在动乱的十六国时期，姚兴是一位有作为的少数民族君主。在前期，他留心政事，比较好地处理了统治集团内部的关系。军事上，姚兴信任和使用两位能征善战的叔叔姚绪和姚硕德；政治上，他依靠的是足智多谋的尹纬。他能够倾听臣下的意见，注意提拔一些有才能的人担任重要官职。攻占洛阳后，姚兴命令百官为朝廷荐举有真才实学的人。有的臣下曾抱怨世间人才太少，姚兴反驳说：“自古以来，有作为的帝王使用人才，既不能找先贤，也不能等后人，他们随时选拔人才都能取得成功。你自己没有识人之明，怎么能说天下没有人才呢？”兵部郎边熙认为军令烦苛，姚兴根据他的建议删削了过滥过重的部分。城门校尉王满聪不满意姚兴出游晚归，以天黑不辨奸良，不开城门。姚兴只好从别门而入。第二天，为了嘉奖王满聪尽忠职守，姚兴特意提升了他的官职。

　　为澄清吏治，姚兴采取严厉措施打击贪官污吏。对于比较清廉的臣属，他不仅给予物质上的奖励，还下书表彰，越级提拔他们的职务。后秦在长安办有律学，学员都是地方郡县的闲散官吏。经过一段时间的法律学习之后，学有成绩的人被派回原地负责司法。姚兴规定，凡州郡县地方政府不易判定的案例，一律报请中央政府裁决。他本人经常在咨议堂，旁听判决，尽量避免冤狱的发生。

　　姚兴还曾发布命令，要求各地政府释放因灾荒贫困而自卖为奴的百姓；禁止百姓制造锦绣和过多地进行宗教祭祀；安葬阵亡的将士和抚恤他们的家属等等。此外，他本人以身作则，厉行节俭，从不用金银装饰的车马器物。在姚兴的带动之下，后秦上下崇尚清素，达官贵人也不敢肆意奢侈浪费。这些措施，对于阶级矛盾的缓和和关陇地区经济的恢复与发展，无疑是有益的。姚兴继承姚苌的政策，大力提倡儒学，兴办学校。当时，许多著名的学者如天水姜龛、东平淳于岐、冯翊郭高等云集长安，讲学授徒，各有弟子门生数百人，远道而来的求学者竟达上万人。洛阳城内的凉州硕儒胡辨，弟子千余人，关中不少青年人慕名前去就学。姚兴特别指示各地关卡，对来往的儒生，一律放行，不许刁难。姚兴素以精通典籍声闻遐迩，政务之暇，经常在内宫召见学者，和他们一起讲论道艺，错综名理。其中一些善于为文的人，被姚兴安排在身边，参管机密，起草诏书。姚兴提倡儒学意在维护统治，但在客观上为保存和发扬汉族传统文化做出了贡献。

　　姚兴比较注意军纪。史书上讲，他的军队“军令齐整，秋毫无犯，祭先贤，礼儒哲”。由于能够作到“军无私掠”，后秦的军队，最初的名声还是比较好的。

　　后秦的西邻是一个乞伏鲜卑人建立的国家。它的国号也叫作秦，史称西秦。乞伏鲜卑人原居漠北，西晋时期开始迁徙到陇西。淝水战后，其部落酋长乞伏国仁招集诸部，拥兵自立，有众十余万人，逐渐割据陇西。乞伏国仁曾依附于苻登，受封为苑川王。乞伏国仁死后，其弟乞伏乾归改称河南王，建都金城（今甘肃兰州市西北）。苻登败死后，乞伏乾归击杀仇池王杨定，尽有陇西、巴西之地。后来，乞伏乾归连续战胜后凉和吐谷浑，获取大量的人口和土地。

　　乞伏乾归本来就是后秦统一关陇、进军河西的障碍。西秦国力日强，特别是隆安四年（400）乞伏乾归把首都从金城东移至苑川（今甘肃榆中县大营川地区），更使姚兴感到不安。这年五月，姚兴命令姚硕德将兵五万，由南安峡进击西秦。乞伏乾归亲自从苑川赶到前线，两军在陇西城（今甘肃陇西南）下形成对峙。由于深入敌境，人地生疏，樵道又被切断，后秦军队逐渐陷入困境。姚兴得到报告，立即封锁消息，远程跋涉，亲自增援姚硕德。乞伏乾归采取诱敌深入的办法，准备一举歼灭后秦主力。他预先将精锐的中军两万人埋伏在伯阳川，并在侯辰谷安排四万人的外军作为后继。然后，他带领几千骑兵迎候姚兴，以引诱敌人进入包围圈。但是，交战时恰遇灾害性天气，大风昏雾，遮天蔽日，乞伏乾归迷失道路，与中军断绝联系，误入外军阵地。作战计划不能照常执行，西秦军队措手不及，被姚兴打败。乞伏乾归丢弃大军，轻骑遁回苑川。失去主帅的西秦军队三万六千人皆放弃武器，投降后秦。后乞伏乾归一度依附南凉，经过辗转反复，最终还是归属了姚兴。征服陇西之后，姚兴的兵马越过黄河继续西进，先后消灭后凉，逼降南凉、北凉和西凉，占据西方重镇姑臧（今甘肃武威）。这样，后秦的疆域“南至汉川，东逾汝颍，西控西河，北守上郡”（《读史方舆纪要》），成为十六国后期国力仅次于后燕的强盛王朝。

　　与魏战争，接连受挫就在后秦势力顺利到达河西的时候，它的北部和东部地区却遭到了北魏军队的攻击。北魏是拓跋鲜卑人建立的国家。拓跋鲜卑人原起大兴安岭，后不断南下。淝水战后，其部落酋长拓跋珪纠合部众建立起以“代”为名号的雏型国家。在打败和消灭周围的一些部落后，拓跋珪基本上控制了代北地区。太元二十一年（396）十月，拓跋珪进击中原，战胜了强大的后燕。两年后，拓跋珪定都平城，称帝建元，并改国号为魏，史称北魏。北魏和后秦互相接壤，都有吞并对方的欲望。早在太元十七年（392），姚苌因收纳反叛拓跋鲜卑的没弈干部落，而与代结怨。姚兴即位后，重用逃亡到没弈干处的赫连勃勃，更激怒了拓跋珪。赫连勃勃是拓跋鲜卑人世仇匈奴种的铁弗部酋长刘卫辰的儿子。刘卫辰及其部落被拓跋珪诛灭，赫连勃勃劫后余生投奔没弈干。姚兴封他为安远将军，使其助没弈干戍守后秦的重镇高平（今宁夏固原县），并把三城（今陕西延安）、朔方（今内蒙古杭锦旗北）杂夷及铁弗余众三万人，归其统领。赫连勃勃的势力逐渐发展起来，成为北魏的西部边害。隆安五年十二月（公元402 年1 月），北魏以五万大军攻陷高平，没弈干与赫连勃勃南逃上邽（今甘肃天水）。魏军将高平的府库积蓄及所有牲畜洗劫一空，并将这里的百姓也尽数徙到平城（今山西大同）。同时，北魏的平阳太守又发兵侵入河东，从东部威胁后秦。还有一支北魏军队打败了西秦的附庸国黜弗、素古延等部。数路魏军一齐攻击，兵锋所及，一片废墟。后秦举国震动，长安城内人心惶惶，关中地区的很多城堡白天也不敢把城门打开。