监狱、刑具和刑讯这一时期监狱有朝廷监狱和地方监狱之分。朝廷由廷尉典狱，地方则交法、贼曹，狱官有狱函、狱长、狱小吏等。有罪未决或决而未刑皆囚于狱。三国监狱设置未详，大概沿汉制。晋朝廷监狱有廷尉狱，洛阳狱，太康五年，又设黄沙狱，专审廷尉狱疑案和皇帝诏令系囚的特案，属于诏狱性质，由御史中丞和黄沙治书侍御史执典。但不久废除。晋地方监狱设于州郡，地方狱官有法曹门干，贼曹掾史，狱小吏，狱门亭长，贼捕掾等。南朝监狱分南狱、北狱。南狱指设于建康县的地方监狱，北狱指设于廷尉寺的朝廷监狱。南齐时有尚方狱，属少府，由左右尚书令典尚方狱，也属诏狱。陈朝永定元年，置正、监、平管南北二狱。北朝有廷尉，籍坊二狱，是为朝廷监狱，此外又有司州狱、河南狱、洛阳狱、河阴狱。北齐有苏州狱、太原郡狱、晋阳县狱和相国府狱，号称“四狱”。前三者为地方监狱，相国府狱似为朝廷监狱。北朝监狱又有屋狱和地牢之分，地牢用于囚禁重罪犯。

　　监狱管理也逐步形成了一套制度。包括系囚制、录囚制、悯囚制、桎梏制等。晋令规定监狱墙屋须牢固，草蓐不漏湿。家人探囚带食物，由狱卒代为加热传送，离家远无饷者给廪，由狱卒为之作食等等。这种系囚的生活制度，已颇为完备，能够对囚犯实行有效的拘押。同时，也显示体现了悯囚、恤囚。悯囚是封建统治者为缓和阶级矛盾而实行的一种手段，内容有“寒者与衣，病者给医药”，无后者听妻入狱等，是儒家仁政德教在监狱管理上的反映，但实际上悯囚是很有限的，监狱管理还是十分残酷的。如南齐的“上汤杀囚”，便是借给囚犯治病为名毒杀囚犯。录囚是巡视监狱，讯察囚犯记录和决狱情况。东汉时，皇帝亲自录囚，至三国两晋南北朝，逐步形成一种正常制度，皇帝至朝廷监狱录囚，间也巡行地方监狱。在这一时期有许多记载，录囚的目的是对监狱管理实行监督，减少囚禁，使狱勿淹留，也带悯囚色彩。桎梏制则赤裸裸地剥下了悯囚的面具。囚犯除极小部分外，多著刑具。据梁令：“郡国太守相、都尉、关中侯以上，亭侯以上之父母妻子及所生坐非死罪、除去，二千石以上非监徵者，并须系之。”魏晋刑具有械、钳等，犯死罪者着两械，加拳手钳重二斤，翅长一尺五寸。南朝刑具有械枷、钳、锁、壶手等，并有轻重大小之差。囚犯皆着械，徙者并着锁。髠钳五岁刑锁二重，四岁刑以下锁一重。死囚行刑前着三械，加壶手，陈朝囚犯不计阶品，皆著锁。北朝刑具为枷、■、械、锁、桁等。神■律令有始置枷拘罪人。大小轻重皆作详细规定。大枷长一丈三尺，喉下长一尺，通颊木各方五寸，用于犯大逆和外叛者；流刑以上则着■、械。北齐犯年刑著锁，无销用枷，流刑以上着枷、■、械，死刑著桁（大枷）。北周死刑著枷加拲；流刑着枷和梏，徒刑着枷；鞭刑着桎，杖刑散以待断。皇族及有爵位的犯死刑、流刑着锁，徒刑以下散之。

　　这一时期讯囚流行刑讯，即用拷打施刑的方式强迫犯人供状。魏晋多用鞭打，称为考竟，考其身而竟其情（一说考竟为狱死，拷其身而竟其命。史料中考竟有致死，但并非都致死，不取狱死之说）。曹操时，收太尉杨彪入许县狱，尚书令荀彧和少府卿孔融皆嘱许县令满宠勿考掠，但宠拷讯如法，故曹魏有刑讯之法。西晋时赵王伦曾收吴太妃，赵桀及贾午等付暴室考竟。至南朝梁，以刑讯入津，成为法定的讯囚方法。梁津载有测罚制。若囚犯不马上招供，便强迫着械站立于高土垛上。梁的测罚十分残酷，每天晡鼓即上测，直至二更。上测三日不许进食，三日后方许家人进粥二升，妇人及老小则测满一百五十刻后进粥，测数高达千刻（一昼夜一百刻），重械之下，危堕之上，无人不屈，枉者甚多。故梁末陈初关于测罚展开了一场争论，结果还是承认了测讯的合法性，只是稍改了测罚的范围和时间。陈律规定赃验凿切而又不认罪者才上测立，土垛高一尺，上圆，仅容囚犯两足站立，上测者先受鞭二十，笞三十，著两械及极上垛，每天早晚各测一次，每次测十七刻，连续测三七天，上测七日鞭杖一次。《隋书·刑法志》记载为“一上测七刻，日再上。”按南北朝时昼夜为一百刻，一刻约十五分钟，七刻才一个多小时，似乎太轻。《陈书·沈诛传》载沈议“朝夕上测，各十七刻”，高宇认为沈长史议得中，故怀疑漏“十”字，若按每次测十七刻，日测二次，连测三七日，这样，既比梁制为轻，又不会相差太远。

　　北朝刑讯一直入律，神■律令规定：“拷讯不踰四十九杖。”但有司欲免之刑则用细插，欲陷之则用大杖，故献文帝时规定刑讯用荆，平其节，本大三分，杖背者二分，挞胫者一分。拷杖限五十。但不久，拷讯又泛滥。太和年间，讯囚用重枷，大几围，又用缒石悬挂犯人头上，内伤入骨。又使强壮有力的狱卒殴打囚犯。孝文帝时乃定犯大逆者证据确凿而不供者才允用大枷。宣武帝时，又禁用枷和悬石拷讯囚犯，下令诸台、寺、州、郡烧毁大枷，审讯尽听讯之理，必要时才依据囚犯强弱状况拷讯，不许非法拷掠人。尽管统治者三令五申，但刑讯积重难返，终北魏之年，刑讯仍未能减轻。

　　北齐的刑讯更加残酷，用车辐狰杖，夹指压踝，又迫囚犯站立在烧红的犁车上，或用烧车缸穿串手臂，文宣帝本人也恣行暴酷，把大镬、长锯、剉碓等刑具列于宫廷内，若不合意，便亲手屠裂人。北周的刑讯也有过之而无不及。宣帝时，鞭杖之制高达二百多，又作礔砺车吓唬妇人。