苏峻之乱中的表现咸和二年（327）十月，庾亮不顾臣僚劝阻，强行征召历阳内史苏峻到中央任大司农，借以削夺其兵权，消除朝廷隐患。苏峻不从，遂联合豫州刺史祖约共同起兵讨伐庾亮，一场新的动乱爆发了。苏峻兵强马壮，武器精良，在祖约的配合下，很快挥兵至建康城下，官军连连败绩。庾亮丢盔弃甲，撇下当皇太后的妹妹和外甥小皇帝，匆忙带着三个弟弟狼狈出逃寻阳投奔温峤。次年二月，建康失守，百官奔散，殿省萧然，留下护卫小皇帝的只有王导、陆晔等少数几个大臣。苏峻勒兵入宫，王导抱着小皇帝坐在御座上，侍中褚翜、钟雅及右卫将军刘超等侍立左右，显得正气凛然，叛军不敢上殿。苏峻自封骠骑将军、录尚书事，专断朝政，滥署百官，殴打大臣，裸剥士女，为所欲为，以王导德高望重，仍然让他官居原职而排在自己前面。叛将路永、匡术劝杀尽王导等大臣，苏峻敬重王导，没有同意。苏峻又逼迫成帝迁居石头城，软禁在一间仓屋里，还天天跑来高声叫骂，骂尽各种丑话。王导开始害怕起来，担心大祸临头，这时也顾不得小皇帝了，匆忙带着两个儿子逃到了城外的白石。直到叛乱平息，王导才回到石头城，并让手下人把元帝给他的节拿来，陶侃揶揄地说：“苏武节似乎不是这个样子！”王导羞愧满面，无地自容，慌忙令人把节收起。

　　苏峻之乱历时一年零四个月，给建康城带来极大的破坏；士民逃散，百业停废、宗庙宫室化为灰尘。面对凋敝残破的景象，不少人建议另迁新都，温峤提出迁都豫章，三吴豪强请求迁都会稽，众说纷纭，莫知所从。王导力排众议，坚持说：“建康，古之金陵，帝王故里，孙仲谋、刘玄德都说‘建康王者之宅’。古代帝王不因丰俭而迁都，如能以农业为根本，节省用度，何必担心凋敝！倘若不重视农业，即便乐土也会变成废墟。而且北寇常常骚扰，钻我们的空子，一旦示之以弱，逃窜到蛮越之地，敌人就会趁虚而入，迁都恐怕不是好办法。现今应特别强调镇之以静，众人的情绪自然就安定了。”大家见他说得在理，就不再提迁都之事了。

　　随着形势的渐趋稳定，朝廷内部又出现新的政治格局：陶侃因平叛立有大功而被擢升为侍中、太尉，封长沙郡公，加都督交、广、宁州诸军事，权位显著上升。温峤因功而拜骠骑将军、开府仪同三司，加散骑常侍，封始兴郡公。郗鉴拜为侍中、司空、南昌县公。庾亮自感失职，请求出居外镇，带罪立功，朝廷批准他出为都督豫州、扬州之江西、宣城诸军事，豫州刺史，领宣城内史，镇羌湖。王导平叛无功，不升不降，但因他是元帝亲任旧臣、三朝元老，陶侃、温峤、郗鉴又都领兵在外，故被推举留京辅佐成帝，重新执掌朝政。

　　王导二次上台，继续推行宽政，“务存大纲，不拘细目。”①湘州刺史卞敦在苏峻之乱中作壁上观，既不出兵勤王，又不供给军粮，朝廷颠复，坐观成败，按律应当革职治罪。王导以“丧乱之后，宜加宽宥”为由，调卞敦为安南将军、广州刺史；卞敦装病不肯去，又调任光禄大夫、负责少府。后将军郭默假传圣旨，擅杀江州刺史刘胤，王导害怕郭默不好制伏，反而宣布大赦天下，下令把刘胤的首级割下来挂在朱雀桥上示众，并任命郭默为西中郎将、江州刺史。陶侃闻知大怒，致书王导说：“郭默杀方州，即用为方州；害宰相，便为宰相乎？”即日上表朝廷，请求发兵讨伐。王导答书说：“默居上游之势，加有船舰成资，故苞含隐忍，使其有地。一月谮严，足下军到，是以得风发相赴，岂非遵养时晦以定大事者邪！”①陶侃看完信后冷笑说：“这是遵养时贼啊！”王导自知措置失宜，只好令人收起刘胤首级，命庾亮协助陶侃进讨，斩郭默于寻阳。王导所任将领赵胤、贾宁等人，又个个都不奉公守法。凡此种种，使大臣们担心起来，陶侃甚至想起兵废黜王导，因郗鉴反对而未能实现。

　　晚年这时，成帝已长到十几岁了，但每次见到王导都要下拜，给王导的手诏则称“惶恐宫”，中书作诏则称“敬问”。每次去王导府上，都要拜王导的妻子曹氏，如同王家的儿孙一样。王导晚年患有手足麻木症，行动不方便，有时不能上朝，成帝就率领群臣来到王导府上宴饮，尽欢而散，然后命人用车把他接进宫去。侍中孔坦看不下去，秘密上表成帝，认为皇帝不宜向臣下跪拜。王导闻知，气愤愤地说：“我王茂弘老朽了，如象卞望之（卞壶）那样高峻，刁玄亮（刁协）那样刚悍，戴若思（戴渊）那样锋芒毕露，孔坦敢这样吗！”孔坦又劝成帝应该依托朝臣，不要把政事交给王导一人。王导听到后很讨厌，下令撤销孔坦的侍中，从皇帝身边赶开，调到外朝担任廷尉。孔坦郁郁不得志，以病辞职。

　　庾亮对王导的所作所为早就耿耿于怀。咸和九年（334）六月，陶侃病逝，庾亮接任，都督江、荆、豫、益、梁、雍六州诸军事，领江、荆、豫三州刺史，进号征西将军，假节，驻兵重镇，兵权在握，于是他再也按捺不住心头怒火，又欲起兵废黜王导。他写信给郗鉴，指斥王导“彼罪虽重”，“曾无悛改”；年岁大了，而“不稽首归政，甫居师傅之尊”；“挟震主之威以临制百官，百官莫之敢忤”；成帝乃“万乘之君”，但却“有位无人”①。希望郗鉴支持起兵，结果遭到拒绝，事情不了了之。不久，庾亮的部下、陶侃的儿子陶称把这件事秘密报告王导，有人劝他多加提防，王导故作镇静，漫不经心地说：“我与庾元规休戚与共，有头脑的人不该再传这种无稽之谈。即① 《晋书》卷七三《庾亮传》。