但清廷内部在是否武力统一台湾问题上颇有分歧。朝廷一部分大臣认为，天下初定，“凡事不宜开端，当以清静为主”①，主张缓征台湾。福建地方的水师提督万正色也上奏认为“台湾断不可取”②。福建海防长官宁海将军喇哈达等也持反对态度。许多朝中大臣“咸谓海洋险远，风涛莫测，长驱制胜，难计万全”③，力主放弃武力征讨。一部分朝廷大臣还对康熙帝重用郑氏集团降将施琅不满，认为如果派施琅出征，“去必叛”。内阁大学士李光地、福建总督姚启圣、福建巡抚吴兴祚等力主乘机攻取台湾。康熙帝在经过一段犹豫之后，最后下决心攻取台湾，以“底定海疆”，实现其一统海① 《明清史料戊编》卷116。

　　② 《清圣祖实录》卷116。

　　③ 《清圣祖实录》卷112。

　　内的宏图。康熙二十年（1681）六月，他发布诏令：“郑锦（经）既伏冥诛，贼中必乖离扰乱，宜乘机规定澎湖、台湾。”并令总督姚启圣、巡抚吴兴祚、提督诺迈、万正色等，与将军喇哈达、侍郎吴努春“同心合志，将绿旗舟师分领前进，务期剿抚并用，底定海疆，毋误事机”④。

　　康熙二十年，一方面福建水师提督万正色不主张攻取台湾，另一方面，内阁大学士李光地、福建总督姚启圣等极力保荐施琅，认为“他是海上（指郑氏）世仇，其心可保，又熟习海上情形。其人还有谋略，为海上所畏”⑤。因此，康熙帝决定再度起用施琅为福建水师提督，作为攻台主帅，“委以独任专征”大权，到福建统领军队进取台湾。他下诏书宣布：“今诸路逆贼俱已歼除，应以现在舟师破灭海贼。原任右都督施琅系海上投诚，且曾任福建水师提督，熟悉彼处地形、海寇情形，可仍以右都督充福建水师提督总兵官，加太子少保，前往福建。到日即与将军、总督、巡抚、提督商酌，克期统领舟师进取澎湖、台湾。”①施琅降清后，康熙元年（1662）曾一度出任福建水师提督，康熙四年（1665）五月，又曾率福建水师自福州的铜山（今东山）渡海攻台，至清水洋因遇风折回，所以，他对台湾海峡一带海上形势、地理环境、天文风候十分熟悉，这就为清军取胜创造了有利条件。

　　施琅到福建后，迅速组织起一支由原郑氏降兵及福建新练水师为主的水军，这支军队既熟悉海情，又有多年海上作战经验，同时又配备有精良大炮的高大坚固、行驶迅捷的战船，只待选择战机，准备渡海作战。台湾海峡尽管宽只二三百里，但风险浪恶，气候变化无常，渡海作战仍有不少困难。施琅充分估计到各方面的困难，并从困难条件出发制定作战方案：第一，以攻取澎湖作为第一个战略目标，先取澎湖“以扼其吭”。既可作为清军可进可退的基地，又可控制制海权，封锁郑军的通道。第二，选择西南风始发季节作为渡海进兵的战机。一改过去东北风盛行时渡海的传统打法。这样既能出其不意，又使水军能抛泊海上，选择准确的进攻机会。第三，兵分三路，东西两翼配合，集中优势兵力于中路，与敌军主力决战。

　　郑军在侦得清军将以澎湖为第一个战略目标后，即派能攻善守的大将刘国轩率精兵2 万余名，大小船舰200 余艘，并“缘岸筑短墙，置腰铳环20余里的壁垒”①，固守澎湖。

　　康熙二十二年（1683）六月十四日，施琅率领战船300 余艘，水师2 万余人，仍自铜山出洋，第2 天上午，战船即陆续到达澎湖海外。十六日曾发生小规模海战，双方各有损伤。二十二日清军分三路出击，与郑军决战，施琅亲率主力担任中路主攻。清军利用“风利舟快，瞬息飞驶，居上风上流之④ 《清圣祖实录》卷96。

　　⑤ 《清圣祖实录》卷96。

　　① 《清圣祖实录》卷96。

　　① 《清史稿》卷47《施琅传》。

　　势，压攻挤击”②，一鼓作气，经过七八个小时激战，大败郑军。刘国轩率所剩几只小舟逃回台湾。澎湖为台湾门户，一旦失守，台湾即失去了屏障。施琅派员到台湾劝降，联络刘国轩。刘国轩见大势已去，于是派兵监视郑氏统治集团，郑克塽、冯锡范只得上表求降，八月清军胜利进驻台湾。由于郑氏集团政治腐败，所以清廷统一台湾得到台湾各族人民的支持和拥护，清军至台湾时“百姓壶浆相继于路，海兵皆预制清朝旗号以迎王师”③。台湾人民是迫切希望国家统一的。

　　清廷尽管攻取了台湾，但在台湾问题的处理上朝野之间意见分歧，康熙帝亦处于动摇犹豫之中。朝廷和闽浙地方的不少官员主张放弃台湾，守澎湖。施琅力排众议，主张坚守台湾。他认为台湾是“江、浙、闽、粤四省之左护”，在国防上有重要战略意义，而且“野沃土膏，物产利溥”，经济上亦大有开发的前途。特别是他很有远见地意识到若弃而不守，西方殖民主义者必利用台湾，“窃窥边场，逼近门庭，乃种祸后来，沿海诸省断难晏然”，遗患后世。因此从这个角度施琅认为台湾“即为不毛荒壤，必借内地挽转运输，亦断断乎其不可弃”①。施琅恳切陈辞，阐述利害，得到大学士李蔚、工部侍郎苏拜、都察院左御史赵麟等人的赞同和支持，于是康熙帝始决定坚守台湾，在台湾设台湾府，下辖台湾、诸罗、凤山三县，隶属福建省。台湾、厦门合派一道官管辖。并派兵8000 人驻防，设总兵一员，副将二员，澎湖亦派副将一员统兵2000 人驻防。这样，台湾重新统一于清王朝中央政府的管辖。