郗鉴在八王之乱后期回到家乡。永嘉之乱起，郗鉴与乡里千余家避难鲁国之邹山（今山东邹县东南），据山自保。郗鉴被推为坞主。在邹山，郗鉴率众与石勒等日日交兵，虽“外无救援，百姓饥馑，或掘野鼠蛰燕而食之，终无叛者。三年间，众至数万”。

　　当时刘渊、石勒铁骑在北方纵横驰骋，攻城屠邑，许多坞主因刘、石军事压力而相继与其合作。郗鉴、温峤在那样艰难困苦的环境中坚持斗争，并能壮大自己的力量，如果没有坚定的民族立场，是很难做到这一点的。但是，他们并没有在北方继续战斗下去。因江东政治形势的变化，温峤、郗鉴相继渡江来到江南。

　　平定王敦、苏峻之乱东晋是在民族矛盾尖锐的情况下建立的。西晋灭吴后，江东地方大族并不甘心他们在政治上受制于中原士族。江东之地西晋时期虽有重兵镇守，反叛仍时有发生。永嘉之乱，大量的北方人源源过江，使这里的政治情况异常复杂起来。东晋初年，南北士族间的斗争，士族地方势力与皇权的斗争交替发生，使东晋政局动荡不安。特别是永昌元年（322）的王敦之乱，造成东晋严重的政治危机。

　　东晋元帝司马睿虽是西晋宗室，以惠帝皇统而论，却是疏而又疏。他能渡江登基称帝，主要是得到琅邪王敦、王导家族的支持。所以，王敦、王导倍受宠遇。他们权力之大，当时人认为是“王与马，共天下”。

　　然而司马睿不希望这种“共天下”的局面继续下去。他企图削弱王氏等士族的权力，引起士族们不满。永昌元年手握强兵的王敦自上游而下，攻进建康。在建康，王敦总揽朝权，诛杀朝士，改易百官，并欲废立太子。不但造成东晋严重危机，也使北方抗胡斗争连连受挫。已进逼黄河使“石勒不敢窥兵河南”的祖逖，看到王敦和元帝的矛盾日趋尖锐，“虑有内难，大功不遂”（《晋书·祖逖传》），忧愤发病而死。在邹山坚持数年的郗鉴，在王敦攻下建康后不久，不得不退屯合肥，结果“徐、兖间诸坞多降后赵”（《资治通鉴》卷九二，元帝永昌元年）。

　　就在东晋内乱迭起、抵御胡人南下的防线节节南撤的情况下，温峤和郗鉴先后来到江南。

　　建兴四年（316）匈奴刘曜攻破长安，愍帝被俘，西晋亡。由于赵渊、石勒等以反晋名义起兵进行民族仇杀，广大汉族人民也就以晋室作为民族旗帜。西晋灭亡，东晋又成“正朔”所在。建武元年（317）温峤为刘琨所遣，携表劝进，来到建康。司马睿登基后，他被留在江南。后为太子司马绍属官，“太子与为布衣之交”。

　　王敦起兵最终目的是要取司马氏而代之。废掉太子是他实现这一目的重要一步。王敦曾召集百官，当着众人，声色俱厉逼问温峤，欲迫使温峤对太子品行有所否定。但温峤不为王敦淫威所动，从容答对，力陈太子“至孝”品行。众人皆以为信然，挫败了王敦企图动摇晋室“根本”的阴谋。

　　郗鉴是在撤出邹山南屯合肥不久奉召渡江的。王敦兵进建康后引起了东晋一系列矛盾的变化。王敦专权，其党皆至大官，引起了其他受排挤士族的不满；他诛杀异己，连一些没介入王、马之争的江东士族也成刀下之鬼，更引起江东士族的不满。其时，势力单薄的江东士族要摆脱受制于王敦的困境，只有和其他反王敦的势力结合起来。他们看到郗鉴将是一个有力的合作者。江东士族尚书右仆射纪瞻以郗鉴“雅望清德，宜从容台阁，上疏请征之；乃征拜尚书”（《资治通鉴》卷九二永昌元年条）。

　　郗鉴迅速过江，表面上由元帝下诏，而实际上是得到王敦同意的。在民族矛盾尖锐的情况下，南北方广大汉族人民将司马氏政权看作是自己的民族旗帜，这是王敦篡晋的最大障碍。郗鉴作为北方抗胡名将，在南北方颇有影响。若能得到郗鉴的支持，必能缓和反对情绪。由于王敦与郗鉴过去同居司马越府，所以他认为凭过去的关系会得到郗鉴支持的。但是王敦打错了算盘。郗鉴过江后不久，即永昌元年十一月，司马睿在忧愤中死去。太子司马绍继位，是为明帝。东晋诸帝中，唯明帝能有所作为。他看到郗鉴过江后朝廷中正在出现一个南北士族联合反对王敦的政治形势，看到郗鉴、温峤、纪瞻等人是他联系反对王敦势力的重要人物，对他们特别予以重视。“明帝初即位，王敦专制，内外威逼，谋杖鉴为外援，由是拜安西将军、兗州刺史、都督扬州江西诸军、假节，镇合肥”。明帝这一做法是想改变建康自元帝以来军事上孤立无援的局面。这引起了王敦的猜疑。王敦要求改授郗鉴为尚书令，明帝只得召郗鉴还朝。途径姑孰，为王敦扣留，因郗鉴声望甚高，敦未敢加害，只得放还。郗鉴回建康后即与明帝密谋讨伐王敦。当时王敦耳目遍及朝廷内外，郗鉴这样做是担很大的风险。随着王敦与明帝对垒的形势越来越分明，支持明帝的人渐渐多了起来。在郗鉴之后又有王导、王舒、温峤、应詹等与明帝谋讨王敦。由于得到这些士族的赞同，明帝才下决心先出兵讨伐。可见在这一点上郗鉴的胆识过人。

　　温峤在明帝即位后任侍中。因有“栋梁之任，帝亲而倚之”，“机密大谋皆所参综”。王敦不愿明帝身边有这样一个智囊，便将温峤调到他身边做左司马，以图温峤为他效力。温峤伪与王敦亲近，参与密谋，附其所欲，颇得王敦信任。及丹阳尹缺，为在京师多设耳目，王敦使温峤出任。温峤得由此还都，随即向明帝报告了王敦的意图，使建康方面先有准备。后王敦发现受骗，气得下令要活捉温峤，亲自处决他。