在吴三桂、尚之信、耿精忠三个藩王相继被解决以后，康熙帝为了安定南疆，防止藩王势力东山再起，又对三个藩王部属作了妥善处理和安置。藩属部队编制进行了整顿，福州、广州、荆州另派八旗兵驻防；对三个藩王属下财产，一律籍没充公；清除藩地弊政，由中央任命得力地方官进行整肃。这些措施的实施，基本解决了长期以来三个藩王统治地区与中央政令不一、积弊太多的问题。至此，“三藩”之乱彻底平息，撤藩目的基本达到。

　　① 《清圣祖实录》卷80。

　　① 《清朝先正事略》卷8，《傅忠毅公事略》。

　　② 《清朝先正事略》卷8，《傅忠毅公事略》。

　　③ 《清圣祖实录》卷91。

　　“三藩”之乱前后为害八年，殃及云南、贵州、四川、广西、广东、江西、福建、湖南、陕西、甘肃等省，破坏国家统一，给人民带来战争灾难。清王朝平定“三藩”之乱，翦灭割据势力，维护了国家的统一，使西南地区免遭割据势力的戕害，是顺应我国多民族国家走向统一的历史趋势的。整个平叛战争康熙帝始终居中指挥，由于军事部署得当，且制定了正确的政策，使平叛战争最终取得了胜利。吴三桂等“三藩”的叛乱的失败是必然的。首先，吴三桂引清兵入关，残酷镇压农民起义和剿灭南明政权，穷追到缅甸，捕杀永历帝朱由榔等行径都不得人心；吴三桂等起兵叛乱的目的只是保持他们的藩王地位，裂土称王，满足其一己私利，因此，得不到其他政治势力的支持；叛军又缺乏严密的组织，指挥者多所失误等等。所有这些都说明吴三桂等的失败是不可避免的。

　　战争是以清朝的胜利和吴三桂等的“三藩”的失败而告终的。清朝倾其全力赢得了这场战争的胜利。康熙帝为巩固清朝的统治创建了殊勋，以后出现的“康乾盛世”正是建立在这块基石之上的。

　　统一台湾康熙元年（1662），郑成功从荷兰殖民者手中收复了台湾。不久，郑成功去世，其子郑经继位。之后，台湾郑氏集团内部矛盾重重，郑经与其叔父郑世袭为争夺权力发生火并，政治上越来越走下坡路。而清由于当时国内棘手问题很多，对台湾不能以武力压服，也主要采取“招抚”政策。这样，使得郑氏集团暂时取得了一个喘息时机，得以在台湾维持一段时间的割据统治。早在康熙元年（1662）郑成功病逝后不久，清廷即派人前往厦门招抚郑经。其时，郑经与其叔父郑世袭火并正烈，郑经害怕清廷“指日加兵，内外受困”，因此，阳奉阴违，虚与应付，以“苟延岁月”。第二年，郑经得势，则提出“请如琉球、朝鲜例，不登岸，不剔发易衣冠”①。清廷当然不会答应，双方仍成对峙局面。当年十月，清军分三路攻厦门等地，清军击败郑军，攻占了厦门。郑经退守铜山。后郑军军官眼看大势已去，纷纷率兵降清，致使郑军在大陆沿海据点纷纷失守。康熙三年（1664）清廷授福建提督水师总兵官施琅为靖海将军，令其统帅水师，前往征剿郑经。施琅率水师先后三次渡海，均因台风袭击而未成功。康熙六年（1667），清廷又派福建招抚总兵官孔元章先后两次渡海招抚郑经，但郑经仍顽固地坚持所谓“朝鲜例”，招抚未成。康熙七年（1668）初令施琅来京师，商讨进兵台湾的大计。施琅到京师后，详陈武力统一台湾的意见，但因当时天下初定，沿海地区人心未稳，施琅的意见未被采纳。不过，康熙帝意识到武力统一台湾只是时间问题，因此尽管未采纳施琅的意见，但命其为内大臣，留在京师，以备应急之用。康① 魏源：《圣武记》卷8《康熙勘定台湾记》。

　　熙八年（1669），帝又亲颁谕旨，委派重臣，赍诏书前往招抚，无奈郑经一意孤行，招抚未果。

　　康熙十二年（1673）“三藩”之乱发生。耿精忠约郑经为援，率军西渡大陆。郑经利用清廷忙于平服吴三桂、耿精忠叛乱之机，率军攻占了闽、粤沿海的泉州、漳州、兴化、潮州、惠州五府和闽西北的汀州、邵武两府。这些地方除潮州，惠州原属广东的尚之信藩地外，其余均属靖南王耿精忠的藩地。因此，郑、耿为争夺地盘发生冲突。康熙十五年（1676）清廷派军队入闽，由于耿精忠又反水降清，与清廷联合攻郑经，郑经孤军不支，只好退守金、厦。清军因吴三桂叛乱尚未平息，无力渡海，所以仍采取招降政策。这样，清军与郑经仍成对峙局面。其后，清廷派康亲王杰书、福建总督姚启圣极力招抚郑经。尽管郑经一再拒绝招抚，但其部属兵丁却“至者如归”，仅康熙十七年（1678）六月至十一月，投向清军的郑军部属军官就有1237 员，兵丁11639 名。康熙十八年（1679）初，郑经的五镇大将廖琠、黄靖、赖祖、金福、廖兴及副总兵何逊等各带所部官兵来归，其中文武官员374 员，士兵12124 名。在这种情况下，郑经被迫收缩防务，主要兵力撤回台湾，而留守金、厦的官兵眼看大势已去，纷纷降清。康熙十九年（1680）三月，金门、厦门即为清军所占。

　　康熙十九年（1680）底，清朝平定了三藩之乱，除台湾以外的全国大陆基本统一，台湾继续孤悬海外，不利于多民族封建专制主义中央集权国家的巩固和统一。因此，统一台湾势在必行。

　　康熙二十年（1681），郑经暴死，其长子郑克■继位。不久，郑经部将冯锡范等杀郑克■，年仅十二岁的次子郑克塽即位，袭延平王，仍奉南明为正统。此时，台湾郑氏集团内部发生长幼争立的内讧，政治日趋腐败，内部分崩离析。加之，随着全国大陆的统一，“反清复明”的口号已经失去其号召力，大陆士兵纷纷思归，郑氏集团内部人心惶惶，继续割据的局面已经很难维持。