上述航道迂回曲折、水陆转运，诸多不便。南宋灭亡后，寻求南北径直、便捷的漕路提上了日程，至元十二年，考察江淮至大都河道状况的郭守敬认为，“宋、金以来汶、泗相通河道，可以通漕”①，于是，在试行多渠道运① 邓肃：《辞免除左正言第十六札子》，《栟榈先生文集》卷十二。

　　② 楼钥：《北行日录》卷下，《攻媿集》卷十一。

　　① 《元史》卷六四《河渠志》一。本篇所叙内容凡未另注出处者，多见于下面两种材料：（一）《元史》输的同时，元廷逐步于山东西部大力兴举了开挖新漕渠、划直南北大运河的工程。

　　山东西部的运河分两段进行。第一是开挖济州河。开挖济州河的最初动因，可能是为了受纳“济宁等处田土子粒”，以供皇家充作“酒材”之用。从事这项专业生产的屯田，直属于宣徽院“尚珍署”，因此，工程的主持者为知尚膳院（宣徽院前身）事、宁夏人来阿八赤。这时的开凿，由于工程尚未完全与旨在沟通南北漕运的整体需要相联系，所以工程规模可能不大。至元十八年年底，元廷又派奥鲁赤、刘都水及“精算数者”一人，在原有基础上重新规划开凿，二十年初步完工。济州河引汶水、泗水，从济州（今山东济宁市）西北到须城安山（今山东东平西南），全长一百五十多里，当时亦称“东平府南奥鲁赤新修河道”②，这样，漕路由淮河入泗水（今中运河），经济州河北达安山，出大清河（今黄河下游）经东阿（在今山东东阿南）、利津入海，漕船再循海岸北上入直沽（今天津市大沽口）转赴大都。但由于利津一带淤沙壅塞，船只出海甚为困难，只好改从东阿上岸，陆运到临清（在今山东临清南）后，再搬粮下御河。至此，除东阿和临清间一二百里的旱路外，元代南北航运已大致沟通。

　　至元二十六年，元廷采用寿张县（今山东梁山西北）县尹韩仲晖等人的建议，派李处巽主持开挖接通济州河的运河，工程从安山西南起，分梁山泺（即梁山泊，在今山东梁山、郓城等县间）的水源北流，经寿张西北到东昌（今山东聊城），又西北达临清入御河。工程全长二百五十里，历时六个月完成，定名“会通”。至此，南北航道全线沟通。黄河“夺淮入海”后，北面的御河故道水势久已减弱，会通河开通后，黄河的部分水流由此进入御河，北流入海，御河因此有“北黄河”之称。

　　运河北段的工程主要在京津地区进行。郭守敬于中统二年（1261）上达的水利条陈中，曾提议引水通入金代中都（元大都），东至通州旧漕河，再南向开河至杨村（在今河北武清县），但通州至大都五十里之间，水源匮乏，仍难免陆路转运之劳，因此，至元二十八年郭守敬又提议疏导昌平县白浮村神山泉，过双塔、榆河，再引一亩、玉泉诸水（在今北京昌平县境）至大都和义门（今西直门）入城，汇为积水潭（亦名海子，今什刹海），积水再东南出文明门（今崇文门）至通州高丽庄入白河。全长一百六十四里，隔年河成，赐名“通惠”，这样，漕船北上可一直开进大都城区，往南可与白河至大沽河之间的通州运粮河接通。

　　元代划直大运河的工程在山东西部进行，与此同时，东部也开成胶莱河。该工程至元十七年提出动议，次年作具体规划，以“益都、建莱、宁海”卷六四至六六《河渠志》一至三；（二）《经世大典·海运篇》，见于《永乐大典》卷一五九四九、一五九五○（含卷一五九五○中的《苏州志》）。

　　② 《元史》卷六五《河渠志》二《济州河》条混载有胶莱河的内容，今据诸籍订正。三州一年的赋税“入折佣直”，至元二十年初步开成，次年十二月第二次大规模疏凿，其主体工程可能名“神山河”或“神山桥渠”①。工程南端首起胶西县东陈村海口，由此往东南凿引河通入胶州湾（入海口可能即明代麻湾海口），再由陈村海口趋西北，先后达薛岛西十里的马家壕、高密县东北五十里的亭口河与胶河汇合，再经平度州（治今山东平度县）西北七十余里入昌邑县界，北端入海口在莱州西北七十里。元于此设朱王海口仓。工程总长三百余里②。

　　胶莱河凿成后，曾一度形成一道自成系统的官方漕运路线：南面的起运点是今江苏苏北涟海平原的满浦仓（仓址在今淮安市北面、淮河南岸），往东循“夺淮入海”的黄河河道，“易闸者七”，进入涟海海口，再傍海北上行进，通过胶莱河，继续傍渤海海岸“篙行”，进入天津直沽。

　　运河的整治与分水点的选择以上是大运河的主体工程，此外，运河贯通后，还针对各段出现的问题进行了一系列整治或辅助性工程，较重要的有，至元三十年，为解决通州运粮河供水不足，在榆河（运粮河的主要水源之一）上源另开小渠，增大流量。至正年间还在通州南高丽庄至西山石峡铁板之间开挖一新河，全长一百二十余里，深五丈，宽十五丈，使西山古金口水东流至高丽庄接通御河。不过，金口水上源桑干河水质浑浊，流湍势急，沙泥易于壅塞河道，不甚便于船只通行。扬州运河入元后废旧，不甚通畅，延祐四年议定疏浚河身达二千三百余里。江南运河也年久失于修浚，元代重点施行了开挖镇江运河、同时疏治练湖的工程。一百三十一里长的镇江运河（在今江苏镇江市向南至丹阳市吕城坝之间的河段）“全籍练湖之水为上流”，至元、大德年间曾对运河与练湖进行过整修，但成效有限。泰定元年（1324）正月十七日，运河分三段作坝挡水施工，三月四日完工，河面开阔至五丈，底阔三丈，深四尺，加上原有二尺水深，可积水六尺。随后又修补练湖漏缺，将堤面增阔至一点二丈，斜高增至二点五丈。同时增置“湖兵”，按需启闭斗门，向运河提供水源①。元代大运河是有名的“闸河”，据粗略统计，通惠河设闸十八处，金水河四处，会通河三十一处，为节制诸水会于济州，汶、泗河段上也置有河闸六处。通惠河上源设有“看闸提领”，可见也置有河闸。此外，宋代于楚扬① 《元史》卷六五《河渠志》二，卷十二《世祖纪》九。