。次日，令其子从先生游①。

　　颜元通过此次南游，愈发感到程朱之学为害的严重。他说自己当年从关外归来时，“医术渐行，声气渐通，乃知圣人之道绝传矣。然犹不敢犯宋儒赫赫之势焰，不忍悖少年引我之初步”。但是，“迨辛未游中州，就正于名下士，见人人禅宗，家家训诂，确信宋室诸儒即孔孟，牢不可破，口敝舌罢。去一分程朱，方见一分孔孟。不然终此乾坤，圣道不明，苍生无命矣”②。因此，他一方面著《四书正误偶笔》等，辨析朱熹学说的谬误，一方面以更多的时间和精力，向友人及门生申明训诂、理学、科学的危害，尝大声疾呼：“仙佛之害，止蔽庸人。程朱之害，遍迷贤知。”“非去帖括制艺与读著主静之道，祸终此乾坤矣。”③颜元六十二岁时，肥乡郝公函（字文灿）三次礼聘，请他前往主持漳南书院。颜元到肥乡后，准备很好地施展自己的抱负，亲自拟定各种规章，构想书院规划，并手书“习讲堂”对联云：“聊存孔绪励习行，脱去乡愿禅宗训诂帖括之套”、“恭体天心学经济，斡旋人才政事道统气数之机”。可惜数月之后，该地大雨成灾，漳水泛滥，书院堂舍悉被淹没，他只好告辞归里。后来，因水患益甚，郝公函屡请未往。不久，郝公函来书问安，并附一契纸云：“颜习斋先生生为漳南书院师，没为书院先师。文灿所赠庄一所，田五十亩。生为习斋产，没为习斋遗产。”①从肥乡返回后八年，即康熙四十三年（1704）九月初二日，颜元病故。

　　逝世前犹谓门人曰：“天下事尚可为，汝等当积学待用。”死后葬于博野北杨村，门人私谥为“文孝先生”。

　　① 《颜习斋先生年谱》卷下。

　　② 《习斋记余》卷1，《未坠集序》。

　　③ 《颜习斋先生年谱》卷下。

　　① 《颜习斋先生年谱》卷下。

　　第二节颜元的学术成就和贡献颜元平生注重习行，不尚空谈，故著述不多，有《存学编》四卷，《存性编》二卷，《存治编》一卷，《存人编》四卷，《朱子语类评》一卷，《礼文手钞》五卷，《四书正误》六卷，《习斋记余》十卷等。他的门人锺锌将其言行辑录成《习斋先生言行录》及《习斋先生辟异录》。生平事迹则详载于李恕谷、王源所辑《颜习斋先生年谱》中。

　　颜元认为中国学术思想演化大势，自孔孟以后，气运日降，儒业日毁，“孟子后之道之学，二千年总成一大谎。”具体认为：“秦火之后，汉儒掇拾遗文，遂误为训诂之学。晋人又诬为清谈，汉唐又流为佛老，至宋而加甚矣。仆尝有言，训诂、清谈、禅宗、乡愿，有一皆足以惑世诬民，而宋人兼之，乌得不晦圣道误苍生至此也！仆窃谓其祸甚于杨墨，烈于嬴秦。每一念及，辄为太息流涕，甚则痛哭！”①颜元学说与程朱理学有根本分歧，主要是两个方面。第一个方面是关于气质之性的善恶问题。宋儒在观察宇宙和人生时，提出了“理”、“气”两个基本概念。虽然也说，理、气是不可分的，但又认为，理是最根本的、第一性的东西。朱熹说：“未有天地之先，毕竟也只是理。有此理，便有此天地。”②在人性论问题上，朱熹同样地把“理”与“气”作为性的根源。认为人禀赋天理产生“天命之性”（又称义理之性、道心），禀赋气质则产生“气质之性”（又称人欲、人心）。我国先秦时期的孟子，只说人性是善的。而说人有“气质之性”，则是宋代二程的发明。朱熹继承此说，认为人的天命之性是“浑然至善”的，专指理而言。而人的气质之性，是理与气杂而言之，人禀受气时有深浅、厚薄、清浊的不同，故性有善和恶的区别。气质之性（人欲）是万恶的根源。