在经济上，朱元璋初期采用抄掠地主财物、强令百姓岁纳寨粮的政策。

　　后期为长久计，他放弃抄掠、强纳寨粮的办法，采用承认农民夺田或占田，鼓励开荒为己业，“给民户田”（刘辰《国初事迹》），收取田租的政策；同时，大力开展军屯、民屯，在应天近郊、江阴、衢州等地屯田，收效十分明显。在赋税方面采取轻徭薄赋，至正二十四年（1364）称吴王时，“赋税十取一，役法计田出夫”（《明史·食货志二》）；商税也低，由十五取一，降至三十取一；盐税从十取二，降至二十取一。为发展贸易，至正二十一年（1361）于应天府设宝源局，铸大中通宝钱流通。

　　朱元璋的统一战争是从至正二十三年（1363）开始的。屡败于朱元璋的① 黄伯生：《诚意伯刘公行状》，《诚意伯文集》卷首。

　　① 《国初群雄事略》卷一《宋小明王》引俞本《皇明纪事录》。

　　陈友谅并不甘心于自己的失败，这年四月，陈友谅特制数百艘大舰，“舰高数丈，外饰丹漆，上下三级，级置走马棚，下设板房为蔽，置舫数十其中，上下人不闻相语，舫箱皆裹以铁”。他选择了朱元璋率军北上救援小明王尚未回师之机，兵号称60 万，“载其家属百官，空国而来”（《明太祖实录》卷十二）。陈友谅军首攻洪都（今江西南昌）。洪都城原先紧靠赣江，朱元璋考虑在先，已将城墙改建为离江岸30 步。友谅军来攻，大舰无法靠近城墙，只得登岸围城。洪都守将是朱元璋的侄子朱文正，他率军死守85 天，为朱元璋准备水军迎战陈友谅于鄱阳湖赢得了时间。七月，朱元璋亲率20万大军来援，陈友谅退至鄱阳湖。

　　鄱阳湖之战是中国古代军事史上规模空前的一次水军大会战。陈友谅人众、舰大，朱元璋人少、舰小，双方差距悬殊。但朱元璋深知他的部队士气高涨，上下一心；而陈友谅弑主篡权，“唯知巨舰，未知军心哐怯”（《明太祖实录》卷十二）。朱元璋看准了陈友谅的弱点，一开始就采用火攻。七月二十一日，双方激战于鄱阳湖，开始朱元璋军无法靠近巨舰，朱元璋也险遭不测。后来他采用火攻，利用风势发火枪，焚毁陈友谅战舰20 余艘。二十二日，朱元璋组织敢死勇士，驾驶满载火药等易燃物的小舟，冲向敌阵，乘风纵火，焚其舰船数百。友谅弟友仁、友贵及平章陈普略等许多重要将领被焚死。“烟焰涨天，湖水尽赤，死者大半”（《明太祖实录》卷十二）。据统计，是日陈友谅将士被焚溺致死者达6 万人，朱元璋军溺死者7000 余人。经二十三、二十四两天激战，陈友谅不得不退入草鞋山。八月，陈友谅“粮绝势困”，“进退失据”，准备逃奔武昌。二十七日，在向湖口突围时中矢死。张定边等乘夜用小舟载其尸及子陈理逃回武昌，陈理继位。

　　至正二十四年（1364）二月，朱元璋率水陆大军征武昌，陈理降，大汉割据政权灭亡。

　　朱元璋的下一个目标是平江张士诚。灭张战争经过三个阶段：第一阶段占领苏北、淮河流域诸城镇；第二阶段占领江南地区诸城镇；第三阶段围攻平江。即所谓“先取通泰诸郡县，翦其羽翼，后转取浙西”①的战略部署。至正二十五年（1365）十月，朱元璋发布文告，指责张士诚“假元之令，叛服不常..启衅多端，袭我安丰，寇我诸全，连兵构祸，罪不可逭”（《明太祖实录》卷十五）。令徐达、常遇春等于次年四月前全部攻占士诚在苏北和淮河流域的地盘。

　　至正二十六年（1366）五月，朱元璋发布著名的《平周檄》。这篇檄文虽仍用“皇帝圣旨”和“龙凤”年号，却完全站在地主阶级立场上，污蔑红巾军“根蟠汝、颍，蔓延河、洛。妖言既行，凶谋遂逞，焚荡城郭，杀戮士夫，荼毒生灵，无端万状”（祝允明《野记》）。又罗列张士诚八大罪状，但口气也是站在地主阶级立场上的。这年八月，朱元璋命徐达、常遇春率师① 《国初群雄事略》卷四《汉陈友谅》。

　　20 万攻张士诚。至十一月，朱元璋军已占领湖州、杭州、绍兴、嘉兴等地，形成对平江的包围。士诚的重要将领吕珍、李伯升、张天琪、潘元明等纷纷投降朱元璋。十一月，朱元璋用叶兑“锁城法”攻平江，分兵把守平江各门、各方，四周筑长围困之，又架木塔（名曰敌楼）三层，监视城中动静，每层施弓弩火铳，又用襄阳炮日夜攻击。张士诚死命坚守。二十七年六月，张士信在闾门督战时挟妓寻欢，被炮火击中身亡。九月，城破，周仁（隆平府太守）、潘元绍（士诚婿）等降，张士诚率军巷战，最后自经未遂，俘送应天，自缢死。张士诚割据政权被消灭。

　　朱元璋军在攻克平江、灭张士诚后，即遣军分两路进攻方国珍。方国珍于至正八年（1348）与其兄国璋、弟国瑛、国珉起兵反元，不久受元招安。十一年，红巾军起义爆发后，又反。其后据有庆元（今浙江宁波）、温、台等地，屡受元朝封官，官至江浙行省参政。至正十八年（1358）底，朱元璋克婺州（今浙江金华），招降方国珍，朱元璋授其为福建行省平章。但方国珍又同时接受元江浙行省平章职，后又升为丞相，封衢国公。至正二十七年（1367），方国珍北通元将扩廓帖木儿、南交福建陈友定，以对抗朱元璋。九月，朱元璋将朱亮祖、汤和、廖永忠来攻，方国珍日夜运珍宝，准备下海逃跑。元璋军连克台、温、余姚、上虞、庆元，方国珍逃入海中。十一月，方国珍被迫投降。