至元十年二月，元军取襄阳，忽必烈意欲乘胜大举攻宋，命诸臣议，诸臣多纷纷献攻取之策，许衡则主张“惟当修德以致宾服。若以力取，必戕两国之生灵以决万一之胜负”②。表示不赞成用兵，应用和平手段使南宋归降，并以为用兵未必能操胜券。他的意见在朝臣中是绝对少数（连他的密友姚枢也赞成用兵南宋），未被采纳。这时，当国权臣屡诋毁汉法，国学生员的膳食津贴常被断绝，一些学生离学而去，使许衡倾心竭力从事的办学事业也难以继续。四月，他奉旨到上都议事时，即以年老多病，先人未葬为理由请求还乡。忽必烈命诸老臣议其去留，王磐认为国学事关国家大体，“宜勿听其去”，而姚枢、窦默则主张根据许衡的处世原则，不应勉强挽留，且归葬先人也是孝道，应予允准。姚、窦与衡为密友，竟赞成他去职，可见他当时在朝中的处境确实不佳。获准回到怀州后，他谢绝交往，过着隐居生活。

　　仕途进退与学术成就十三年，元灭宋，南北统一，忽必烈命太子赞善王恂主持改定新历，以取代不准确的金大明历，集南北日官共同从事。王恂等奏言：“今之历家徒知历术，罕明历理，宜得耆儒如许衡者商订。”诏召衡至京，以集贤大学士兼国子祭酒教领太史院事。许衡、王恂与实际负责制历工作的都水少监郭守敬（后改同知太史院事）一致主张应实测天体运行变化以为制历之本，参考历代历法，参别同异。遂制成仪表，分遣日官赴各地测候。十七年，新历成，奏上，赐名《授时历》。衡与王恂、郭守敬共著《授时历经》。其年八月，因病获准还乡，皇太子真金奏请授衡子师可为怀孟路总管以就便奉养。十八年三月，病卒于家，享年七十三岁。临终嘱其子慎勿请谥，不可立碑，“但书‘许某之墓’四字，使子孙识其处足矣”。

　　许衡在当时儒士中声望极高，而且胸怀治国平天下大志，忽必烈又早闻其名，屡次征召，待遇不薄。然而他在政治上却并不得志。虽然官至宰辅大① 《国学事绩》《鲁斋遗书》卷十三；虞集：《送李扩序》，《道园类稿》卷二○。② 欧阳玄：《许衡神道碑》，《圭斋集》卷九。按《考岁略》云：“襄阳下，上欲遂有江南，先生以为不可，其辞甚秘。”

　　臣（正二品中书左丞），但只当了一年多，因为阿合马当权而难以有所作为；他的许多奏议，均“未闻以次施行者”①，终于不得不辞去政务。从儒家用世的立场出发，每次诏使来召，他都欣然应命，结果却都失望而还，如此反复五进五退。究其原因，正如他自己所说，他的一套治国理论与忽必烈“未尽吻合”，被视为“迂远”不切实用，对他知之未尽，信之未至，只是因他声名甚著才一再征召，不过备顾问而已。尽管如此，他在促进忽必烈采用汉法和建立中原传统的仪文制度方面，还是起了一定作用。特别是国子学教育，对蒙古、色目子弟接受汉文化和培养了解中原文物制度的新一代统治人才，有很大贡献。

　　许衡最重要的业绩是传承程朱理学于中国北方，经他极力阐扬，开始扭转了北方的学术风气，从而为确立理学在全国学术上思想上的统治地位奠定了基础。

　　宋室南渡后，伊洛之学的重心也转移到江南，经朱熹集其大成，确立了理学（道学）的宏博规模和完整体系，成为理论上相当周密并能适应时代需要（因而具有很强生命力）的新学说。而在金朝治下的北方，伊洛余绪虽存却不成气候，一般学者为科举所左右，唯知蹈袭章句注疏之学，或究心于辞章声律，偶有朱子之书传至北方，但学者、知者、信者甚少，加以佛学在北方知识界浸润颇深，一些亦儒亦佛之士因南宋理学家力辟佛教，更起而攻击和抵制之。迨赵复传程朱理学于北方，给人以耳目一新之感，一时从学者颇多，以为孔孟道统由此从南方又回到北方。但反对者也不乏其人，在相当一段时期中未能普及。真正使程朱理学在北方得以推广并最终确立了不可动摇的地位者，当首推许衡。许衡生长于金未乱离之世，只是从乡鄙下第老儒学些识字句读，后来又自学了一些先儒传注之书，并无师授，故章句积习不深。及得读朱子诸书，心领神会，大为折服，“冰释理顺，美如刍豢”，自谓“终夜以思，不觉手之舞之，足之蹈之”。从此他尽弃旧习，专注于程朱理学，以“倡鸣斯道为己任”①。就其理学思想而言，他基本上都是祖述程朱，特别是朱子之说，加以通俗化的阐释。在写给其子师可的信中他说：“《小学》、《四书》，吾敬信如神明，自汝孩提，便令讲习，望于此有成，他书虽不治无憾也。”②他教授学生，一以朱子为主，或问以他说，则训之曰：“用功专主一家，则心不乱。”③似是把朱子的“持敬”说就用到对待朱学的态度上。如果说他的理论有什么特色的话，应该就在于他特别注重朱子有关伦理纲常的论述，反复阐明正心诚意的重要性，并强调身体力行的“践履”工夫，大至君臣父子，小至盐米细事，都可以而且应该做到“遵道而行”，不要因是小事而以为不足为，要求从内心到仪容、从日常行事到治国平天下，都应合乎“道”。他把“天理”（或“天道”）这一最高哲学范畴归结为“仁义五常”，谓“德行是学问中大节目，..圣人言论句句是尊德性”（《语录》下）。这本来也是理学家的常谈，不过在许衡尤为注重，以此修己，以此教人。欧阳玄撰《神道碑》颂之曰：“先生真知力行，实见允蹈，斋居终日，肃如神明。..其为学也，以明体达用为主；其修己也，以存心养性为要；① 王恽：《论左丞许公辞位事状》。