姚兴不甘示弱，决定回击北魏。元兴元年（402）五月，姚兴以大将姚平、狄伯支为前锋，带兵四万进攻北魏的并州（今山西地区）。他自己亲率四万七千人的后继部队，担任支援。两个月后，姚平等人拿下了并州的要塞乾壁。但是，拓跋珪的反应很快，立即倾兵来救，迅速将姚平反围在汾水东岸的柴壁（今山西襄汾南）。不久，拓跋珪又在蒙坑将救助柴壁的姚兴大军击溃。姚平身陷重围，逐渐矢尽粮绝。十月里的一天深夜，姚平准备突围与列兵汾西的姚兴会合，然而两人都把希望寄托在对方身上，仅有呐喊，而无接近敌人的实际行动。突围不成，姚平投水自杀。于是，两万大军敛手就擒。对岸的秦军坐视这场败亡，力不能救，皆哀号恸哭，声震山谷。姚兴向拓跋珪求和，遭到拒绝。魏军企图乘胜拿下蒲陂，取得河东。只是由于柔然突然骚扰北方，拓跋珪才被迫撤走。柴壁一战是对姚兴的一次重大打击，从此后秦再也无力东进与北魏抗争，实际上已经失去了夺取中原的希望。

　　元兴二年（403），后秦向南方扩张领土，取得成效。当时东晋王朝内部发生变乱，荆州刺史桓玄从上游起兵，长驱攻入建康。桓玄逼迫晋安帝禅位于己，改国号为楚。桓玄之变，加剧了东晋统治集团的内部矛盾，一些不满桓玄统治的官吏北上投降后秦。他们为姚兴提供了南方社会虚弊的真实情况，加强了他南下用兵的信心。这一年，姚兴先后攻取了东晋的南乡、顺阳、新野等十二郡土地。

　　同年，后秦的军队还重创了仇池（今甘肃成县西）的割据政权，迫使仇池王杨盛送子为质，接受姚兴的封号。

　　佞佛贪利，多所失误义熙元年（405），姚兴在长安开辟逍遥园，以此处作为僧人鸠摩罗什的译经场。鸠摩罗什之父为天竺人，娶龟兹女生罗什。七岁时，罗什随母出家。青少年时期，他曾游学罽宾、月氏等国，初学小乘，并旁通婆罗门哲学；后改学大乘，精研《由论》、《十二门论》等经典，称誉西域诸国。吕光平西域，携罗什至凉州。隆安五年（401），姚兴出兵破后凉，迎罗什到长安。鸠摩罗什至长安，时年五十八岁。初住草堂寺，收纳僧徒三千人。姚兴待罗什以国师之礼，尊崇备至，常亲率群臣及僧众听他讲经。罗什在凉州十八年，因此通晓汉文。他发现汉文译经与梵文原经出入甚大，遂向姚兴建议重新译经。姚兴除为罗什开辟译经场外，还选名僧僧略、僧迁等八百余人为其助译。姚兴不但为罗什译经提供种种方便，有时还亲自参与翻译。他让罗什持梵文经本译成汉文，自己对照汉文原书，综合理义，进行考校。《广弘明集》中至今保留有姚兴同罗什等人探研经义的一些材料。经罗什之手，前后译经共有九十八部，四百二十五卷。在中国佛教史上，鸠摩罗什译经是件大事。龙树中观宗大乘学说的主要经典，由罗什最终译完；他还对小乘成实宗经典的翻译，作出了大量贡献。鸠摩罗什译经的态度比较严肃，力求译文典雅而又不失原意。从这个意义说，他的译经活动不但有利于佛教的传播，而且奠定了中国翻译文学的基础。

　　在姚兴的提倡和鼓励之下，后秦举国上下崇信佛教，一时寺院佛塔林立，仅长安一地的僧人就有五千多人，各地事佛的人达到“十室而九”的地步。姚兴倡导的佞佛之风，耗费大量物质财富，弄得储用殚竭，人民疲弊，严重影响关陇地区社会生产力的进一步发展。后秦的国力开始衰退，走上下坡路。消灭南凉、占据姑臧以后，后秦在河西地区的统治遇到一定的困难。由于这一带从来不是羌人活动的地区，姚兴为保住姑臧，每年都得投入大量的兵力。除有一支三千人的常驻军外，大将齐难统率的四万步骑主要也是戍卫这里的。兵力紧张，再加上表面接受后秦封号的北凉国主沮渠蒙逊和南凉国主秃发傉檀都觊觎着这座要塞，姚兴感到压力很大。所以到义熙二年（406），他已有意放弃姑臧。但是姚兴忽略了事情的另一方面。凉州刺史王尚到任五年，政绩突出。在远离长安，困守孤城的困难条件下，他轻身率下，躬俭节用，努力发展生产，安定人心，受到凉州各族人民的拥护。后秦政权对河西地区的统治正在日趋巩固。

　　这年六月，秃发傉檀为了讨好姚兴，特地献上三千匹战马和三万头羊只。姚兴认为在诸凉的国主中，唯有秃发傉檀最忠于自己。于是，他下令将王尚调回长安，改任秃发傉檀为凉州刺史。消息传到姑臧，许多凉州人表示反对。他们派遣凉州主簿胡威赶到长安，请求姚兴撤回成命，留住王尚。胡威埋怨姚兴因贪恋小利而舍弃一方土地。指出秃发傉檀心怀叵测，将河西五郡拱手送他，不但要给凉州百姓带来直接的损害，而且对后秦本土也潜伏着巨大的危险。姚兴意识到自己的失策，急忙派人纠正，但来不及了。秃发傉檀用在姑臧城南驻扎的三万大军，迫走了王尚。随着姑臧的丧失，后秦的势力逐渐退出河西，唯一保留下来的只是对诸凉名义上的领属关系。

　　同年，姚兴的另一重大失误是将南乡十二郡归还东晋，极大地削弱了自身的力量。

　　收容勃勃，养成大患义熙三年（407），赫连勃勃建立的大夏政权突然崛起在后秦的北方，成为姚兴无法摆脱的威胁和灾难。赫连勃勃被拓跋圭打垮后一文不名，毫无力量。自接受后秦的封号、统领旧部以来，他的羽翼才日渐丰满起来。秦魏战后，姚兴为对付北魏，改任赫连勃勃镇朔方，并以三交五部鲜卑及杂虏二万余落拨他管辖。赫连勃勃实力大增，遂决定叛秦自立。义熙二年（206），他把柔然可汗社 献给姚兴的八千匹战马劫获，并以射猎的名义袭杀了岳父没弈干，并其部众。次年六月，他自称天王、大单于，建国号为大夏。在陆续打败一些部落和割据势力之后，赫连勃勃开始骚扰姚兴。十月，他连陷后秦的北部诸戍。有的部下建议他定都高平，赫连勃勃不同意。他认为专固一城，不能发挥骑兵高速度作战的特点。他要采取是倏来忽往的突袭战术，使姚兴疲于奔命，防不胜防。赫连勃勃的作法，果然奏效。在铁弗骑兵的袭击下，后秦岭北地区的城镇整天处于紧张状态，根本无法进行正常的生活。