然而，夺取北京的胜利，使义军的部分将领犯了骄傲自大的错误，产生了麻痹思想，失去了应有的警惕。面对吴三桂和江南的五十余万明朝军队，以及关外的清军队，大顺政权没有采取相应的有力措施。四月初，明将吴三桂勾结清军队，联合向大顺军进攻，农民军伤亡二万余人。李自成得报，亲自率二十万大军东征。二十二日，在山海关一片石，遭到吴三桂部与清军的联合夹击，大顺军惨遭失败，被迫退到永平一带。吴三桂的投清和大顺军在山海关的失败，使形势发生了急剧的变化，李自成面临着严重的危机。

　　四月二十七日，李自成返回北京。二十九日，李自成在武英殿即帝位，决心抗清到底。三十日，李自成放弃北京，准备撤回关中，继续在陕西、河南一带抗击清军。

　　五月初，清军在吴三桂的引导下，开进了北京城。接着，就对大顺军展开军事进攻。在保定以南的望都一战，大顺军重创清军，打得清军主帅多铎② 《明季北略》卷二三。

　　不敢出阵。但在定州的激战中，义军大将谷可成牺牲，李自成也身负箭伤，大军越固关退入山西。在平阳，李自成听信牛金星的谗言，误杀大将李岩，激起刘宗敏、宋献策等将领的不满，使军心涣散，战斗力减弱，失败不可避免了。

　　大顺永昌元年秋（崇祯十七年、清顺治元年，1644），李自成回到陕西后，准备进行反攻。南京的福王建号弘光，准备恢复明朝的统治。张献忠在四川建立了大西政权，控制了西南地区。李自成曾在七月发布大举反攻清军的文告，声称要打到辽东，“从长安起马，三路行兵，指日前，先恢剿宁武、代州、大同、宣府等处，后赴北京、山海，剿除辽左。至叛逆官兵，尽行平洗。顺我百姓，无得惊遁。”①说明李自成反清的决心是很大的，只是力不从心。这年八月，在山西的大顺军东出固关攻克井陉；陕北的大顺军，在李过指挥下攻克府谷，直逼大同。十月，河南的大顺军渡河进攻怀庆。李自成在韩城居中策应。

　　清朝定都北京后，立即派出两路大军，一路由多铎率领，南下攻打南明福王，一路由阿济格率领，专门攻打李自成大顺军。这年冬天，清军发动钳形攻势。阿济格和吴三桂、尚可喜率兵经大同，向榆林、延安进攻；多铎和孔有德、耿仲明率兵从河南怀庆向潼关进攻。李自成亲自赶到潼关指挥作战，依山列阵，挖壕树栅，预防清兵的冲击。

　　大顺永昌二年（清顺治二年， 1645）正月初四日，刘芳亮领兵攻击清营。又在五、六两日连夜劫营。十一日，清军用炮轰击潼关，大顺军骑兵横冲敌军，又包抄敌后路，取得很大战绩。阿济格和吴三桂部从保德州渡河，突破大顺军的北部防线，打败李过所部，经绥德、延安，进逼西安。这时大顺军处于腹背受敌的局面。十三日，清军攻进潼关，十八日到西安，李自成已在五天前撤走。

　　李自成率大顺军撤离西安后，经蓝关，出武关，向南进入湖广，驻扎于襄阳。吴三桂率领清军追击，大顺军在邓州、德安、承天等地迎战失利，李自成撤出襄阳。时，牛金星降清。四月初，原明军左良玉部自武昌东下九江。李自成率大军乘虚进驻武昌城，大顺军各将领在武昌聚集，仍有三十万的兵力。接着，大顺军弃武昌南下，在富池口与清军一战失败，大将刘宗敏被俘牺牲，宋献策被俘后降清。大顺军余部转移到湖南，后与南明何腾蛟部联合，共同抗击清兵。至此，大顺政权已不复存在。

　　关于李自成的结局，三百多年来，一直是个疑案。官稗史乘，众说纷纭。如成书于顺治十五年的《明史纪事本末》记载：“李自成南奔辰州，将合张献忠。献忠已入蜀，遂留屯黔阳。部贼亡大半，然尚拥众十余万。乏食，遣贼将四出抄掠，黔阳四境鸡犬皆尽。川湖何腾蛟进攻之。自成营于罗公山，倚险筑堑为久屯计。势弥蹙，食尽，逃者益众。自成自将轻骑抄掠，何腾蛟伏兵邀之，大败，杀伤几尽。自成以数十骑突走村落中求食，村民皆筑堡自守，合围伐鼓共击之。自成麾左右格斗，皆陷于淖。众击之，人马俱毙，村民不知为自成也。截其首献腾蛟，验之左胪伤镞，始知为自成。李过闻自成死，勒兵随赴，仅夺其尸，灭一村而还，结草为首，以衮冕葬之罗公山下。”①而后来纂修乾隆四年刊行的《明史》中则说李自成窜死于湖北通山九宫山。① 《明清史料》甲编第一本。

　　① 《明史纪事本末》卷七八《李自成之乱》。

　　乾隆十一年任澧州知州的何璘，根据实地考察所得，针对《明史》，撰写有《书李自成传后》一文。关于李自成之死，由于野史所载不一，他特记备考。“余以澧志不备，周咨遗事，有孙教授为余言：李自成实窜澧州。因旁询故老，闻自成由公安奔澧。其下多叛亡，至清化驿，随十余骑走牯牛坝，在今安福县境，复弃骑去，独窜石门之夹山寺为僧，今其坟尚在云。余讶之，后至夹山，见寺旁有石塔，覆以瓦屋，塔面大书奉天玉和尚。前立一碑，乃其徒野拂所撰，文载和尚不知何氏子。夫奉天岂和尚所称？曰玉、曰何氏子，盖寓言之，亦讳言之也。遍问寺僧，对不甚详。内有一老僧，年七十余，尚能记夹山旧事，云和尚顺治初年入寺，是律门，不言来自何处，其声似西人。后数年，复有一僧来，云是其徒，乃宗门，自号野拂，系江南人，事和尚甚谨。和尚卒于康熙甲寅岁三月，约年七十。和尚临终有遗言于野拂，彼时幼，不与闻。奉天和尚为其自号，野拂即以名其塔。寺尚藏有遗像，命取视之，则高颧深■，鸱目曷鼻，状貌狰狞，与《明史》所载相同，其为自成无疑。自成之构乱也，初僭号奉天倡义大元帅，后复僭号新顺王。其曰奉天玉和尚，盖以奉天王自寓，加点以讳之，而玉又玺质，天子之所宝，殆讫死不去僭号。与泰山贼王同一行径，可叹也。而野拂以宗门为律弟子，事之甚谨，又题称不知何氏子，寓尊奉于讳言，岂其旧日谋臣，相与为左右者欤？”①民国初年，章太炎也赞同这李自成禅隐说。并亲自到湖南石门夹山考察，访得李自成《梅花百韵》诗五首，撰写了《李自成遗诗存录》及《再书李自成事》等文。认为李自成窜死九宫山说“无诚证”，“不可信”。