太宁二年（324），明帝乘王敦病重，下诏讨伐。当时王敦已不能率军，派其兄王含、钱凤等率五万大军自武昌顺流而下。王含大军兵临城下，明帝等据城为守，情况和永昌元年时如出一辙。但王含军队终被击溃。这除了因王敦病死其内部出现变化外，在军事上建康方面得力于三个重要因素。

　　第一，王含等企图利用建康守备力量薄弱，在逼近建康时偃旗息鼓，突袭攻城。温峤率军烧掉秦淮河上的朱雀桁大桥，并夹水与战，败王含，挫其锐气。争取了时间使外援军队进入建康。

　　第二，王含大军来攻，郗鉴建议明帝火速调兵入卫建康。临淮太守苏峻、兗州刺史刘遐等带兵赶到，增加了建康兵力。《资治通鉴》述及此事，胡三省注云：“以敦、凤同恶相济，率大众以犯阙，虽诸公忠赤，若以台中现兵抗之，是复周、戴石头之事，微郗鉴建请而召刘遐、苏峻，殆矣！”可见这一建议对保住建康、最后击破王含军起了重要作用。当时又有人建议乘王含军远道而来立足未稳，明帝亲率兵出战。王含兵精将勇，又有顺流之势，冒然出战，必有很大的危险牲。郗鉴向明帝分析了两边人心向背的情况；王敦过去对建康周围抢掠，百姓人人痛恨，王敦倾巢出动要求速战，我们则应坚守避战。时间一久，义军必起，王含必败。明帝听从了郗鉴的建议。后来形势果如郗鉴所预料。

　　第三，明帝注意到江东士族对王敦的不满，对他拉拢江东士族的重要渠道纪瞻特别重视。“纪瞻受领军（将军），会钱凤作逆，诏上殿参定谋策事’（《北堂书钞》卷六四引王隐《晋书》）。永昌元年王敦自上游攻建康，派其死党沈充攻三吴，形成对建康的两面合击。后沈充被安插在吴郡任内史，作为王敦控制建康及东部地区的踏板。当王含兵临建康时，三吴的江东士族纷纷起兵攻击沈充。会稽大族虞潭“遂于本县招合宗人，及郡中大姓，共起义军，众以万数..明帝手诏潭为冠军将军，领会稽内史。潭即受命，义众云集”（《晋书·虞潭传》）。三吴的“义军”兴起，根据改变了建康两面受敌的形势，对于整个战争形势的变化起了促进作用。

　　由此可见，在平定王敦之乱的过程中，郗鉴和温峤起了重要作用。《资治通鉴》卷九二明帝太宁二年条述及温峤、郗鉴二人支持明帝讨灭王敦事，胡三省在此注云：“王敦遥制朝权，其所甚害者如郗鉴、温峤，终不得以肆其毒，以此知建康纲纪尚能自立也。”胡三省这一见解确有见地。

　　王敦之乱平，东晋危机总算渡过。温峤和郗鉴的地位也在上升。明帝死，郗鉴、温峤与王导、庾亮等同受顾命，辅佐五岁的成帝。咸宁二年（327）历阳太守苏峻又举兵入建康，使东晋才安定不久的政局再次动荡起来。郗鉴、温峤又为平定苏峻之乱做出重要贡献。

　　成帝继位后大权掌握在外戚庾亮手中。庾亮专权，但外重内轻的情况并未有什么改变。他感到对朝廷也是对他的威胁主要是居上游的荆州刺史陶侃和历阳内史苏峻。陶侃据上流，握强兵。苏峻本为北方豪强。永嘉之乱中他聚众数千家结坞自保。后率众渡江。平王敦中他立功，被朝廷寄以江外之任，镇历阳。“有锐卒万人，器械甚精”，“颇怀骄溢，有轻朝廷之志”（《资治通鉴》卷九三成帝咸和元年条）。因此，庾亮使温峤为江州刺史镇武昌西防陶侃。同时下诏征苏峻入朝，以夺其兵权。苏峻当然不肯轻易就范。他联络对庾亮不满的祖约，咸和二年（327）在历阳起兵，率二万人渡江，直攻建康。庾亮征苏峻时，很多人指出历阳距建康仅一江之隔，一旦苏峻反叛，建康则危在旦夕；温峤亦屡次写信劝阻，庾亮皆不听。结果苏峻攻陷建康，庾亮仓皇外逃，成帝则被苏峻控制在手。

　　苏峻攻进建康，又一次造成东晋政局动荡。苏峻为北方豪强，他把持朝政，亲戚徒党皆至大官，损害了南北高门士族的利益。各地刺史、郡守纷纷起兵。温峤、郗鉴成为讨伐苏峻的核心人物。

　　建康陷落后，徐州刺史郗鉴在广陵起兵渡江击苏峻。温峤联络荆州刺史陶侃，并推陶侃为盟主，合军四万，自上游而下。会稽内史王舒、吴兴太守虞潭等在三吴起兵，有众约三万。当时诸路勤王兵力数倍于苏峻，又将形成对建康的东西合围，但战争并不顺利。

　　苏峻在起兵前联络了对庾亮不满的豫州刺史祖约。苏峻所统将士多是随苏峻渡江的北方流民。这些人长时间在北方从战，已形成极为骁勇善战的武装集团。而祖约部下是祖逖在北伐中扩充起来的，更是能攻善战。所以，尽管苏峻军队数量少，形势上又处于不利，但仍“分遣诸将东西攻掠，所向多捷，人情恟惧”（《资治通鉴》卷九四咸和三年条）。以至很多人认为苏峻“其徒骁勇，所向无敌。若天讨有罪，则峻终灭亡；止以人事言之，未易除也”。温峤因累战不胜“亦惮之”。

　　正在这紧要关头，陶侃为保存实力突然提出率军西归荆州。温峤力劝陶侃应以翦除凶逆、安定社稷为重，同时严正指出临阵撤军是“沮众败事”，惹犯众怒“义旗将回指于公矣”（《资治通鉴》卷九四咸和三年条）。这时温峤部将毛宝攻破句容等苏峻储粮地，峻军乏食，陶侃才决定留下与温峤合力作战。

　　苏峻的粮储被烧，遂倾力东攻，企图打通通向三吴的道路。在京口一带奋力阻击苏峻的是郗鉴。建康粮食全仰仗三吴地区供应。郗鉴在广陵起兵时，即派人告诉温峤注意切断三吴通向建康的粮运。吴兴太守虞潭、会稽内史王舒起兵攻苏峻，屡为所败。陶侃即命虞潭、王舒等皆受郗鉴节度，使郗鉴坚守京口及外围大业诸垒。苏峻遣其将急攻大业垒，垒中乏食，人饮粪汁。京口震动。郗鉴部下劝郗鉴避峻军北返广陵，被他严词拒绝。京口坚守对于消灭苏峻起了重大作用。首先，苏峻在缺粮的情况下得不到三吴粮食的接济，加速了其内部瓦解。同时也有效地防止苏峻放弃建康进入三吴的可能，保证了江南粮仓免遭战乱破坏。其次，由于京口的坚守，东军和西军对苏峻的包围已经形成。苏峻的活动区域仅局限在建康一个狭小的范围，在频繁的战斗中粮食、兵源都得不到补充，彻底失败已经是不可避免了。