李三才在淮、徐一带治理漕政，巡抚凤阳诸府长达十三年之久。他在那里狠狠打击陈增等矿监税使的威风，实行了不少恤民的惠政，深得百姓的拥护，名声渐渐远扬，职衔则擢至户部尚书。当时，因朝中内阁缺少人选，有人就建议改变过去单从翰林院提拔毫无实政经验的词臣作辅臣的惯例，而从地方上有丰富经验的官僚中加以选拔。当时，地方官员中，数李三才的名声最响。不久都察院的都御史也告缺，需要推荐合适的人选，这样，李三才被选中的可能性相当大。但李三才被认为是东林党中的一个重要人物，深深为当时在朝的浙党等反对派人物所忌恨。于是他们纷纷上疏弹劾李三才，以阻止他的当选。如工部郎中邵辅忠攻击李三才是“大奸似忠，大诈似直”，并且一一列数了李三才的“贪、伪、险、横”四大罪状。御史徐兆魁又继之猛烈诋劾李三才。按照常例，一旦受到弹劾，官员就得辞职回避，等待皇帝的最终裁决。但李三才不仅没有这么做，反而“盛气陈辩，不自引去”①，从而引来了更多的非议和更深的敌意。与此同时，顾宪成为了让东林党人在朝廷中争得一席之地，以便实现自己的政治主张，不顾舆论的喧哗，分别写信给辅臣叶向高和掌握吏部铨选大权的孙丕扬，一方面为李三才辩白，一方面极力称赞李三才廉直可用，向他们推荐。这两封信为好事的吴亮附载在邸报上，在朝野广为流传，结果更使舆论大哗，反对者引以为据更加起劲地攻击李三才。乔应甲甚至列出了李三才“十贪”“五奸”的罪状，进而发展到攻击整个东林党。当时为李三才辩护的人也不少，除顾宪成外，还有胡忻、曹于汴、段然、史学迁、史记事、马孟祯、王基洪等。这样，李三才任用与否的问题，实质上演变成为一个东林党与浙党等反对党之间的党争问题了，并且成为万历朝东林党与反对党之间最为激烈的一次直接交锋。钱谦益对此曾评论道：李三才一事，导致“物议旁午，飞章钩党，倾动朝野。从此，南北党论，不可复解，而门户之祸，移之国家矣”①。面对这种复杂的情况，李三才无能为力，只好请求罢职。他一连向神宗上了十五次辞职的疏章，都没有得到回音，他就不等神宗允许，自动离职卸任，回到通州定居了。结果对什么事都兴趣索然的神宗也没有为此责罚他。

　　李三才离任回籍之日，与当地百姓离别的场面颇让人感动。那天，淮、徐一带百姓“老幼提携，填街塞巷，拥舆不得行。已而相与顶舆号泣，一步一吁，及抵舟，又挟两岸号泣，夺缆不得行”②。以后，淮、徐一带百姓为了纪念李三才给他们带来的好处，集资修建了生祠，“聚族为之肖像其中，朝夕起拜于其下不绝”③。这些都说明了李三才有良好政绩和威望。

　　① 钱谦益：《列朝诗集小传》丁集中《李尚书三才》。

　　① 钱谦益：《列朝诗集小传》丁集中《李尚书三才》。

　　② 顾宪成：《泾皋藏稿》卷五《与吴怀野光禄》。

　　③ 顾宪成：《泾皋藏稿》卷五《与吴怀野光禄》。

　　李三才回家后，仿效顾宪成、高攀龙等在东林书院讲学授徒，也在家乡置办起双鹤书院，并在那里讲学。但是，东林党的反对者们并没有忘记他，害怕他东山再起，因而继续寻找机会打击李三才，而李三才的性格也为这种打击提供了机会。《明史》中《李三才传》评论他“才大而好用机权，善笼络朝士，抚淮十三年，结交遍天下。性不能持廉，以故为众所毁”，说得不无道理。李三才曾对顾宪成说过，他自己“耻效俗人饰边幅，装格套于青天白日之下，作鬼魅技耳”④。即使与明朝一般的正统、刻板的官僚，他也是扞格不入的。有一次，颇有政绩的吕坤与李三才论学，李三才竟视他为迂阔，中途不辞而别。李三才在给神宗的奏疏曾提出过“用人未必贤而必才行”⑤的观点，这一方面是他阳许张居正，而同时也是对自己的一个真实写照。在生活上，他也是十分豪放的。抚淮时，有一次顾宪成路过去拜访他，李三才头日招待顾的不过是家常便饭。到了次日，他突然盛陈百味，顾宪成大惑不解，李三才解释说昨天因为没有钱才吃些家常便饭，今天偶尔有了就摆了这些菜。《东林列传》的作者陈鼎借此说明李三才善于操纵权机，实际上这正是李三才豪放、洒脱、敢说敢为性格的体现。这种性格即使在李三才家居以后也没有丝毫改变。他外出时，喜欢有大批追随者和朋友相伴，以致他所过之处，常常是车马填巷。因而，他在家乡建造了较为豪华的住宅也是可信的。而这恰恰为忌恨他的人提供了口实。万历四十二年，御史刘光复上疏弹劾李三才盗用皇木和侵占公地来营建私第，并且暗里控制着铨部推举之权。李三才只好上疏陈辩，请求派人查核。不久，其他一些忌恨李三才的人也纷纷诋毁他，其中有李三才一手提拔起来的李征仪、聂心汤，为此他十分伤心和愤怒，更加坚决地请求会勘。神宗命李征仪及吴亮嗣前往勘问。次年，首劾李三才的刘光复因犯事被关进监狱。李三才表面替刘求情，要神宗释放他，暗里却竭力地为自己和东林党辩白。同时，他又写信给阁臣方从哲，公开指斥他“必欲置仆于死地”①。这一切更引起众人对他的不满。会勘的结果自然是不利于他，仍以刘光复所陈的事实送呈神宗。神宗至此毫不客气地将李三才落职为民。

　　天启元年（1621），新兴的后金政权不断骚扰明朝的东北边疆，辽东告急。御史房可壮请求起用李三才。于是围绕着李三才的可用与否，又掀起一场轩然大波，力言宜用者有之，力陈不可用者更有之，相争不下，终究没有结果。天启三年（1623），熹宗重新任命李三才为南京户部尚书，他还没来得及赴任就因病离世了。但事情还没有了结，不久，魏忠贤为首的阉党得势，全力打击东林党人。李三才被目为东林巨魁，而在王绍徽编的《东林点将录》中名列榜首，从而再次被削籍，皇帝给予的封诰亦予剥夺，直到崇祯初年才恢复。