地方司法组织不分立，审判、检察和司法行政皆由地方长官兼理。州刺史、郡太守，县令皆理狱讼，决刑断，并察纠官吏政绩。属官有决曹掾、贼曹掾，或称法曹、墨曹。州佐有刑狱参军，司法参军，郡有功曹掾，门下贼曹。乡一级无司法组织，以乡官调理民事管理治安。三国时大乡设三老、百石，小乡设有秩啬夫、百石，以三老、啬乡掌教化，听民讼；以百石掌治安。晋乡官有秩啬夫，里吏。南朝乡官为三老，有秩啬夫，游徼各一人。三老掌教化，有秩啬夫听讼，游微巡禁盗贼。北朝乡官称三长。

　　审判程序与等级狱讼最初受于乡官，乡官不能决才上有司。是为初审机关，审毕申报于郡，郡派督邮往县验案，狱成遂决。县不能决，逐级上报于郡，州、朝廷。廷尉为最高审判机关，但皇帝有权干涉廷尉所决，故皇帝临讼为最终审决。南朝宋废督邮案验县狱之制。因督邮不过为郡的下级属吏，对县令所决往往不能提出有力的异议，有案验之名，无案验之实，故谢庄上言奏请改制。县考讯毕，将案情和囚犯送郡，委任二千石级的官吏复审，然后正刑。二千石官不能决的，京师附近移度廷尉，京师以外移度州刺史。齐时，丹阳所辖及京师二百里内囚犯，集京师司隶校尉统审，此外由州郡决断。北朝的审判程序，北魏为“部主具状，公车鞠辞，而三都决之”。即当事人提出诉讼，司法行政机关系讯，审判机关裁决。北齐律文有狱成、案成、复检，也即受讼系讯，鞫证定罪，裁决行刑。

　　地方司法机关只能审判民事案和一般刑事案。县级可判扑刑，罚金，州级可判流刑、年刑（两晋例外，流徒、除名、退免等大事须台奏乃决刑），重大疑案和死刑须上报朝廷审判机关。《三国志·魏志·明帝纪》青龙二年诏：“廷尉及天下狱官，诸有死罪县狱以定..使与奏。”《宋书·孝武帝纪》载：“其罪甚重辟者，皆如旧先上。”《魏书·刑罚志》：“诸州国之大辟，皆先谳报乃施行。”三国初，杀生之柄，决于牧守，后随着皇权的强化，杀生权回归朝廷，死刑上报复检制，两晋南北朝皆然。但将军开府得专杀生之权，这是司法机构军事化的结果，与这一时期的战乱的局面有关。随着社会逐渐安定，这种状况也有所抑制。南朝宋规定：“须临军临阵才能专杀，余皆上报，犯者以杀人罪论。”北朝死罪须复奏，无异词才行刑，至隋形成死罪三复奏之制。

　　南北朝时期，还施行特别察囚制，由皇帝委派高官巡行州郡，受理冤案，察举非法，拥有较高审判权力，是一种特殊的审判程序。

　　诉讼程序诉讼，包括狱讼和辞讼。即刑事诉讼和民事诉讼。方式有顺诉，越诉和直诉。顺诉即依审判等级向所在一级的公车上诉。越诉即越过管辖的行政等级向上一级提出诉讼。直诉即直接上诉于最高司法组织，甚至皇帝本人。后者又称挡驾。这一时期，法律上禁止越诉，越诉一般要加鞭笞。但特使巡行时例外。特使受皇帝任命，诉于特使含有直接意味。直诉则是允许的。西晋武帝时，在朝内设登闻鼓，吏民有冤，可擂鼓直诉。如帐下督荣晦因罪被司空卫瓘所谴，晦后随叛兵害瓘子孙。刘繇等执黄幡挝登闻鼓，请族诛晦，诏从之。刘宋大明年间，孝武帝巡行听讼，士庶有怨皆诉至皇帝面前自诉。梁时在公车府谤木肺石两边各设一函，令天下吏民检举不法，投书函内，称肺石函。北朝也在宫廷阙左悬登闻鼓，有冤者挝鼓，公车上奏。

　　罪犯经过审讯议刑之后，不服的可提出复诉，称为“乞鞠”。汉制二岁刑以上皆许乞鞫。曹魏以乞鞫烦狱，除之，晋又恢复。晋令规定囚犯称冤欲乞鞫者，许之（《册府元龟·刑法部》）。北朝“狱已成及决竟，若有疑案不直或诉冤枉者，得摄讯复治之”。北魏献文帝在位时，每成狱案，必令复鞫。

　　诉讼有许多限制。首先必须确实，诬告反治其罪。曹魏有令规定敢妄相告以其罪罪之。高平陵事变时，大司农桓范留守京师，曾以司马懿欲反之事告曹爽，懿知大怒，问诬告人反，依法应治何罪，有司回答依律令反治其身，于是执桓范下狱。这种反坐法本质上属于同害刑，两晋南北朝皆存在。北魏规定：“诸告事不实者，以其罪治之。”（《魏书·韩麒麟传》）如宗室元匡因与尚书令高肇不合，上书罪肇，有司奏匡诬肇，于是处匡死刑。但诬告与否，全凭官吏主观武断，如北齐时，上洛王思好欲反，为人所告，韩长莺因与思好联姻，遂奏有人诬告宗室，不杀无以杜绝后患，告者竟被斩死（《北齐书·思好传》）。

　　其次，对诉讼内容和人也有限制。曹魏黄初五年（224）令规定，犯谋反大逆才能初告，余皆勿听治。把诉讼内容限制在谋反大逆的范围内。老幼、奴婢及囚犯无诉讼权。曹魏禁止囚犯告人，否则加罪并牵连亲属。北齐天保八年立格“负罪不得告人事”，晋律规定老幼不得告言人（十岁以下）。再次，诉讼容隐。这一时期皆有律令禁止对直系亲属提出起诉或出庭作证。晋初有父母犯法拷问儿子或儿子逃亡鞭讯父母，大理卫展认为这样有伤正教，使亲亲相隐之道离，奏请废除。东晋时有女子李忽证父叛降北朝，周处认为忽无人子之道，证父攘羊，应处死刑。上从其奏，刑忽于市（《太平御览》卷六四七引王隐《晋书》）。南朝宋初，家人探囚时，常被讯辞，侍中蔡廓奏除之。“自令家人与囚相见，无乞鞫之诉。”梁律明文规定“子之事亲，有隐无犯”。建康三年（504）建康人任提女因诱卖人口，当处死刑，子景慈出辞证母诱卖人口，法官虞僧虬认为景慈证母有罪，宜加刑罚，于是处景慈流刑，徙于交州。北魏有子孙告父母、祖父母者处死的律条。麟趾格三公曹六十六条规定：“母杀其父，子不得相告，告者死。”这种诉讼容隐是儒家孝悌伦理学说在法律上的反映。