卢循占领广州后，东晋统治阶级内部出现了一场惊心动魄的大厮杀。桓玄禅代称帝，诛黜宰辅，肆行无道；刘裕自京口起兵，击败桓玄，重新迎立晋安帝。在这场历时一年多的动乱中，卢循安居广州，毫无作为。当刘裕掌握朝政后，在义熙元年（405 年）四月，卢循又遣使建康，贡献礼品，以示臣服。刘裕因朝廷新定，无暇征讨，于是任命卢循为征虏将军、平越中郎将、广州刺史，徐道覆为始兴相。卢循和徐道覆亦受命。但这种任命和受命不过是双方的权宜之计而已。卢循在受命后，遣使刘裕，赠所谓“益智粽”，名为奉献，实为贬戏。刘裕亦反唇相讥，还送“续命汤”，暗示兵机。

　　但卢循却没有与东晋皇朝断绝联系、独树一帜的决心。他希慕官位，贪图安逸，只想在朝廷内讧混战中割据岭南一隅，毫无北伐之意，他纵欲享乐，妓妾成群。为了表明他对朝廷之款诚，他对门阀世族持优柔政策。卢循在俘广州刺史吴隐之后，自己不对如何处置吴隐之作出决定，反却“表朝廷，以隐之党附桓玄，宜加裁戮”，当“诏不许”时，卢循亦未违命，而遣还了吴隐之。（《晋书·吴隐之传》）前琅琊内史，琅琊大族王诞被桓玄流于岭南。卢循破广州，王诞被俘，卢循任命王诞为平南长史，“甚宾礼之”。王诞无意服事卢循，遂对卢循说：“下官流远在此，被蒙殊眷，实思报答。本非戎族，在此无用。素为刘镇军（即刘裕）所识，情味不浅，必蒙任寄，公私际会，思报厚恩。”卢循“甚然之”。结果王诞回去后，对刘裕“尽心归奉，日夜不懈”，不仅未报卢循“厚恩”，反而为刘裕征讨卢循出谋划策。（《宋书·王诞传》）

　　在卢循军将领中，徐道覆比较富于远见，具有一定的战略眼光。他在攻取始兴后，就派起义军将士去南康山（大庾岭地区）砍伐了大量的船木，运到始兴，以低价出售，居民都争先恐后地抢购。这样，“船木大积而人不疑”，为以后进行北伐作了充分的准备工作。卢循安居广州，对东晋王朝一时未构成太大的威胁，刘裕因此而得以对北方少数族政权用兵，义熙五年（409）四月，刘裕率军自建康出发，北伐盘踞于青兖地区的南燕政权。

　　刘裕出征，造成了东晋统治中心地区防守薄弱的局面。这时，徐道覆先派人劝卢循乘虚北伐，夺取建康。卢循迟疑不决。徐道覆又亲自去番禺，进一步劝卢循说：“朝廷恒以君为腹心之疾，刘公未有旋日，不乘此机而保一日之安，若平齐之后，刘公自率众至豫章，遣锐师过岭，虽复君之神武，必不能当也。今日之机，万不可失。既克都邑，刘裕虽还，无能为之。君若不同，使当率始兴之众直指寻阳。”在这种情况下，卢循虽“甚不乐此举，无以夺其计，乃从之”。但这时刘裕已出师近十个月，并攻占了南燕首都广固城，生擒慕容超。徐道覆所期望的刘裕顿兵坚城之下，无法分兵回援京师的局面，因卢循犹豫不决而成为泡影。

　　一旦确定了北伐的战略目标，徐道覆马上依据原先卖给居民船木的卖券收购木料，日夜赶造船舰。北伐准备工作“旬日而办。”

　　北伐功败垂成义熙六年（401）二月，卢循和徐道覆会合于始兴，然后兵分两路，大举北伐。卢循军的将士，不是“三吴旧贼，百战余勇”，就是“始兴溪子，拳捷善斗”（《资治通鉴》安帝义熙六年），又经过五年的休整，所以士气旺盛，战斗力极强。出师不久，就取得了一系列胜利。卢循指挥的西路军队，顺湘水而下，进攻湘中诸郡，在长沙（治临湘，今湖南长沙市）打败东晋荆州刺史刘道规（刘裕之弟），又攻克洞庭湖口的巴陵（今湖南岳阳市），切断了荆扬二州的水路交通。徐道覆率领东路军队，顺赣水而下，连下南康（郡治赣，今江西赣州市）、庐陵（治石阳，今江西吉水北）、豫章（治南昌，今江西南昌市）三郡。刘裕闻讯，立即放弃原来“停镇下邳、清荡河洛”的计划，班师回援京师，至下邳弃船载辎重，自率精锐兵骑归。

　　徐道覆的东路军克豫章后，“舟舰大盛”，顺流直向江州州治寻阳。江州刺史何无忌不听部将守城待援的劝告，率舟师迎战徐道覆。义军乘风顺流，大舰逼之，强弩劲射，何无忌军溃兵败。义军包围何无忌指挥船登船者数十人，斩杀何无忌，占领寻阳。“于是中外震骇，朝议欲奉乘舆北走，就刘裕，既而知贼未至，乃止。”（《资治通鉴》安帝义熙六年）

　　刘裕至山阳时，听到何无忌死讯，马上自带数十人，“卷甲兼行”，于四月赶回京师，青州刺史诸葛长民、兖州刺史刘藻、并州刺史刘道怜也各领兵入卫建康。北府名将刘毅，于五月率水军二万从姑孰（今安徽当涂）溯江而上，大有一举摧抑义军之势。

　　卢循占领巴陵后，原打算西征军事重镇江陵，完全据有上游。徐道覆听到刘毅发兵的消息，驰使报卢循曰：“毅兵众甚盛，成败事系之于此，宜并力摧之。若此克捷，天下无复事矣。根本既定，不忧上面不平也。”卢循听从了这一建议，“即日发巴陵，与道覆连旗而下。别有八艚舰九枚，起四层，高十二丈”（《宋书·武帝纪》）。遂大败刘毅于寻阳东北的桑落洲，刘毅与数百人弃船上岸：“仅而获免”，“余众皆为贼所虏，辎重盈积，皆弃之”（《晋书·刘毅传》）。

　　卢循军在接连打败北府兵名将何无忌和刘毅，消灭大批敌人有生力量后，声威大振。史称“战士十余万，舟车百里不绝。奔败还者，并称其雄盛。”而东晋朝廷内外汹扰，人心惶惶。“于时北师始还，多创痍疾病。京师战士，不盈数千。”尽管双方力量对比悬殊，但卢循听到老对手刘裕已返京的消息，仍“相视失色”，“欲退还寻阳，进平江陵，据（荆江）两州以抗朝廷。道覆谓宜乘胜径进，因争之。疑议多日，乃见从”（《宋书·武帝纪》）。卢循军遂向建康进军。