萧衍还注重整肃吏治，每当选择长吏，都尽量做到廉平；凡被擢举者，亦亲自召见，训以政道。他擢尚书殿中郎到溉为建安内史，左户侍郎刘鬷为晋安太守，二人皆以廉洁著称。又著令：“小县县令有才能者升迁大县县令，大县县令有才能者升迁二千石。”并付诸实施，以山阴令丘仲孚为长沙内史，武康令何远为宣城太守，对于吏治清明起到了促进作用。

　　萧衍即位后，为了使各州郡置于自己的控制之下，采取了更换异己，任用亲信，兼以讨伐的方针。他以弟憺代萧颖胄为荆州刺史。又以邓元起代刘季连为益州刺史，以王茂代陈伯之为江州刺史。刘季连、陈伯之并不受命，举兵反抗，皆被讨平。梁武帝为了表示自己的宽宏大量，不仅曲赦江、益二州，而且对叛乱头目亦加宽恕。刘季连被俘送往京城，入东掖门，数步一跪拜，来到梁武帝面前。梁武帝笑着说：“你想要仿效刘备割据益州，又没有公孙述不肯降汉的骨气，是不是因没有像孔明那样的谋臣才失败啊！”于是赦刘季连为庶人。陈伯之兵败后降魏，武帝不记前嫌，数年后招降，任命他为通直散骑常侍。

　　东晋时期，门阀世族专政，虽立国百年而皇权衰落；宋齐以来，皇权虽有加强，但由于诸王、门阀世族、武将寒人等几种政治势力之间的错综复杂的矛盾，政局动荡，国运短暂。为了调和这一矛盾，使封建皇权在各种政治势力的平衡状态下得以长期稳定地行使最高权力，梁武帝绞尽脑汁，尽可能地在不危及皇权的前提下最大限度地满足各种政治势力的政治经济要求。对宗室诸王，他尽量予以实权，或出任方面，或位居台辅。他取消了宋齐以来为防范诸王的典签制，使出镇方面的诸王成为地方政权的实际分掌者。诸王中虽有勤于政务者，如梁武帝的弟弟萧憺在任荆州刺史时，厉精图治，广屯田，省力役，抚恤阵亡将士家属，供给贫困民屯，使荆州长期维持稳定局面，但也不乏奢侈纵欲，贪赃枉法者。对这些人，只要他们无反叛之心，梁武帝都予以纵容，充其量训以家教，以避免骨肉相残的局面出现。他的六弟临川王萧宏是个巧取豪夺的老手，住宅内有库房百余间。有人揭发他打算谋反。梁武帝亲临萧宏住宅，逐屋查看。库房内藏钺三亿，布绢丝棉不计其数。萧宏以为大祸临头，惶恐不安。不料梁武帝因未发现兵器，十分高兴，对萧宏说：“阿六，你很富有呵！”从此对萧宏更加信任。

　　对门阀世族，梁武帝改变了宋齐二朝对其压抑的作法，尽可能地恢复他们尊崇的地位。下诏命令“凡诸郡国旧族邦内无在朝位者，选官搜括，使郡有一人”。特意置州望、郡宗、乡豪各一人，共计州望二十三人，郡宗三百五十人，乡豪数千人（当时有县一千二十二，乡数不详），安置士人，并让他们负责推荐东晋以来湮灭不显的旧族，使他们有参加政权的机会。在当时，东晋初的百家士族重新得到重视。梁武帝以熟悉《百家谱》的东海徐勉为吏部尚书。徐勉在写给朝臣的文告中，都要避其家讳，以示对百家士族的尊重。萧衍对于宋齐以来“冒袭良家，即成冠族；妄修边幅，便为雅士”的现象深恶痛绝，他命令吏部依据东晋之制，设立选簿，使选举“应在贯鱼，自有铨次”，避免“谱牒讹误，诈伪多绪”之弊，以维护门阀世族的政治利益。尽管如此，萧衍也并不是无条件地赋予百家士族以政治实权。一般说，凡是萧衍的亲故或有功劳的百家士族均可获得礼遇优厚的高官，但他们能否有实权，则决定于其才能和操行。如对尚书省长官的人选即是如此。大族名士谢胐与萧衍关系密切，但生性不堪繁琐，不省职事，萧衍遂以其为侍中、司徒、尚书令，徒有尚书省长官之名，而实权则在同是大族名士却效忠萧衍、熟悉政务的尚书右仆射、侍中范云，以及尚书左丞徐勉手中。范云死后，众人都认为尚书左仆射、大族名士沈约当接替范云，典掌枢要。沈约与萧衍曾同为“八友”，萧衍禅代之际又立有功劳，但萧衍认为沈约为人轻浮，不如尚书左丞徐勉那样稳重忠厚，于是舍沈约不用而以徐勉典掌枢要，与右卫将军大族名士周舍同参国政，使其掌管国史、诏诰、仪礼、法律、军旅大权。徐勉和周舍事君谨慎，决无疏漏。二人曾与别人不住嘴地聊了一整天，但机要之事竟一无所露，众人都非常钦佩。

　　可是，门阀世族在政治上的腐朽却使得在他们中间像徐勉一类的人如同凤毛麟角。梁武帝为了自身统治的需要，注意在实际政务中发挥寒人的作用。他提出“设官分职，惟才是务”的原则，认为对才华超众的人不以其“居皂隶而见抑”，对生性凶险的人则应“虽处鼎族而宜甄。”天监四年（505），萧衍下诏设立招收寒门子弟的五馆，每馆有生员数百人，由国家供给食宿。只要生员能通一经，策实后即可叙录，“虽复牛监羊肆，寒品后门，并随才试吏，勿有遗隔”。此外，萧衍对“甲族以二十登仕，后门以过立试吏”的选官年令限制也给予一定程度的放宽，下诏规定对寒门中有卓越才能者，选官勿限年次。这些措施为寒门阶层进一步打开了通往中下层官吏的仕途，适应了寒门势力日益崛起的形势。

　　萧衍是军人出身，靠武力取得天下，所以他对那些拥戴自己的武将功臣优宠备至。武将多是寒门出身。萧衍通过委以高官，封赐显爵的方式，使他们成为新的权贵，时“草泽底下，悉化为贵人”（《粱书·陈伯之传》）。如吕僧珍，起自寒贱，于禅代之际立有殊勋，遂封侯，官至领军将军、散骑常侍，萧衍任其为心膂，“恩遇隆密，莫与为比”。其余如张弘策、曹景宗、陈庆之等人，亦因萧衍称帝而骤富暴贵，或享受甲族权益，或任总方面，或权倾朝野。梁武帝萧衍也尽可能地满足这些人的政治、经济要求，使之成为自己可靠的支柱。