万历二十七年（1599），李三才以右佥都御史总督漕运，并巡抚凤阳诸府。这时，明朝朝野水火之势已大体形成，播州、朝鲜的战火连绵不断，神宗又置朝政于不顾，派遣出大量的矿监税使，搜括民脂民膏以供自己挥霍，结果弄得各地怨声载道。李三才所在的辖区也不例外，“榷税则徐州陈增、仪真暨禄，盐课则扬州鲁保，芦政则沿江邢隆”。他们引用一批无赖，伪造印券，就像追捕逃犯一样，公然进行掳掠抢夺。其中陈增尤为横暴和贪婪，甚至侮辱各级官吏，李三才在官场奉事二十余年，看透了种种官僚弊病，他并不想把自己变成一个唯唯诺诺、失去棱角的官员，而是抱定自幼即铭刻在心的“治国平天下”的愿望，视“富贵功名都如梦幻”①，因而对于陈增的贪暴，李三才一方面利用手中的权力与之周旋，裁抑陈增的帮凶爪牙，最大程度地减轻矿监税使可能造成的危害，安抚受到骚扰的百姓市民，同时对于那些因不堪忍受矿监税使凌辱及地方官员剥削而起来反抗的百姓，也毫不留情② 《明清进士题名碑索引》，第2557 页。

　　③ 陈鼎：《东林列传》卷十六《李三才传》。

　　① 王世贞：《弇山堂别集》卷六三《科试考三》。

　　② 陈鼎：《东林列传》卷十六《李三才传》。

　　③ 《明史》卷二三二《李三才传》。下引本传者不另作注。

　　④ 顾宪成：《泾皋藏稿》卷八《赠山东佥宪李道甫序》。

　　① 顾宪成：《泾皋藏稿》卷五《与李漕抚修吾》。

　　地加以镇压。如浙江人赵一平自称是宋室的后代，在徐州联络孟化鲸、马登儒等，欲在万历二十八年二月起义，结果谋事不慎，为李三才捕获。当然，李三才也深知造成地方不安局面的根源在于皇帝的贪婪，于是连连上疏陈述矿监税使给地方带来的危害，要求神宗停止遣派。但神宗对于这些来自地方的正当呼吁视而不见，听而不闻，李三才的奏疏也常常以当时神宗惯用的“留中”手法不了了之。万历二十八年（1600），李三才以十分激烈的措词再次向神宗上疏：“陛下爱珠玉，民亦慕温饱；陛下爱子孙，民亦恋妻孥，奈何陛下欲崇聚财贿，而不使小民享升斗之需，欲绵祚万年，而不使小民适朝夕之乐。自古未有朝廷之政令、天下之情形一至于斯，而可幸无乱者。”神宗仍无动于衷，这份奏疏也被搁置一月有余。于是李三才上疏更尖锐地指出：“一旦众畔土崩，小民皆为敌国，风驰尘骛，乱众麻起，陛下块然独处，即黄金盈箱、明珠填屋，谁为守之？”也没有得到神宗的任何回音。其实，神宗并非不知道派遣矿监税使的危害，万历三十年当他突然得病，自以为快要驾崩时就曾下诏召回矿监税使，改革一切弊政。但次日清晨，他又突然复元了，后悔昨天的做作，派遣宦官将已下达的诏令手谕硬从阁臣手中抢了回来。李三才得知此事后，再上疏告诫这种危险的状况，仍如泥牛入海。

　　然而，神宗对李三才言辞激愤的奏疏并非不放在心上，不过是把对这种缠扰的厌恶默默地铭记，一旦有借口和机会再示以惩戒。这样的机会终于来了。当时运河清口一段河水干涸，阻隔了船只的来往，需要开浚并建立新闸。李三才对整个工程进行盘算，大约要花费二十万两白银才能完工，明廷无力支出这笔巨款，他就请朝廷留下北运的漕粟暂时用作工费。这一建议遭到户部督储侍郎赵世卿的反对，李三才看到自己的计划无法实现，借口有病向神宗提交了辞呈，借以对赵世卿施加压力。早就对李三才不满的神宗自然不假思索就应允了。淮扬巡按御史崔邦亮，巡漕御史李思孝，给事中曹于汴，御史史学迁、袁九皋都纷纷上章要求挽留李三才，其中史学迁更直截了当地指出：“陛下以陈增故欲去三才，托词解其官”。神宗心虚，又不愿收回成命，只好不予理睬。李三才不得不离开凤阳到了徐州，上疏催请神宗另外选派替代的官员来，结果没有得到回音。恰好这时赵世卿的职位由另一个侍郎谢杰代替，谢杰也向神宗上疏挽留李三才，神宗迫于无奈，又找到了下台的借口，就命令李三才仍在原任供职，直到新任命的接替者来到，但神宗竟然始终没有派出这样一个接替者来。

　　李三才对矿监税使深恶痛绝，屡次上疏请求罢除都毫无结果。于是他开始采取一些积极的对策，打击在他辖区内作威作福的陈增及其爪牙，他暗地里留意矿监税使的爪牙中哪些是最为贪暴的，买通死囚在受审招供时引这些为害最深的爪牙为自己的同党，然后将他们一一捕杀，从而使得陈增及其追随者大为丧气，不得不略为收敛。这种隐蔽的打击活动一直进行到万历三十二年陈增死去才停止。与此同时，李三才还不断上疏力陈己见。如万历三十年，神宗因得龙孙，一喜之下就下诏颁布撤并矿税等一些针对以前弊政的补救办法，但在地方上毫无执行这一诏令的迹象。李三才认为这与内阁首辅沈一贯的执行不力有关，上疏阴诋沈一贯，继而又明言是由于沈一贯害怕自己权力落入次辅手中，从中作梗，“而致新政阻格”。神宗为此十分震怒，严旨责问李三才，并罚了李三才五个月的官俸。

　　由于李三才的政见，如推补空缺的官员，罢遣矿监税使等都与当时的东林党人看法相同；而且他结客遍天下，善于交际，与东林党的主要领导人顾宪成是至交，深得信任；另外，他又不属于京师的在朝派，只是地方上呼吁改革，因而他也被公认为是东林党的巨魁。事实上，他自己也是常常站在东林党的立场上，为东林人物作辩护的。如他曾上疏说：“诸臣只以议论意见一触当涂，遂永弃不收，要之于陛下无忤。今乃假天子威以锢诸臣，复假忤主之名以文已过，负国负君，罪莫大此。”实际上是明显地为顾宪成、高攀龙等在东林书院讲学作辩护，同时也是暗里指斥辅臣沈一贯等当政者假公济私、打击报复等不法行为。