建武二年（495），北魏军队在将军刘昶、王肃等人的指挥下进攻司州。

　　萧衍出为冠军将军、军主，隶属左卫将军、江州刺史王广之，为偏师，救援司州刺史萧诞。行至离萧诞固守的义阳（今河南信阳市）百里之处，众军见北魏军容强盛，畏缩不前。萧衍为了振奋军心，对诸将说：“我们应屯军于下梁城，在凿岘天险设防，据守雉脚之路，占据贤首山，以便打开通往西关之路，兵临敌人营盘，形成三方犄角之势，击败敌人是不成问题的。”王广之等未从此计。萧衍则派部将徐玄庆占据贤首山。魏军切断了通往贤首山的粮道，众将都不敢前往增援，只有萧衍请求率兵解围。王广之拨给萧衍精兵。他遂率众连夜登上贤首山。魏军攻城，他坚壁不出。当时魏将王肃指挥进攻，因攻城难下，遂一鼓而退兵，使刘昶产生怀疑。萧衍乘机捎信给刘昶，挑拨两个人之间的关系。魏军顿兵城下，士气受挫，主帅之间又不和，萧衍抓住战机，发起总攻。他下令军中：“望麾而进，听鼓而动。”他亲自扬麾，鼓声连天，威振山谷。敢死士兵，手持短兵直攻号称有十万之众的敌营；持长枪长戟的步兵，从两翼包抄，配合敢死队。一时群情振奋，锐不可当。义阳城内守军见势，开城门出击。魏军腹背受敌，军心大乱，遂溃退。这场战役，杀敌数千。破敌营后，从王肃、刘昶遗留下的巾箱中找到了北魏孝文帝的敕书。上面写道：“听说萧衍善于用兵，勿轻易与其交锋，待我至。若能俘获此人，则江南将为我所有。”

　　萧衍因功任司州刺史，在任期间，威望日高。曾有人赠送马匹，萧衍不肯接受，赠马人遂偷偷地将马栓在衍房前的柱子上。萧衍出门看到了马，写了一封措辞诚恳的信栓在马头上，叫人将马赶出城外，希望其主人认领。不料不久后，马又被人送到府下。但是，萧衍却因其威望而受到齐明帝的猜忌，将他召回京师任太子中庶子，又出镇石头城。萧衍为了解除齐明帝的疑虑，将自己的部曲遣散回家，又常乘折角小牛车以示清心寡欲。齐明帝因此十分高兴，常常称赞萧衍为人清俭，希望朝臣都仿效他。

　　建武四年（497），北魏孝文帝亲自率军南征雍州，围雍州刺史曹虎于樊城（今湖北襄樊市）。曹虎是齐武帝的腹心，齐明帝欲除而未遂，于是打算借刀杀人。齐明帝内定萧衍为雍州刺史，口授密旨，名为出兵增援，实为观望曹虎成败。萧衍与随后来援的五兵尚书崔慧景等人顿兵于邓城，不料不知内情的孝文帝率十余万骑兵前来打援。崔慧景慌忙撤兵，萧衍劝阻无效，兵遂大败。萧衍率众且战且退，又为北魏军将宇文福所破，伤亡惨重，损失二万余人。

　　萧衍虽然兵败，但不久就接替曹虎，先为辅国将军、监雍州事。永泰元年（498），又授持节、都督雍、梁、南北秦四州郑州之竟陵司州之随郡诸军事、辅国将军、雍州刺史。

　　禅代称帝齐明帝死，其子萧宝卷即位。当时扬州刺史始安王遥光、尚书令徐孝嗣、右仆射江祐、右将军萧坦之，侍中江祀、卫尉刘暄轮流值内省，分日帖敕，号称“六贵”。此外又有佞幸小人茹法珍、梅虫儿、丰勇之等八人，世称“八要”，以及中书舍人王咺之等四十多人，都擅权专政。在这种政治形势下，萧衍对其从舅录事参军张弘策说：“《诗经》说：‘一国三公，吾谁适从？’况且今天国有六贵八要，怎么可能指望稳定呢！政出多门，必生动乱。如果权贵们互相猜忌，彼此诛杀，那么雍州之地就是最好的避祸场所了。只要多施仁义，即可称雄西方。但是我的兄弟们都在京都，恐怕他们将无法避祸，要图大业，还应与我的哥哥萧懿商量。”

　　恰值萧懿卸任益州刺史，行郢州事。萧衍派张弘策前往郢，陈计于萧懿，认为应在猜防未生之时，召诸弟离京聚集于雍郢，然后以雍郢为基地，“世治则竭诚本朝，时乱则为国翦暴”，此为万全之策。萧懿拒绝了这一建议。但萧衍仍在永元元年（499），从京城接回了弟弟萧伟和萧憺。于是以襄阳为中心，积极发展军事实力，秘密制造各种器械，大量砍伐竹木，沉于檀溪，以便以后修造舰船。同时，又四处散布流言，说什么樊城是王气所在，萧衍住所上空有五色回转，状如蟠龙，为其起兵提供祥瑞。

　　不久，统治阶级内部矛盾激化。辅政大臣相继被诛，各种政治势力相互火并，萧齐皇朝面临着严重的统治危机，出现了权力真空状态。永元二年（500）十月，东昏侯萧宝卷又诛杀萧衍的哥哥尚书令萧懿，又遣巴西、梓橦二郡太守刘山阳西上，名为之郡，实欲攻袭萧衍。萧衍立即密召长史王茂、中兵吕僧珍、别驾柳庆远、攻曹史吉士瞻等人商量起兵大事。既定，在十一月遂召集全体僚佐，宣布起兵的决定，对大家说：“现在昏君当朝，穷凶极恶，诛杀朝贤，黎民涂炭。上天命我讨伐之。望你们疾恶如仇，与我共同举义。成事之日，将以功勋分别任命公卿将相，我决不食言。”于是建牙，招集甲士万余人，马千余匹，船三千艘，又尽出檀溪竹木安装舰船。

　　但是萧衍还不具备立即顺江东征的条件。当时，南康王萧宝融为荆州刺史；西中郎长史萧颖胄为行府州事，握有实权。荆州军事地位重要，又位于雍州和扬州之间，故其归属与否对萧衍和萧宝卷来说都是至关重要的。萧宝卷派遣刘山阳西上，目的也是联合萧颖胄共同进攻萧衍。萧颖胄虽对朝廷滥杀大臣颇感不安，但尚无起兵反抗的打算。而萧衍则认为：“荆州人向来害怕剽悍的襄阳人，加上荆雍二州可谓唇亡齿寒，荆州必将归附于我。若以雍荆二州之兵取建康，易如反掌。”于是他派与萧颖胄有亲戚关系的参军王天虎去江陵，捎给颖胄及其僚属每人一封信，诈称刘山阳打算袭击雍荆二州。萧颖胄对此半信半疑，一时下不了决心。等到刘山阳到达巴陵（今湖南岳阳市），萧衍再次派王天虎赴江陵。天虎走后，萧衍对张弘策说：“用兵之道，攻心为上。这次派天虎去江陵，我只捎二封信给萧颖胄和萧颖达兄弟，信上又说‘天虎口述’，而未给别人书函。我略施小计，并未对天虎面授机宜。等到颖胄兄弟询问天虎，天虎将无言以对。但天虎是萧颖胄的亲戚，所以荆州府的僚佐必然因此认为萧颖胄与王天虎合谋，共同向他们隐瞒真情，遂产生怀疑。消息传到刘山阳那儿，他将对萧颖胄存有戒心。这样，萧颖胄进退两难，则不得不归附于我，这是用两封空函安定一州。”