当时贾鲁的方案却未被接受。不久，他调任右司郎中，再改都漕运使。

　　贾鲁是很有抱负的，每担任一项职务，就会对所管辖的事物提出若干建议。在右司郎中任内，他提出“时政二十一事”，改任都漕运使后，把在考察黄河时得到的第一手资料，以“漕运二十事”提供给元廷。

　　疏塞并举复故道至正九年（1349）闰七月，脱脱再次出任中书右丞相。这时黄河的灾情日益严重，北溢的河水已侵入安山（今山东寿张东），泛入运河，蔓延到济南、河间一带，漕运和盐场均受到严重威胁。大都河间盐运司和山东盐运司所属运河两岸的盐场，在全国制盐业中占有非常重要的地位，如果盐场被水冲坏，元朝的财政危机将急剧上升。再加上黄河决堤四五年来，以流民为主的农民起义一年比一年增多。脱脱深感问题严重，所以抓紧治河大事，展开讨论，以求最佳方案。贾鲁以都漕运使的身分，参加了制定治河方略的讨论会，并重新把他的治河二策提出来。与会者众说纷纭，提出了种种方案，贾鲁坚定地认为：“必疏南河、塞北河，使复故道，役不大当，害不能已。”脱脱力排众议，当机立断，取其第二策。

　　至正十一年春，贾鲁一切准备就绪。治河即将开工之际，工部尚书成遵、大司农秃鲁等“力陈不可”，坚决反对治河，主要理由是：（1）工程浩大难成；（2）害怕“盗贼”与挑河夫结伙起义。脱脱不为所动，毅然下令施工。四月，脱脱任命贾鲁为工部尚书兼总治河防使，率汴梁、大名等民夫十五万，庐州等处驻军二万开始治河，于四月二十二日开工，七月完成疏凿工程，八月二十九日放水入故道，九月舟楫通行，并开始堵口工程。十一月十一日，木土工毕，诸埽堵堤建成，整个工程计一百九十天。

　　贾鲁治河的方案采取疏塞并举、先疏后塞。整个工程分为三段：第一为疏浚故河，第二为堵塞黄河故道下的上段各决口、豁口、修筑北岸堤防；第三为堵塞白茅决口。有关工程概况及技术措施如下：第一大工程是疏浚从黄陵岗到哈只口的黄河故道和凹里村到杨青村的减水河。由于河道的情况有高有低、有宽有狭，必须根据实际情况采取不同的疏、浚方法。贾鲁指出：“疏浚之别有四：曰生地，曰故道，曰河身，曰减水河。生地有直有纡，因直而凿之，可就故道。故道有高有卑，高者平之以趋卑，高卑相就，则高不壅，卑不潴，虑夫壅生溃，潴生堙也。河身者，水虽通行，身有广狭。狭难受水，水益悍，故狭者以计辟之；广难为岸，岸善崩，故广者以计御之。减水河者，水放旷则以制其狂，水隳突则以杀其怒。”（《至正河防记》）具体施工是从白茅口南二里的黄陵岗向东开始的，“辟生地（开新河）十里”，到达南白茅，又开河十里至刘庄村，接入故道，从刘庄至专固浚故道百有二里二百八十步，从专固至黄固，“垦生地八里”，从黄固至哈只口浚故道五十一里八十步。这段干流工程共长一百八十二里。为防止以后堵口合龙后水势的狂怒，特浚凹里村减水河：从凹里村向西开生地三里四十步，分别不同情况拓宽旧河身八十二里五十四步至张赞店，从张赞店到杨青村垦生地十三里六十步，接入故道。这段减水河共长九十八里五十四步。两者全长二百八十里五十四步强。

　　第二大工程堵塞缺口、豁口，修筑堤埽。至正四年河决后，黄河故道两岸已是千疮百孔，为使回河故道后不致出现决溢险情，贾鲁在疏浚了故道和开凿减水河的同时或以后①，先后筑塞了专固缺口和凹里减水河豁口处，从哈只口至徐州三百余里，修缺口一百零七处。同时，又兴两岸埽堤工程，北岸因地势低洼，修筑护岸堤防，高广不等，通长二百五十四里七十一步，其中白茅河口至曹州板城补筑旧堤，长二十五里二百八十五步；板村至英贤村等处，长一百三十三里二百步；稍冈至砀山县，长八十五里二十步；亦思剌店缕水月堤，长六里三十步。

　　第三大工程是堵塞白茅决口，黄河勒回故道。这是决定治河成败的关键一役。八月二十九日开始向疏浚完毕的故道放水。在此以前贾鲁考虑到决口势大，又正值秋涨汛期，故在口门侧的北岸筑剌水堤二道，总长二十六里二百步，用作挑溜减弱口门溜势。又筑截河大堤十九里百七十七步，其中在黄陵北岸者，总长十里四十一步，在口门西侧岸上筑土堤伸入水中，修叠埽台，系龙尾埽，直抵龙口；黄陵南岸总长九里百六十步，但剌水堤及截河大堤筑得较短，“约水尚少，力未足恃”。而决河势大南北广四百余步、中流深三丈余，“水多故河十之八。两河争流，近故河口，水刷岸行，洄旋湍激，难以下埽。且埽行或退，恐水尽涌入决河，因淤故河，前功遂隳。”（《至正河防记》）在此关键时刻，贾鲁经过深思熟虑，提出了新的“障水入故河之方”。九月七日，贾鲁采用船堤障水法：“逆流排大船二十七艘，前后连以大桅或长桩，用大麻索、竹绠绞缚，缀为方舟。又用大麻索、竹绠周船身缴绕上下、令牢不可破，乃以铁锚于上流邦锤之水中。又以竹绠绝长七八百尺者，系两岸大橛上，每绠或锤二舟或三舟，使不得下，船腹略铺散草，满贮小石，以合子板钉合之，复以埽密布合子板上，或二重，或三重，又大麻索缚之急，复缚横木三道于头桅，皆以索维之，用竹编笆，夹以草石，立之桅前，约长丈余，名曰水帘桅。..然后选水工便捷者，每船各二人，执斧凿，立船首尾，岸上槌鼓为号，鼓鸣，一时齐凿，须臾舟穴，水入，舟沉，遏决河。”船沉后，水溢入故河道，“即重树水帘，令后复布小埽土牛白阑长梢，杂以草土等物，随宜填垛以继之。石船下诣实地，出水基趾渐高，复卷大埽以压之。前船势略定，寻用前法，沉余船以竟后功。..舶堤之后，草埽三道并举”（《至正河防记》）。由于用船堤障水，加长了挑水的长度，减轻了剌水堤回漩湍激对龙口的威胁。但由于水势过大，堵口合龙极其惊险，修至河口一二十步时，“用工尤艰”。“薄龙口，喧猛疾，势撼埽基”，将大埽冲裂冲陷，“观者股弁，众议腾沸，以为难合”。这时，贾鲁“神色不动，① 塞口工程西起凹里减水河，东至徐州，大体应在八月二十九日放水前修毕，据《庚申外史》记：“八月十日（芝麻李、彭早住、赵君用等）佯为挑河夫，日夜仓皇投徐州城。”可见当时徐州附近正在进行塞口工程。