王敦的所作所为，加深了元帝对王导的疑忌。御史中丞周嵩劝谏说：“王导一向尽忠竭力，辅佐陛下，以成大业，不要听信个别人的话被一些似是而非的说法所迷惑。疏远有旧德的人，使贤佞同列，既有损于陛下以往对王导的大恩，弄得不好还会给将来招来祸患。”元帝醒悟过来，逐渐消除了对王导的疑忌。

　　平定王敦之乱永昌元年（322）一月，王敦以诛刘隗为名起兵武昌。元帝急调戴渊、刘隗回师保卫建康。刘隗、刁协趁机劝元帝杀尽王氏，元帝不同意。司空王导得知王敦起兵，慌忙率领堂弟中领军王邃、左卫将军王廙、侍中王侃、王彬及宗族子侄二十余人，每天清晨入朝待罪。因周f 的申救，元帝使人送还王导朝服，并召见了他。王导慨叹地说：“逆臣贼予，哪朝没有。想不到今日出在我们王家！”元帝拉着王导的手，说：“茂弘，我正要让你代为执掌政令，你这是什么话！”当即命王导为前锋大都督。并传下诏令：“王导以大义灭亲，可把我作安东将军时的节拿来给他。”元帝把节交给王导，意味着对他的信赖，但王导未能阻止王敦沿江直下。王敦攻破建康城，杀刁协、戴渊及尚书左仆射周f 。刘隗逃奔后赵。王敦早有政治野心，当长安失陷，南北士族纷纷向司马睿劝进之际，就想独揽朝政，但又担心司马睿年长而不好摆布，曾想另立一个皇帝，王导没有听从。及攻破建康，王敦责备说：“不听我的话，几乎灭族。”王导仍然不理睬，王敦没办法。敦既得志，拥兵不朝，生杀在手，“四方贡献多入己府，将相岳牧悉出其门”。①元帝又急又气，不久忧愤而死。

　　明帝即位，王导受遗诏辅政。王敦为了实现篡权野心，把军镇移到离建康不远的姑孰，屯兵于湖，自领扬州牧，日夜与钱凤策划、密谋再次起兵。王导得到消息，立即报告明帝预作准备。正在这时，王敦突然患了重病，王导闻讯，即率兄弟子侄为王敦发丧。众人以为王敦已死，个个精神振奋，斗① 《晋书》卷九八《王敦传》。

　　志倍增。王敦病势越来越重，但仍不死心，遂于太宁二年（324）六月，以兄王含为元帅，命钱凤等人率水陆五万直扑京师，二次举兵作乱。叛军进抵江宁南岸，王导致书王含，信中写道：近承大将军困笃绵绵，或云已有不讳，悲怛之情，不能自胜。寻知钱凤大严，欲肆奸逆，朝士忿愤，莫不扼腕。..兄之此举，谓可得如大将军昔年之事乎？昔年佞臣乱朝，人怀不宁，如导之徒，心思外济。大将军来屯于湖，渐失人心，君子危怖，百姓劳弊。..先帝中兴，遗爱在人。圣主聪明，德洽朝野，思与贤哲弘济艰难。不北面而执臣节，乃私相树建，肆行威福，凡在人臣，谁不愤叹！

　　导门户小大受国厚恩，兄弟显宠，可谓隆矣。导虽不武，情在宁国。今日之事，明目张胆为六军之首，宁忠臣而死，不无赖而生矣。但恨大将军桓文之勋不遂，而兄一旦为逆节之臣，负先人平素之志，既没之日，何颜见诸父于黄泉，谒先帝于地下邪？故省来告，为兄羞之，且悲且惭。愿速建大计，惟取钱凤一人，使天下获安，家国有福，故是竹素之事，岂惟免祸而已。

　　夫福如反手，用之即是。导所统六军，石头万五千人，宫内后苑二万人，护军屯金城六千人，刘遐已至，征北昨已济江万五千人。以天子之威，文武毕力，岂可当乎？事犹可迫，兄早思之。大兵已奋，导以为灼炟也。①王含接书，并不作答。

　　明帝亲率六军迎战，斩钱凤、沈充，败王含，王敦病死，叛乱很快被平息。朝廷论功行赏，封王导始兴郡公，食邑三千户，赐绢九千匹，进位太保。又加以剑履上殿，入朝不趋，赞拜不名的特殊礼遇，王导推辞不接受。

　　为政清静不久，明帝病重，诏令太宰司马羕、司徒王导、尚书令卞壶、车骑将军郗鉴、护军将军庾亮、领军将军陆晔及丹阳尹温峤入宫，共同辅佐太子，轮流带兵宿卫宫殿。明帝还特意把皇舅庾亮请到御座上，并提升他为中书令。中书令典掌机要，实权在握。王导见状，心中不是滋味。

　　几天后，明帝病逝，太子司马衍五岁即位，是为成帝。即位大典那天，庾太后临朝，群臣奉进御玺，司徒王导却请病假不参加。卞壶当众声色俱厉地说：“王公难道不是国家大臣吗？大行皇帝尚未出殡，嗣皇帝还没有即位，这是臣子请病假的时候吗？”王导得知，只好带病坐车匆匆赶来。

　　成帝年幼即位，庾太后临朝称制，虽然大小事情还要请教一下丞相王导，但国家大事都由庾亮一手决定。从此，王导常常请病假不上朝。有一次，王导私下去送郗鉴，卞壶得知，上奏朝廷说：“王导败坏国家法令以徇私情，请免除官爵。”事情虽没有那样做，但却举朝震动。

　　王导辅政，以清静为宗旨，“不存小察，弘以大纲”①，优容世家大族。东晋初，法禁宽弛，江东豪强大多藏匿户口作为私家佃客，不向国家纳税服役。山遐为余姚县令，实行严刑峻法，上任八十天就查出私藏人口一万多；大豪强虞喜藏匿的人户最多，按律应当处死，山遐欲绳之以法。这下可捅了马蜂窝，县中豪强恨得咬牙切齿，一齐向王导告状，诉说虞喜有高风亮节，① 《晋书》卷九八《王敦传》。

　　① 《晋书》卷七九《谢安传》。

　　不该受此屈辱，还诬告山遐私造县舍等种种罪名。结果豪强诉胜，山遐被撤职。离职前，山遐写信给顶头上司会稽内史何充，请求留任百日，待彻底查清逃户后，再受朝廷责罚，自己将死而无恨。何充替山遐申辩，也受到连坐免官的处分。建康城内的豪强也很猖獗，有一次，石头城官仓有一百万斛稻米被盗，窃贼都是豪强出身的将领，当局不敢清查，却把看守仓库的主管官吏活活打死便算交差了事。事隔不久，王导派遣八部从事巡视扬州境内各郡县，从事们回京后都来见王导，纷纷汇报郡县长官的得失，唯独顾和一言不发。王导问：“你听到什么了？”顾和回答说：“明公辅政，宁使网漏吞舟，何必听信传闻苛察那些小事。”王导大加赞赏，诸从事面面相觑，若有所失。正因为如此，王导赢得了世家大族的普遍好感。但自庾亮掌权后，一改昔日宽政，实行法治，打击豪强，削弱地方势力，加强中央集权，引起了社会上层的严重不满，统治集国的内部矛盾又重新激化起来。