延祐四年（1317），由于江西行省坚请，吴澄被迫同意主持恢复科举以后的第二次乡试。同年，元廷又以集贤直学士聘召他入京。吴澄拜命后久病不愈，遂无行意。经虞集执意敦请，才在翌年五月勉强动身。行至仪真，复因疾作而辞谢任命；乃令使者回京复命，他自己则暂住淮南，后又在建康（今南京）、江州（今江西九江）等地滞留。他的《尚书纂言》完成于羁旅建康时；在江州，寓于濂溪书院，南北学者从之听讲者百余人。延祐七年，回到家中，从学的北方学者皆随之南趋。

　　至治三年（1323），元英宗以翰林学士、知制诰、同修国史之职衔，遣使臣到崇仁特聘吴澄。二月，吴澄自家中启行，正月到达大都。这时，在大都庆寿寺内，用泥金誊录佛经两部的制作工程，已开始将近半年。七月，元英宗在上都传敕，命吴澄为“金书”《佛经》作序；并授意吴澄，此役意图在于“一追荐列圣，一祈天永命，一为民祈福”。这是吴澄就新职后接受的第一道诏令。他却以超生荐拔实乃“蛊惑世人”为由，拒绝接元英宗旨意写序。元英宗可能来不及得到吴澄的答复，就于八月初从上都回銮途中在南坡遇弑。序金书《佛经》之事也就不了了之。

　　这年冬天，晋王也孙铁木儿即皇帝位。翌年初在大都开经筵。吴澄与中书平章张珪、国子祭酒邓文原同为讲官。今《吴文正公集》卷四四，存留着一篇阐发通鉴所载汉高祖约法三章的经筵讲义。在这篇讲义里，吴澄开导长年出镇漠北、不谙汉地事务的泰定帝说：“大概天地的心只要生物。古来圣人为歹人曾用刑罚来，不是心衷欢喜做来。孟子道：‘不爱杀人的心厮似。’前贤曾说这道理来。只有汉高祖省得这道理来，汉家子孙四百年做皇帝。我世祖皇帝不爱杀人的心，与天地一样广大。比似汉高祖不曾收服的国土，今都混一了。皇帝依着世祖皇帝行，可万万年太平也者。”

　　这样的“讲义”，与他和其他学者之间的论学问对相比，自然粗浅得多。但这些言辞出自一位七十多岁高龄、而且体弱多病的老学者之口，在蒙古皇帝听来，分量一定是很重的。据说泰定帝听讲后“大悦”。

　　泰定二年（1325）正月朔日，吴澄因老疾不克朝贺，复有南归之意。到闰正月，翰林国史院设局纂修英宗实录，他仍被指名与役。是年秋，英宗实录修毕，他便坚意离京。冬，吴澄至家，时已七十七岁。次年，朝廷又有诏征澄，不起。乃赐钞币等，遣翰林编修送到家里，以示优礼。吴澄写信给时宰，说自己“虚老而已，无才可称”，乞“收还所赐”。

　　吴澄告老家居的晚年岁月有八年。疾病稍舒，仍著述讲学不止。至顺二年（1331），他的长媳、孙、孙媳、一妹、一弟先后去世，“半载之间凡五丧”（《吴文正公集》卷八）。次年五月，他从崇仁迁到杭州郡城，就养于三子吴京。他的最后一部撰述《礼记纂言》即完成于杭州客寓时。有的学者认为，诸经纂述之中，吴澄对《礼记纂言》“用功最勤”（《宋元学案》卷九二《草庐学案》）。

　　元统元年（1333）盛夏，吴澄盛暑得疾，终老去世。卒年八十五岁。

　　对朱陆末学的匡砭是否具有中原士大夫抵制南儒控制国家最高学府的性质，还值得作进一步的探讨。依后代儒学家的观点，“有元一代，以理学后先倡和，为海内师资者，南有吴澄，北有许衡”（蒋超：《吴澄从礼奏疏》，《吴文正公集》卷首）。这一评价是有道理的。在元代理学史上，许衡和吴澄所起的作用和影响略有不同。许衡对理学在北方的传播具有开创之功，吴澄没有这样的历史机遇。许衡兼有政治家和师儒的身份。尤其是中年以后，他的主要志向，毋宁说是通过直接参与政治来促使元政权进一步汉化，并通过朝廷的政治权威来推行理学；只有在从政遭遇挫折时，也才退而为师儒。吴澄则差不多完全以解惑传道自任，即使在为时不长的仕宦期间，他所接受的，也只是学官或者国史词翰之职。就从学术的层面推广和发扬理学内涵而言，则吴澄花费的精力，似乎又远远多于许衡。濂洛关闽之学的侧重点，在于“独标性命之言”（江藩：《汉学师承记》），而不甚强调追究礼乐之源。此种倾向经朱学未流承袭扩大，遂一演而成为徒习成说之风，以至于“专守一艺而不复旁通它书，掇拾腐说而不能自遣一辞；反俾记诵之徒嗤其陋，词章之徒讥其拙”。吴澄对这种“嘉定以后朱门末学之弊而未有能救之者”深为感慨（《吴文正公集》卷二二《尊德性道问学斋记》）。他一生的学术活动可以说主要是为了针砭此种弊端，并在以下两点形成显著的个人特点。

　　一是按照理学的观点，重新考校并阐释多种古代经典。在他看来，这是在续朱熹的未成之志和未尽之言。经他先后校定和发挥的古代儒家经典有《尚书》、《易经》、《春秋》、《孝经》、三礼、《葬书》等。儒家以外的《老子》、《庄子》、《太元章句》等书，也曾由他订定，意在“使智之过高者不至陷溺于其中，凡下者不至妄加拟度于虚高”（《吴澄年谱》）。虽然他在经学方面的许多断制，并不为后学所赞同。但程朱门人，“深通经术者甚少。草庐五经纂言，有功经术，接武建阳。非北溪诸人可及也”。吴澄对元和元以后经学的发展，是起了重要的影响的。例如古文尚书，宋人虽多已疑之。但“专主今文，则自草庐始。是书（接指《尚书纂言》）出世，人始决言古文为伪而欲废之”（《宋元学案》卷九二《草庐学案》）。