次年，李东阳以本官直文渊阁参预机务。当时已在内阁的有徐溥和刘健，与他一起拜为阁臣的有谢迁，都是一时名臣。几年之后，徐溥因眼病致仕，在内阁者刘、李、谢三人，李东阳为次辅。这是“三杨”之后，内阁威望再度提高的一个时期。三人各有特长，按当时的话来说：“李公谋，刘公断，谢公尤侃侃。”①弘治年间的著名部院大臣，如吏部尚书倪岳、礼部尚书傅瀚、兵部尚书刘大夏、刑部尚书闵珪、工部尚书曾鉴、左都御史戴珊等人，都是天顺八年进士。李东阳为人又较平和，他与朝中大臣的关系更为密切。

　　弘治十一年（1498），李东阳晋太子少保、礼部尚书兼文渊阁大学士。

　　他借清宁宫灾，对一些流行的言论进行批驳：“或以天道茫昧，变不足畏，此乃慢天之说；或以天下太平，患不足虑，此乃误国之言；或以斋醮祈祷为弭灾，此乃邪妄之术；或以纵囚释罪为修德，此乃姑息之谋。”②显然，他重视舆论，而且很敏感。

　　弘治十二年为会试之年。大约四十年前的两位神童，李东阳和程敏政同① 李东阳：《文前稿》卷十九《应诏陈言奏》。

　　① 《明史》卷一八一《谢迁传》。

　　② 李贽：《续藏书》卷十一《李文正公》。

　　为主考。这本来可用来点缀盛世的，谁知发生了一起不幸事件：某给事中弹劾程敏政向江南才子唐寅和举人徐经漏泄试题。受命重新校阅试卷时，李东阳采取息事宁人的办法，把唐、徐两人排除在外。但言官不肯罢休，直到唐寅黜为吏，程敏政致仕。李东阳不取唐、徐二人，正是为了避免这一结局。既不能力辩同僚之诬，也不肯落井下石，大概就是李东阳的风格。

　　李东阳的另一份重要的疏章写于弘治十七年（1504）。因重建曲阜孔庙成，他奉命前往祀祭。来往途中，他看到“天津一路，夏麦已枯，秋禾未种，挽舟者无完衣，荷锄者有菜色”。他听说“江南、浙东流亡载道，户口消耗，军伍空虚，库无旬日之储，官缺累岁之俸”。人们在议论国家的各种弊端。而李东阳认为，最严重的问题是：“闾阎之情，郡县不得而知也。郡县之情，庙堂不得而知也。庙堂之情，九重亦不得而知也。”①上下隔绝，弊端是很难纠正的。孝宗称赞他“所言深切时弊，足见忧国至意”②。

　　孝宗还能容人言过，特别是对辅弼大臣很客气，君臣之间关系平稳。孝宗一死，形势即大变。李东阳的自我保护意识较强，这使他能够适应新的环境，也引起了同时代的人和后人对他为人的极大争议。

　　勉力撑持弘治十八年（1505）五月，孝宗去世，朱厚照即位，是为武宗。三位顾命大臣再次加以荣衔，已是少师兼太子太师的刘健加左柱国，李东阳和谢迁加少傅兼太子太傅、柱国。在这表面尊崇的同时，内廷和外廷对于权力的争夺正在激烈地进行。在一年多的时间里，以刘瑾为首的宦官集团和以刘健为首的官僚集团，都拼命对皇帝施加影响，以求得对局势的控制。

　　在正德元年（1506）十月以前，李东阳都是与刘健、谢迁站在一起，试图阻止宦官用事。二月，他们谈论盐法之坏极矣，又疏陈政令十失。六月，他们批评武宗，“近日以来，视朝太迟，免朝太多，奏事渐晚，游戏渐广”③。八月，武宗在暖阁召见内阁大臣，责问为什么不如数付给前往南京、浙江织造的太监盐引。李东阳回答：“此辈若得明旨，即于船上张揭黄旗，书写钦赐皇盐字样，势焰烜赫，..所以不若禁之于始。”①当时传说，武宗在外朝的压力下，要逮捕刘瑾等八人，李东阳把这个消息泄露出去，使刘瑾等人先一步采取了行动。要说他有意结好刘瑾，显然根据不足。但李东阳与刘健、谢迁确实不同，当刘健、谢迁措词严厉地必欲置刘瑾于死地时，他的态度却比较暧昧。这种态度反映了相当一部分官僚的心理，兵部尚书许进就认为，“过激将有变”②。相对谨慎的态度，加上名气很大，“海内名士，多出其门”③。到十月，刘健、谢迁被勒致仕，单把李东阳留在了内阁。根据惯例，他成为首辅。处于这种尴尬的地位，很难说李东阳的真实想法是什么。但事关士大夫的名节，他必定要上疏求去：“臣等三人，事同一体，而臣独留，何以① 《明史》卷一八一《李东阳传》。

　　② 《明孝宗实录》卷二一二，弘治十七年闰四月辛酉。

　　③ 《明武宗实录》卷十，正德元年六月庚午。

　　① 《明武宗实录》卷十，正德元年八月戊子。

　　② 《明史》卷三○四《刘瑾传》。

　　③ 陈洪谟：《继世纪闻》卷一。

　　自容？不知何以为处。”④武宗和刘瑾不容他去官，反而晋其为少师兼太子太师、吏部尚书、华盖殿大学士。

　　在为刘健、谢迁饯行时，李东阳戚然涕下。刘健很有些鄙视地说：“何泣为？使当日力争，与我辈同去矣。”⑤听到同僚不肯谅解的责备，他只能默默无言了。

　　与刘瑾周旋是很艰难的。虽然刘瑾对他还算客气，但讨论起问题来，已经免不了声色俱厉，发现了工作中的差错，也免不了假以颜色。正德二年（1507）七月，李东阳检核《通鉴纂要》一书的错字，纠劾负有直接责任的五名官员。这本来是一件例行公事，刘瑾恣意扩大此案，受处罚者，夺俸五人，致仕十一人，削籍二十人。他的用意，是要把更多的官僚，包括李东阳本人，都牵连进去。为了应和刘瑾，李东阳干了一些损害自己形象的事情。如在刘瑾的奏疏上批答：“尔刚明正直，为国除弊。”①在敕封刘瑾父亲的诏书上说“积善以贻子孙，尝闻其语，扬名以显父母，今见其人”云云②。刘瑾在朝阳门外建玄真观，李东阳为他撰写碑文，极其称颂等等，这也是一种御用文学。