令速就戮耳。”（同上）众人见他执意不听，也就不再进言了。谁知后来孙恩果然又重振旗鼓，一时间声势浩大。起义军战浃口，入余姚，破上虞，进及邢浦，离山阴北只有三十五里之遥。谢琰这才慌忙派参军刘牢之攻打孙恩。不久上党太守张虔硕也战败，起义军越战越勇，琰部下不能阻挡，谢琰只好亲自出战，大败，被自己部下张猛害死。谢琰的失败意味着东晋士族已无力控制局面。从此，北府兵权尽入刘牢之、刘裕这些原来被人瞧不起的寒族出身的武将手中。显赫一时的王谢家族的势力就日渐衰落了。

　　谢琰死后，东晋又任命刘牢之都督会稽等五郡诸军事。刘牢之自己屯驻上虞，派刘裕戍守句章（今浙江慈溪境）以抗拒起义军。

　　隆安五年（401）六月，孙恩从海上复出，直奔丹徒，这时起义军已有十余万众。刘牢之命令刘裕前去阻击，刘裕日夜兼程，与起义军大战于蒜山。刘裕战胜，孙恩只好返回船上，转攻建康。孙恩因楼船高大，又是逆风行驶，速度无法加快，走了很多天才赶到白石。孙恩这时听说刘牢之已赶至京口，朝廷已严加防备，料想不易取胜，只好转奔郁洲（今连云港市之东）。八月，朝廷以刘裕为建武将军、下邳太守，率领水军赶到郁洲，双方交战，刘裕又占了上风。孙恩部众只好南还海上，刘裕却紧追不放，连战几个回合，屡屡获胜。起义军元气大伤，加上“饥馑疾疫，死者大半”，基本上再也无力与刘裕相抗了。

　　孙恩败后，其妹夫卢循又高举义旗，继续战斗。元兴二年（403）正月，卢循部徐道覆进攻东阳，以后又攻永嘉，都被刘裕打败。在永嘉交战中，卢循大帅张士道被杀。后来起义军转向晋安，刘裕仍然穷追不舍，卢循只好逃往海上。六月，刘裕被封为彭城内史，日益受到朝廷重视。

　　义熙年中，刘裕伐慕容超，一时无暇它顾。卢循的妹夫徐道覆劝卢循乘虚而出，他认为“朝廷恒以君为腹心之疾，刘公（刘裕）未有旋日，不乘此机而保一日之安，若平齐之后，刘公自率众至豫章，遣锐师过岭，虽复君之神武，必不能当也。今日之机，万不可失。既克都邑，刘裕虽还，无能为也。”（《晋书·卢循传》）卢循深以为然。

　　不久，卢循率所部由广州北向，进攻湘中诸郡；徐道覆则由始兴向南康、庐陵、豫章等郡进攻。一路进展顺利，东晋“守相皆委任奔走”。镇南将军何无忌率众拒之，结果兵败被杀。与此同时，卢循率部沿湘水北上，在长沙打败了荆州刺史刘道规，并准备进攻江陵。这时，徐道覆听说北府兵三大主力之一的刘毅（三大主力为刘裕、刘毅、何无忌）将至，便急告卢循，先放弃进攻江陵的计划，转而东下，一同进攻刘毅。

　　刘毅与徐、卢部在桑落州（江西九江市东北江中）决战，结果刘毅“败绩，以数百人步走，余众皆为贼所虏，辎重盈积，皆弃之”（《晋书·刘毅传》）。

　　起义军连挫何、刘部，一时间声势大振，史称其盛况为“戎卒十万，舳舻千计”（《晋书·卢循传》）。

　　朝廷见况大为惊恐，赶紧召回正在北伐的刘裕。刘裕“至山阳，闻何无忌败死，虑京邑失守，卷甲兼行，与数十人至淮上”（《资治通鉴》卷一一八《晋纪》）。

　　徐道覆听说刘裕急还，便劝卢循“于新亭至白石（南京市西沿江一带），焚舟而上，数道攻之。”谁知卢循这个人多谋少决，认为这不是万全之计，没有听从，失去了战机。徐道覆叹息道：“我终为卢公所误，事必无成。”后来，刘裕也心有余悸地谈起这事，认为当时起义军“若于新亭直进，其锋不可当”。卢循失去战机后，攻战不利，“船舰为暴风所倾，人有死者。列阵南岸，战又败绩”（《晋书·卢循传》）。于是又转攻京口，亦无所获。只好从蔡州南走，重又占据寻阳。刘裕穷追不放，大败卢循于雷池。卢循准备逃往豫章，故在左口（鄱阳湖口）做栅，刘裕命令全力攻栅，起义军虽奋力抵挡，也不能守住。刘裕乘胜击之，卢循只落得单舸而走，后来收散卒余勇千余人退守广州。徐道覆则败退始兴。

　　义熙七年（411）二月，卢循到达番禺。被晋军孙季高所破，收余众南走。徐道覆亦被刘裕部下刘藩、孟怀玉斩杀于始兴。不久，卢循攻广州二十余日不得下，转奔交州，为交州刺史杜慧度所败，最后绝望自杀。

　　坚持了十余年，影响甚大的孙恩、卢循起义终于被东晋统治集团扑灭了。在起义军将士的血泊之中，刘裕建功立业，获取了政治资本，为他日后步步高升，直到当上宋代的开国皇帝打下了深厚的基础。

　　平定桓玄之乱除了镇压孙恩、卢循起义外，刘裕一生中另一件大事就是协助东晋统治者平定了桓玄之乱。

　　桓玄是东晋权臣桓温之子。桓温一生跋扈，位极人臣。桓玄长大后，也“常负其才地，以雄豪自处，众咸惮之”（《晋书·桓玄传》）。因为朝廷忌恨桓家势力过大，故一直疑而未用。桓玄二十三岁时，才拜为太子洗马。太元末年，出补义兴太守。为此桓玄常有郁郁不得志之感。有一次，他登上高处感叹道：“父为九州伯，儿为五湖长。”于是弃官而去。后来在东晋统治集团的内部斗争中，桓玄逐渐崭露头角，地位日趋显赫。他都督荆、襄、雍、秦、梁、益、宁七州诸军事荆州刺史，后桓玄又上疏固争江州，于是都督八州及杨豫八郡，复领江州刺史。这以后，桓玄“树用腹心，兵马日盛”（《晋书·桓玄传》）。孙恩起义后，桓玄又想借讨伐之机，趁机扩展自己的势力，于是屡次上疏求讨孙恩。朝廷看出他有野心，“诏辄不许”。后来孙恩逼近建康，桓玄又“建牙聚众，外托勤王，实欲观衅”（《晋书·桓玄传》）。他乘机控制了长江上游大部地区，而东晋朝廷辖地却不出三吴，桓玄“断江路，商旅遂绝。于是公私匮乏，士卒唯粰橡。”（《晋书·简文三子传》）至此，桓玄开始自命不凡，“自谓三分有二，知势适所归，屡上祯祥以为己瑞”（《晋书·桓玄传》）。