除《尔雅》的分类系统外，为适用于不同的实践需要，还有一些偏重人为性质的分类标准。例如，《神农本草经》中根据对人体的作用，将药物分为“上”、“中”、“下”三品。我国现存最早的字书《说文解字》，将九千三百余字归纳为五百四十部。其中与动物有关的有牛、犬、羊、羽、虫、豕、豸、虎、马、鸟、鹿、鱼、象、鼠、熊、燕、龟等部首，与植物有关的有草（艸）、竹、麦、木、禾、黍、米、麻、尗、韭、瓜等部首。在《说文》① 《易·系辞》上。

　　① 《礼记·学记》。

　　② 《尔雅·释草》。

　　③ 《尔雅·释木》。

　　① 《尔雅·释鸟》。

　　中，这些部首用于编排文字，但就有关动植物的编排与描述而言，也可视为古代的生物分类体系之一。

　　第二节形态方面的知识对于生物形态特征的观察和认识，是中国古代生物分类学的基础。春秋战国以来，人们的生物形态知识，包括对生物体各部分器官的识别、命名及描述，在不断地扩大和深入。《韩非子·解老》提到“树木有曼根、有直根。根者，书之所谓柢也。柢也者，木之所以建生也；曼根者，木之所以持生也。”意思是说，直根具有支撑植物的功能，使之挺然耸立；蔓根具有吸收养料供植物体持续生长的作用。《后汉书·延笃传》提到“枝叶扶疏，荣华纷缛，末虽繁蔚，致之者根也”，说明枝叶繁蔚是由于根发育得好的缘故。《尔雅·释草》记述“卷施草拔心不死”，认识到植物有宿根的现象。在《说文》中，“茎”解释为“草木幹”，并进一步称草本植物的茎为“茎”，称木本植物的茎为“幹”。从茎派生出的枝条称为“枝”。茎的上部、表皮等都有专名。《释草》中还提到“莽，数节，桃枝四寸有节，邻，簢，坚中，徐中。”说明已注意到茎有“中实”和“中空”的不同，并已有了“节”和“节间”的概念。类似记载还可以列举很多，反映出当时对于植物营养器官根茎叶以及繁殖器官花果核的部位与功能，已经积累了非常丰富的知识。在《尔雅》、《说文》等著作中，关于动物形态的描述，大多以大小、毛、皮、颜色以及突出特征等为主，著录范围较广但说明文字比较简略。后来东晋郭璞撰《尔雅注》，对动植物形态性状进行了更具体和详细的描述，对于生物形态学以至生态学和分类学都作出了重要贡献。在秦汉时期的其他著作中，还有一些有关生物形态的零星描述，如东汉杨孚《异物志》载：“孔雀，其大如雁而足高，毛皆有斑文采，形体既大，细颈，隆背，..自背及尾背有珠文，五采光耀，长短相次，羽毛皆作员文，五色相绕，如带千钱，文长二三尺，头带三毛，长寸许，以为冠。”首次详细和逼真地记述了孔雀的形态特征。此外，《尔雅》所载“桑■有椹”，指的是桑树有半数能结桑椹，说明当时对于植物有雌雄性别的分化已有初步认识。《氾胜之书》中则进一步总结了雌麻和雄麻的不同栽培方法，而且指出收获麻（雄麻）最好是在“穗勃”，即花粉散出的时候，反映出对雌雄株的不同生理特性已有相当的了解。还应特别提到的是，由于畜牧业的发展，对家养动物的形态与内部解剖的观察和认识更为丰富，并且有专著问世。如《汉书·艺文志》载有《相六畜》等书，近年曾在马王堆出土帛书《相马经》，银雀山出土简书《相犬经》残卷，这些都可说是我国早期的动物形态学著作。

　　第三节生态方面的知识关于生物与生物之间和生物与周围环境之间的相互关系，这一时期也产生了不少新的认识，有些还试图从理论的高度来加以解释。例如，动物对天气将雨的变化会产生反应，蝼蛄和蚂蚁要搬家，蚯蚓会钻出地面，王充认为，“天气变于上，人、物应于下矣。”①这是“风雨之气感虫物”②的结果。王充还提到：“夫虫之生也，必依温湿。”③“何知虫以温湿生也？以蛊虫知之。”④指出了温湿环境和季节对昆虫繁殖的影响。仲长统《昌言》也谈到温度对蚕的生长发育的影响。《吕氏春秋》已谈到蚌蛤等水生生物的生殖活动受月亮周期的影响。《淮南子·天文训》载：“月死而蠃蛖膲。”《论衡·顺鼓》载：“月毁于天，螺蚄舀缺。”都是说，月晦时，螺类动物的肉就变得不丰满。发现月亮周期对水生生物的影响，是我国古代动物学上的一个重要成就。动物的共栖现象，早在《尚书》中就有记载，《尔雅·释鸟》称：“鸟鼠同穴，其鸟为鵌，其鼠为鼷。”在古代文献中第一次具体地指出了同穴共居的鸟鼠名称。《汉书·五行志》载：“成帝永始元年春，北海出大鱼，长六丈，高一丈，四枚；哀帝建平三年，东莱平度出大鱼，长八丈，高丈一尺，七枚，皆死。”这是鲸鱼集体自杀现象的最早记载。王充在《论衡》中说：“夫东风至，酒湛溢，鲸鱼死，彗星出，天道自然，非人事也。”正确地认为这是与人事无关的自然现象。植物的生态环境，如水分、土壤、阳光、空气、温度等，对于植物生长发育的影响和作用尤为重要。《氾胜之书》指出，种豆时要灌水，“临种沃之，坎三升水”，种麻遇“天旱，以流水浇之，树五升”，说明要根据天气、土壤等环境状况，进行合理灌溉，以保持植物体的水分平衡。《氾胜之书》还介绍了利用雪水处理种子使稻麦耐旱多实，利用灌溉水控制田间温度促进稻麻生长，用手摩擦果实控制瓠定向生长，以及独特的施用种肥的溲种法等一系列方法。这些方法都是改善农作物或园艺作物生态环境的增产措施。《神农本草经》载：“大豆黄卷（即黄豆芽），味甘平，主湿痹，筋挛，膝痛。”《盐铁论》载“冬葵温韭”，冬季用加温方法生产韭菜，生长出来的是韭黄。说明我国一千多年前就已认识到因光照不足而产生的植物黄化现象并且加以利用，在世界蔬菜栽培上增添了重要的一页。