第三次航路。至元三十年开辟，从刘家港出发，过黄连沙转西，东北取道成山，“亦为不便”，故“继为千户殷明略踏开生路”。这条新航道是：从刘家港出发至崇明三沙，东行入黑水大洋至成山，以下大致与至元二十九年新航路同。航船至崇明三沙后即避开万里长滩直入黑水洋，取远海航行，顺风十日即可驶达。此后海运均取这条航道。

　　除上述主航道之外，在福建至浙江、山东半岛或天津直沽至辽东、高丽之间还有一些海上支线①，起运港口另有白茆港（在今江苏常熟市东北九十里）、庆元烈港（今浙江宁波市沥港）和福建长乐港（在今福建长乐县东）。元代海运江南粮，分春、夏二运。新航道开辟前，一般是正月集粮，二月起航，四月达直沽，五月返航运夏粮，八月返港。改道后，航期缩短，一般是三月起运。

　　在长达万里的运输线上，水文地理比较复杂，气候变幻莫测，困难险阻不言而喻。为求得安全，元人特别寄幻想于海神（天妃），但最实际的，还是“高价召募惯熟梢工，使司其事”。船工或“凭针路定向行船”，或“夜对紫微星直上”。这些“惯熟梢工”和水手在几十年的航海实践中积累了一些宝贵的经验，这些经验归纳起来有以下几个方面：一是“仰观天象，以卜明晦”，即利用风雨雷电和日象对海洋气象和潮汐规律进行预测预报，并编成口诀，供船员记诵，内容有“潮汐”、“风信”、“观象”等目，“虽是俗说，屡验皆应”。二是对中国东部海域水文地理进行了较详尽的勘察记录。其中如对避风港的选择、“点篙”以测沙礁的技术等等，充分显示了水手们的聪明才智。三是确立港口导航制。至大四年（1311）十二月，常熟州船户苏显与“老旧运粮千户”殷忠显、黄忠翊等鉴于刘家港北沙浅水暗，提出导航方案：由苏显备私船两只作为号船，“抛泊西暗沙嘴两处，树立旗缨，指领粮船出浅”，并画榜晓示，要求粮船于号船两边绕过，观旗缨决定行止。江阴州夏港、陈沟等处也有浅沙暗礁，延祐元年（1314）七月，由江阴船户袁源、汤玙如上法指挥，为船只的进出提供了方便。

　　海运的管理元代海运管理机构的建置相当完备，它分为接运与海运两个系统（接运系统详下节）。海运机构建立的情况较为复杂，它经历了设置、改善与确立三个过程：设置阶段（约从至元二十年到至元二十八年）。至元二十年首次海运成功，元王朝开始设立两所万户府，朱清、张瑄分别任中万户和千户。至元二十四年，因海运地位提高，始立行泉府司“专领海运”，又增设两个万户府。四年后，由于行泉府司掌管者劣迹败露，四万户府削减为以朱、张为首的两所“海道都漕运万户府”。二府设官分职：“正官”包括达鲁花赤和正副万户，“首领官”包括经历、照磨、译史、奏差，是具体管理人员。另有镇抚，负责处理日常事务①。当时规定年运粮以十分为率，张瑄六分，朱清四分。张瑄所属有三十二名千户，按地区划为八翼（后并为四翼）；朱① 运粮至辽东、高丽的记载详见程钜夫：《元都水监罗府君神道碑铭》，《雪楼集》卷四；黄溍：《江浙中书行省平章政事赠太平保安庆武襄王神道碑》，《黄金华集》卷二四；《元史》卷十七《世祖纪》十四等。

　　① 朱德润：《送海道镇抚莫侯北归序》，《存复斋文集》卷四。

　　清所属有二十七名千户，划为七翼（后并为两翼），“翼”的驻地全部分布在苏南沿海地区。

　　改善阶段（大德七年前后，即1303 年前后）。至元三十年朱虞龙任海道都漕运万户，提调香糯事（香糯为江南特色品种，直接运到大都，供皇宫酿酒等用），万户府至此增为三所。大德七年，在一场政治风波中，朱、张失势，三万户府又并而为一，开府于平江，设达鲁花赤一员，万户二员，副万户三员。千户按地区划分驻地，共十一处，除浙江的温台、嘉兴、杭州外，其余八处都在苏南沿海。

　　确立阶段（至大四年后，即1311 年后）。至大四年规定，原有的十一处千户所并为七处，“温台所”、“庆绍所”和“杭嘉所”分别置于温州路、庆元路（治今浙江宁波）和杭州，“松江嘉定所”、“昆山崇明所”、“常熟江阴所”与“平江香莎糯米千户所”以及万户府都设于平江。

　　中书省是负责海运的最高机关，江浙行省实施对海运万户府的直接领导，并派行省官员监收漕粮，提调海运。每次海运开航前，万户府须由正官赴港口点阅粮船，监督起航；各所千户则须分赴各仓监装漕粮，并轮番下海督运。

　　元初海船的来源，一是缴获南宋的战船，二是收集沿海民船，三是为内河漕运制造的官船，四是利用大量战船，此外，还有朱、张实行包运后发动起来的从事海运的民船以及他们的自备船。后来，元王朝发动“近海有力之家”造舟起运，官方也“每三岁更造漕舟”①，后两者是船队的主要组成部分。元末海船多强行征收，成分更为复杂。投入运输的船只的最高数目，见于记载的是至正三年的三千余艘②。

　　海船中水手组织分工的情况，可以“总漕”楼船即最高指挥船为例，船中有水手三百人。千户、火长是船中的“好家主”，“事事辛苦不辞难”，“火长”可能为五人（或十人）的士兵长，兼掌罗盘，负责导航；大工“驾舵如驾马，数人左右拽长牵”，是船中的舵手；碇手“在船功最多，一个唱声百人和。何事深浅偏记得，惯曾海上看风波”，因而可能就是船主召募的“惯熟梢工”③。