这些档案除天启、崇祯两朝之外的其他档案，多系1949 年后北京大学、东北图书馆及中国人民大学等单位移交而来的，因此在整理中也按照“北大移交”、“东北移交”、“人大移交”和馆存四部分编目。档案材料则按照朝别、年月和文种分类。这些明档种类繁多，包括有敕谕、诰命、题行稿、题本、奏本、奏疏、揭帖、奏表、呈、禀、启本、手本、塘报、咨文、札付、舆图、契约、税票、户口单、状纸、钞票、实录、圣训以及各种册簿等。其中绝大多数是题行稿、题本、奏本，大约占全部档案的百分之八十五以上。这批明档多为天启、崇祯时兵部的文书，记录了农民军在陕西、河南、山西、安徽、湖北、湖南、四川、江西、甘肃、河北等地的活动情况，尤其是在农民军攻克襄阳建立政权后的情况记述得尤为具体。对于研究明末农民战争有十分重要的价值。

　　在中国第一历史档案馆所藏档案中，还有两件稀见的南明弘光朝档案，其中一件是弘光元年（1645）兵部右侍郎左懋第、太仆寺少卿马绍愉为“乞辨先帝太子真伪”和“请求归期”致摄政王的揭帖。但是由于这些档案数量相对较少，内容也相对分散，一般需要与其他史料参考使用。

　　类似的文书档案还分散于从中央到地方的各级档案馆、博物馆和图书馆中，如中国历史博物馆、北京图书馆、中国科学院图书馆、北京大学图书馆、中国人民大学图书馆、中国社会科学院历史研究所图书馆等。此外，台湾的有关学术机构也保存了一定数量的明代档案。如张伟仁教授主编的《明清档案》，系整理历史语言所所藏内阁大库档案，现已出版的二百二十余册，四万余件档案，虽然称为明清档案，其实只包括清顺治元年至乾隆四十一年的清档，并无明代档案。此外，台湾故宫博物院亦藏有较多档案史料。主要是旧藏于清内府、军机处、内阁及史馆等四处的档案。依其类别可分为宫中档、军机处档、清史馆档、起居注、本纪、实录、诏书、国书、满洲老档及杂项档等十类，基本上均为清代档案。但其中亦有边疆档案及清入关前的满文老档逾万件（其中满文老档四十巨册），为研究清入关前与明之关系及边疆问题之重要档案史料。

　　此外，明代档案收藏相对集中之处还有山东曲阜的孔府档案和辽宁省档案馆的明代辽东档案。

　　孔府档案① 朱彝尊：《曝书亭集·书两朝从信录后》。

　　孔子的后人作为特殊的世袭贵族，在任何朝代都保持了这种地位而没有受到改朝换代的影响。这一特殊的条件使孔府得以保存下来大量的档案材料，目前发现的留存下来的孔府明清两代档案总数约在二十万件以上。曲阜县文管会在国家档案馆专家指导下，对所有档案进行整理和妥善保护，将孔府档案整理分订为九千余卷，全部归类编号上架入箱。其中的明代部分主要集中于明中后期，除去少量成化、弘治至正德间的内容（包括了一些方志中的有关材料）外，大部分是从嘉靖十三年（1534）至崇祯十七年（1644），大约一百余年的各种文书档案。明档在孔府档案中所占的比重较少。

　　孔府的明代档案经整理后，共分作九大类，十余小类，据《曲阜孔府档案全宗类目索引》，其明代编目如下：一、袭封荣典世职知县先贤奉祀二、宗族家谱资助族人三、属员庙廷官员府内官员经理租税人员学录四、徭役刑讼徭役刑讼孔氏族人属员庙户佃户船户五、租税祀田地亩钱粮房租集市六、宫廷朝贺进贡七、灾异八、资料九、文书其中资料部分包括一些与孔府相关的资料记录，如“明朝官服款式抄单”等，文书则为孔府中处理本府公务的稿簿，如票差某人为征收下属庄田租麦等事的票文。

　　孔府明档与清档相比虽然数量较少，但是在目前国内保存的明代档案中还是相对集中之处，而且“像这样的封建贵族地主的第一手私家档案，在中国为仅有，在全世界也不多见”①。这就为我们通过研究这个具体而细微的宗法社会进一步去了解中国历史上的封建宗法社会提供了不可多得的第一手资料。

　　明代辽东档案明代辽东档案，共一千零八十件，现经整理发表的有五百八十五件。这部分档案是在一种特殊情况下保存下来的。其中大部分是在1949 年春天，东北文物处的工作人员从沈阳故宫所藏的屏风和信牌套上发现的。这些档案经过工作人员的精心揭取修裱整理，习惯称之为“屏风档”和“信牌档”。少部分为北京故宫内阁大库的零散档案，后由罗振玉献给奉天图书馆，1949① 杨向奎：《曲阜孔府档案史料选编》“前言”。

　　年后曾收藏于东北图书馆（今辽宁省图书馆），现藏于辽宁省档案馆。这部分档案于1985 年，由辽宁省档案馆和辽宁省社会科学院历史研究所编辑整理，为《明代辽东档案汇编》，由辽沈书社出版。全书共收入明代档案五百八十五件，分为四个部分：一是辽东都指挥使司档案。档案所涉及时间从明洪武到万历末年，涉及内容包括了政治、经济、军事、文化、交通和民族关系等多方面，跨度相当大，内容相当广泛。但是由于这些档案被清朝入关前用作信牌套的衬纸，剪成椭圆形，造成材料的残缺不全。经过整理共收录军政、职官、财税、屯田、矿业、交通、马市、民族、司法、教育十类三百十六件。

　　二是山东等处总督备倭署、山东都司等档案。这部分档案多为明嘉靖年间关于山东军务及海防的公文。